В какой-то момент в течение первого столетия нашей эры герметизм начал реагировать на тот же духовный импульс, который дал толчок к развитию неоплатонизма, гностицизма, манихейства и христианства, — чувство попадания в ловушку материального мира и стремление к спасению. Причины этой тенденции непросты и все еще порождают долгие споры. Результаты были одинаково сложными и разнообразными в зависимости от ресурсов, доступных философам и мистикам в разных частях древнего мира. В долине Нила основными ресурсами всегда была древнеегипетская духовная практика, итогом которой и стал герметизм.
От первоначальных герметических школ и учений сохранилось очень немного. Рассматривая сохранившиеся документы, ученые пришли к выводу, что герметизм развивался и передавался в небольших неформальных кругах учеников, собранных вокруг харизматических учителей. В курс обучения входили: мистическая философия, церемониальная магия, астрология и алхимия — все, что должно было помочь ученику пережить опыт перерождения, где душа осознавала связь с высшей безымянной божественной силой Вселенной. Подобно тому, как все древнеегипетские магические книги приписывали Тоту, а не их реальным авторам, книги, созданные этими кругами, приписывались Гермесу Трисмегисту, его греческому эквиваленту ().
Мощная культурная харизма Египта в древнем мире позволила этим книгам и самой герметической науке приобрести репутацию глубокой мудрости. Она привлекла и тех, кто изучал другие духовные направления. Хотя ряд платоников и неоплатоников открыто отвергали магическую сторону герметизма, всегда были и те, кто принимал их как полезный источник знаний. Этот подход становился все более распространенным с подъемом христианства. Поскольку разные языческие направления, которые раньше часто спорили друг с другом, сейчас искали точки соприкосновения перед лицом общей угрозы в лице христианства. Ямвлих Халкидский в стремлении создать единое языческое духовное учение как оплот сопротивления надвигающейся христианской лавине увидел в герметической магии ключевой элемент спасения.
Но и сами христиане не могли сопротивляться воздействию на них ауры мудрости, окружавшей «египетские мистерии». Некоторые отцы церкви сделали все возможное, чтобы использовать герметические писания в поддержку христианства, вплоть до создания «оракулов Гермеса», предсказывающих пришествие Иисуса. Это произвело неожиданный эффект. Поскольку Гермес Трисмегист в конечном итоге неожиданно получил титул пророка Христа, герметические документы, которые в противном случае сожгли бы на кострах, были сохранены и копировались весь период Средневековья. Так значительная часть герметизма сохранилась в христианском одеянии, дав начало направлению христианского оккультизма ().
Вторжение арабов в VIII веке привело к смене одной догматической религии на другую, как в Египте, так и в большей части Средиземноморья. Мусульманские завоеватели впитали в себя многие культурные ценности захваченных народов, а большая часть герметической практики была принята как мусульманами с мистическим складом ума, так и арабскими магами. Коран, священная книга Ислама, тоже дал лазейку герметикам, включив «сабиев» в число народов Книги, которым было разрешено мирно следовать своим религиям. О значении термина «сабианцы» велись споры на протяжении многих веков. Но спустя столетия после мусульманских завоеваний под ними повсеместно понимали герметистов.
Языческий город Харран воспользовался этим «разрешением», чтобы сохранить свою религию, смешанную с герметизмом и неоплатонизмом.
Так герметические традиции духовной и практической магии стали частью широкого потока арабской магии, хлынувшей в Европу с XII века н. э. Но теоретическая сторона герметизма сохранилась только в нескольких книгах. В самой важной из них на средневековом западе была «Асклепиус», которая дошла до нас в латинском переводе. Далее на востоке, в Византийской империи, сохранилась коллекция герметических текстов, позже известная как «Герметический корпус». Но, скорее всего, тогда эти книги были мало распространены ().
Было в ходу и несколько астрологических книг за авторством Гермеса, арабские магические справочники, например Пикатрикс, имеющие некоторое отношение к герметической философии. Были и чисто магические тексты с именем Гермеса, например «Книга Гермеса о пятнадцати звездах» (Liber Hermetis de quindecim stellis), пособие по магии талисманов, которое часто копировалось в Средние века и в эпоху Возрождения.
Несмотря на недоверие со стороны церкви, устойчивый тайный интерес к Гермесу и его учениям сохранялся в образованных кругах весь период Средневековья. Известные философы-платоники, такие как Бернард Сильвестрис (деятель XII века), нередко обращались к этим источникам, хотя почти никогда не ссылались на них в своих работах ().