В процессе этого куриального переустройства Иоанн Павел также реорганизовал папский двор, идя навстречу требованиям приближающегося юбилейного года. Отбросив вековую традицию, Папа назначил американца монсеньора Джеймса Харви префектом папского двора. Харви, родом из Милуоки, ранее служил в Государственном секретариате главой английского отдела и затем экспертом по общим вопросам. Ради того чтобы более тесно увязать работу префектуры, отвечающей за все папские аудиенции, общественные и частные, с работой папских апартаментов, Иоанн Павел назначил своего секретаря, монсеньора Станислава Дзивиша, помощником префекта папского двора. Оба, и монсеньор Харви, и монсеньор Дзивиш, были рукоположены в епископы, как и другой давний соратник папы, монсеньор Пьеро Марини, управляющий папскими литургическими церемониями. Иоанн Павел возвел их в сан епископов в соборе Святого Петра 19 марта 1998 г. В одной из наиболее трогательных церемоний в своем понтификате он поблагодарил всех троих за многолетнюю помощь; особое слово благодарности было адресовано монсеньору Дзивишу, которого он посвятил в священники тридцать пять лет назад, за «разделение моих испытаний и радостей, надежд и страхов» во время всего понтификата. Эти беспрецедентные мероприятия, поразившие традиционных папских управляющих, проявили лукавый юмор, свойственный Иоанну Павлу и Станиславу Дзивишу. В день, когда о назначениях было объявлено публично, Дзивиш, более тридцати лет самый близкий человек к Каролю Войтыле, сказал Харви, который теперь формально был выше его рангом:
— Я хочу, чтобы вы знали: я очень исполнительное духовное лицо.
Несколько дней спустя, когда Папа и монсеньор Харви прогуливались во время аудиенции, Иоанн Павел, прекрасно осведомленный о пересудах об американском префекте папского двора, начал тихонько бормотать по-итальянски:
— Il Prefetto… Americano… impossible! [Префект… Американец… невозможно!] …Un Aggiunto… Polacco… peggio ancora! [Заместитель префекта… поляк… еще хуже!].
Три недели спустя после объявления об этих перестановках Иоанн Павел провел седьмую консисторию для избрания новых членов Коллегии кардиналов. Двадцать человек получили красные шапки, Папа назвал еще двух in pectore [в своем сердце], чьи имена не были открыты публично. Среди новых кардиналов были архиепископы Венский Шонборн, Чикагский Георг, новые главы куриальных департаментов Дарио Кастрильон Хойос, Хорхе Медина Эстевес, Дж. Фрэнсис Стаффорд и архиепископы Палермо, Генуи, Мехико, Торонто, Лиона, Дар-эс-Салама, Мадрида и Белу-Оризонти в Бразилии. Вышедший в отставку (удалившийся на покой) епископ-миссионер в Замбии поляк Адам Козловский получил красную шапку в возрасте восьмидесяти шести лет, как и пять ветеранов Курии и епископ Каосунга, первый кардинал Тайваня.
25 мая 1998 г., через неделю после своего семидесятивосьмилетия, Иоанн Павел II отметил еще одну дату — его понтификат стал самым продолжительным в двадцатом столетии, обойдя Пия XII, который был папой девятнадцать лет и семь месяцев. Главные документы Пия были изданы к одиннадцатой годовщине его избраниями в последние годы своего понтификата он был чем-то вроде затворника. Двадцатый год Иоанна Павла на Престоле Петра был отмечен шквалом директивных документов, и такой темп активности, несколько замедлившийся из-за физического состояния Папы, изнурял более молодых его сотрудников.
10 февраля Борис Ельцин, президент Российской Федерации, приехал в Ватикан на пятидесятиминутную беседу с Папой и повторил приглашение Михаила Горбачева Иоанну Павлу посетить Россию. Отсутствие приглашения от Русской Православной Церкви и экуменические обязанности Папы делали такое паломничество невозможным. Ельцин и его семья были очарованы Иоанном Павлом, с которым президент России обсуждал и внутреннюю российскую ситуацию, и вопросы безопасности Европы. В свою очередь, Папа подчеркнул важность того, чтобы празднование Великого юбилея 2000 протекало в духе лояльности обоим «легким» Церкви — Востоку и Западу.
Иоанн Павел предпринял еще одну попытку добиться взаимопонимания с немецкоязычными католиками во время июньского паломничества в Австрию, своего восемьдесят третьего апостольского визита за пределы Италии. В обращении к местным политическим лидерам и дипломатическому корпусу в Вене он отметил, что Австрия перешла от состояния «пограничной страны» к «стране-мосту», через которую проходят связи с новыми демократиями Восточной Европы. Это следует расценивать, заявил Папа, как «открытие Востока», как «европеизацию всего континента». Иоанн Павел также подчеркнул, что новая Европа должна вступить в борьбу с корнями антисемитизма, не все из которых, сказал он, еще обрублены. Папа страстно обращался к разделенной Австрийской Церкви.