В феврале 1942 года оперативно-разведывательную работу в Управлении войск НКВД по охране тыла ДКА возглавил кадровый чекист майор госбезопасности Трофимов Б. П., с мая 1943 года генерал-майор Егнаров В. С., с апреля 1945 года полковник Цукарев Ф. С.
Для проведения и руководства оперативно — чекистскими мероприятиями по разведке, задержанию и разоблачению немецкой агентуры были введены должности заместителей начальников Управлений войск по охране тыла фронтов по оперативной работе, на которые получили назначения опытные работники НКВД СССР: Западный фронт — майор госбезопасности Михайлов А. П., Южный фронт (I ф) — капитан госбезопасности Трубников В. М., Калининский фронт — майор госбезопасности Письменский С. Ф., Ленинградский фронт — капитан госбезопасности Мещанов П. С. мСеверо-Западный фронт — капитан госбезопасности Кирюшин И. М., Волховский фронт — капитан госбезопасности Клочков В. И., Северо-Кавказский фронт — майор госбезопасности Никитин Д. Н. и другие.
Они лично руководили оперативными разработками и следствием, проявляя должную настойчивость, инициативу, чекистскую сноровку и умение разоблачать тактику врага.
В Управлении войск по охране тыла фронта образовано разведывательное отделение. В штаты полков и батальонов введены разведывательные отделения из 9 и 4 человек соответственно.
В следующем составе: заместитель командира полка по разведке (он же начальник разведывательного отделения), старший помощник начальника разведотделения — 4 чел., младший помощник начальника разведотделения — 2 чел., переводчик и делопроизводитель.
Заместитель командира батальона по разведке (он же начальник разведывательного отделения), старший помощник начальника РО — 2 чел., младший помощник начальника РО.
У начальников линейных застав появились заместители по оперативной работе.
На основании приказа НКВД СССР № 001969 от 11.09.1942 года было утверждено штатное расписание Разведывательного отдела в составе Управления войск НКВД по охране тыла ДКА ГУВВ в составе 20 человек: начальник Отдела (он же заместитель начальника Управления), заместитель начальника Отдела, секретарь Отдела, делопроизводитель — машинистка -2 чел.
1-е отделение — Северо-Западное направление.
2-е отделение — Западное направление.
3-е отделение — Южное направление.
В составе: начальник отделения, заместитель начальника отделения, старший помощник начальника отделения — 3.
Разведывательная работа регламентировалась директивой ГУПВ НКВД СССР № 18/1213 от 17.03.1942 года об организации агентурно-оперативной работы в частях Пограничных войск НКВД охраняющих тыл Действующей Красной Армии, а затем «Положением о работе чекистско-разведывательных органов войск НКВД по охране тыла ДКА», утвержденное приказом НКВД СССР № 001116 от 01.06.1942 года.
Для обеспечения оперативно — служебной деятельности разведывательными подразделениями войск НКВД по охране тыла ДКА в тесном взаимодействии с территориальными органами и Особыми отделами НКВД велась разведывательная и контрразведывательная работа.
Состояние этой работы в подразделениях и частях в целом и каждого командира разведчика в отдельности оценивалось только по конкретным практическим показателям (количество выявленных, задержанных и разоблаченных по агентурным данным шпионов, диверсантов, дезертиров, бандитов и т. д.). Количественные и качественные показатели работы учитывались при аттестации командиров — разведчиков и присвоении воинских званий.
В практике работы встречались и факты нарушения законности (применение к подследственным методов физического воздействия, фальсификация протоколов допроса, необоснованные аресты и т. п.).
В январе 1942 года 23-м Краснознаменным погранполком войск НКВД охраны тыла Южного фронта в Особый отдел НКВД 12-й армии были направлены материалы предварительного следствия на 21 человека, задержанных и давших показания в полку о принадлежности их к немецкой разведке.
При ведении дальнейшего следствия в ОО НКВД 12-й армии все эти арестованные от ранее данных показаний отказались, заявив, что показания они дали вымышленные, в силу применения к ним при допросах методов физического воздействия или уговоров дать показания под предлогом освобождения их из-под стражи.
С целью проверки следственной работы в 23-м погранполку была направлена группа следователей Особого отдела, которая на месте проверила ее состояние и передопросила всех арестованных, отказавшихся от ранее данных ими показаний.
В результате проверки были установлены грубые нарушения законов и норм УПК при ведении следствия в полку. Из-под стражи были освобождены 5 невиновных девушек, 3 человека разоблачены как дезертиры и преданы суду военного трибунала, а остальные 13 человек, как возвратившиеся из немецкого плена, направлены для дальнейшей фильтрационной работы.
Заместитель начальника штаба 23-го погранполка по разведке капитан Ладики Г. А., за допущенные грубые нарушения законности при ведении следствия и незаконные аресты был предан суду военного трибунала.