Церковь XIII века спешит откликнуться на угрожающий успех городских ересей. Она реорганизуется для борьбы с ересями по трем линиям: для расправы, для спора, для предотвращения. Для расправы с ересью там, где она победила и укоренилась, была создана инквизиция: суд по делам ересей был выделен из сферы обычного епископского суда и передан специальным папским уполномоченным, осужденные по этому суду впервые в истории церкви стали выдаваться светским властям, т. е. на смертную казнь; поводом к утверждению этого нового порядка послужила Альбигойская война 1209–1215 годов – жестокий погром еретического Лангедока, против которого папство направило крестовый поход из северной Франции. Для спора с ересью там, где была возможна борьба за души верующих, были созданы нищенствующие ордена – францисканский (1209) и доминиканский (1215); проповедь была выделена из сферы обычных забот священников и монахов, и новые ордена специализировались на ней с тем, чтобы импонировать чувствам слушателей своим «апостольским образом жизни», а разуму слушателей – новоразработанными доводами схоластики. К чувствам более обращались францисканцы: их община поначалу мало отличалась от еретических братств праведной жизни, но вместо пафоса обличений здесь культивировался пафос всеобщей любви – тоже своеобразный протест против нарастающих социальных противоречий города; это и позволило папству поставить францисканское движение себе на службу, из потенциальной угрозы сделать его своим орудием. К разуму более обращались доминиканцы: их орден с самого начала сосредоточился на проповеди перед сомневающимися и в расчете на них стал изыскивать новые источники и новые логические формы аргументации, из их ордена вышли виднейшие систематизаторы знаний новой эпохи. Наконец, для предотвращения ереси там, где она еще не развилась, но угрожала развиться, была предпринята систематизация и унификация всех положений ортодоксального католического мировоззрения – и в богословии, и в философии, и в частных науках. Местом этой новой умственной работы стали первые университеты: таким образом, и здесь главная идеологическая область была выделена из обычной компетенции епископских школ и передана специальным новосоздаваемым учреждениям. Университеты становятся важнейшими культурными центрами XIII и последующих веков: на смену латинской культуре монастырей VI–IX веков и соборных школ Х–XII веков приходит латинская культура университетов.
Университеты появляются в Европе на рубеже XII и XIII веков. По образовательной программе университеты отличались от старых соборных школ тем, что курс соборных школ – «семь благородных наук» – оставался в них лишь в качестве общеобразовательного подготовительного, а над ним надстраивались новые курсы трех специализированных факультетов – медицинского, юридического и богословского. Из трех самых старых и знаменитых университетов на изучении медицины более всего сосредоточивался Салернский, на правоведении – Болонский, на богословии – Парижский. По организации университеты отличались от соборных школ тем, что были лишь номинально подчинены местным епископам, фактически же пользовались самоуправлением под верховным контролем папского престола. Это были свободные корпорации учителей-магистров и учеников-школяров, осевшие в каком-нибудь городе и испросившие у папы привилегию о своих правах; ученые объединялись в университетскую корпорацию так же естественно, как городские ремесленники – в свои цеховые корпорации: университет был как бы ученым цехом, в котором школяры были учениками, бакалавры – подмастерьями, а магистры семи наук и доктора трех старших факультетов – мастерами. Опираясь на папские привилегии, университеты добились независимости как от местных духовных, так и от светских властей, зато оказались в зависимости от папства; проводниками папского контроля были профессора и студенты из нищенствующих орденов, подчинявшиеся не общим университетским уставам, а собственной орденской дисциплине. Так, в Париже первая четверть XIII века заполнена борьбой университета против епископа и городского прево, а вторая – борьбой против францисканского и доминиканского засилья; и первая борьба кончилась для университета победой, а вторая – поражением: францисканская и доминиканская кафедры в Парижском университете остались самым влиятельным центром духовной работы.