Управление войск НКВД по охране тыла фронта действовало в пределах разграничительных линий фронта. Полк получал для охраны полосу в 50–60 км по фронту и 15–20 км в глубину.
В зависимости от протяженности фронта каждое управление по охране тыла имело в своем составе 3–5 полков. Полк организационно состоял из 3 стрелковых батальонов, в каждом батальоне 15 линейных и 3 резервных заставы.
Войска НКВД организовывали службу непосредственно за линией войскового тыла в 15–20 км. от переднего края путем проведения войсковых, агентурных и следственных мероприятий.
Отсутствие разведподразделений в частях отрицательно сказывалось на уровне оперативно-служебной деятельности войск.
В ноябре 1941 года начальник Управления войск НКВД по охране тыла Западного фронта генерал-майор Петров Г. А. в докладе Начальнику войск НКВД СССР генерал-майору А. Н. Аполлонову о состоянии войск НКВД Западного фронта и их оперативно-служебной деятельности, отмечает, что основные недостатки в оперативно-служебной деятельности войск НКВД — слабость разведки. Разведка тылов фронта не ведется, кадр командиров разведчиков распылен, разведка строится оторвано от сложившейся обстановки и этим объясняется незначительный процент разоблачения агентов противника.
В связи с отсутствием своего следственного аппарата все задержанные, в ходе несения боевой службы, лица направлялись в Особые отделы НКВД, которые оказались не готовы в силу своей малочисленности наладить действенную работу по проверке и фильтрации поступающих контингентов.
Приказом НКВД СССР № 00852 от 28 апреля 1942 г. на базе Управления внутренних войск было образовано Главное Управление ВВ НКВД СССР и в его составе — Управление войск НКВД по охране тыла Действующей Красной Армии.
Начальником ГУВВ НКВД СССР был назначен генерал-майор И. С. Шередега, его заместителем и начальником Управления войск НКВД по охране тыла ДКА — старший майор государственной безопасности А. М. Леонтьев.
Все войска НКВД, несущие охрану тыла ДКА, входящие в состав пограничных войск НКВД СССР — 11 управлений войск НКВД по охране тыла фронтов и их части общей штатной численностью — 66676 чел., списочной численностью — 49784 чел., были подчинены ГУВВ НКВД СССР.
Для правового регулирования войсковой, оперативно — служебной деятельности войск в апреле 1942 года было утверждено «Положение о войсках НКВД, охраняющих тыл Действующей Красной Армии», подписанное заместителями наркома обороны Маршалом Советского Союза Б. М. Шапошниковым и наркома внутренних дел генерал-майором А. Н. Аполлоновым.
Были конкретизированы задачи войск НКВД по охране тыла ДКА:
1. Выявление и задержание агентуры противника, забрасываемой в тыл фронта и изъятие предателей и немецких ставленников в освобожденных от немецких оккупантов районах.
2. Ликвидация групп и отрядов противника, прорвавшихся или переброшенных противником в тыл действующей Красной Армии.
3. Пресечение всякого рода антисоветских выступлений, проявлений бандитизма в тылу действующей Красной Армии и изъятие организаторов и участников этих выступлений.
4. Борьба с дезертирством и мародерством.
5. В особых случаях (по решению Военного Совета фронта) охрана коммуникаций на определенных участках;
Войска НКВД, выделенные для охраны тыла ДКА, стали выполнять задачи по наведению в прифронтовой полосе порядка, обеспечивающего нормальное действие боевых частей Красной Армии.
Основными видами действий войск являлась высылка патрулей, дозоров, секретов, засад, разведывательно-поисковых групп, оперативно-войсковых групп, выставление контрольно-пропускных пунктов.
Несмотря на тяжелые условия несения службы войска НКВД по охране тыла ДКА успешно решали поставленные перед ними служебно-боевые задачи, на первое апреля 1942 года было задержано 842 432 человека, подлежащих фильтрации, в их числе выявлено 47 398 дезертиров, разоблачено 1627 шпионов, террористов, диверсантов и бандитов.
За период с января по июль 1942 г. органами НКВД были в общей сложности арестованы 7755 агентов противника, а всего с начала войны — 11 765 человек. Большая часть была задержана в результате работы органов военной контрразведки и войск по охране тыла ДКА.
После стабилизации фронтов, и в особенности с переходом Красной Армии в контрнаступление, по мере освобождения населенных пунктов от оккупантов части войск НКВД по охране войскового тыла столкнулись с резко возросшей активностью немецкой разведки, усилившей заброску своей агентуры через линию фронта, со значительной засоренностью освобожденных населенных пунктов предателями и пособниками врага. Это обстоятельство потребовало восстановить в войсках НКВД по охране тыла фронтов агентурно-оперативную работу, без развертывания которой войска не могли успешно справляться с возложенными на них задачами по очистке тыла.
В своей работе войсковые подразделения НКВД тесно взаимодействовали с органами военной контрразведки.