После смерти царевича Симеона Алексей Михайлович еще более усиленно стал поминать царицу Марию Ильиничну. Свидетельства этому остались в приходо-расходных документах Тайного приказа, где записывались многочисленные милостыни, розданные царем, и упомянуты панихиды по царице Марии Ильиничне. 18 июня 1669 года в Коломенском деньги «для поминовения» царицы Марии Ильиничны получили стрельцы под командованием головы Афанасия Левшина, вернувшиеся со службы в Киеве. 21 июня, «за четверть часа до дни», царь пошел в Вознесенский монастырь и «слушал панихиды» по царице. 22 июня он был в Успенском соборе и пожаловал причту 100 рублей. 23 июня «в оддачю часов ношных» царь Алексей Михайлович совершил «выход» в московские монастыри — Знаменский, Златоустовский, Ивановский, Петровский и «в Петровскую богадельню». Всюду он «жаловал из своих государевых рук» деньги монастырским властям и рядовым старцам, священникам и причту. «Да в тех же монастырех и в дороге, — сказано в расходном столбце Приказа Тайных дел, — жаловал великий государь нищих безщотно». Всего было потрачено 429 рублей, из которых царь наградил каждого из шестидесяти нищих в Петровской богадельне. Повезло и оказавшейся у Петровского монастыря вдове Варваре — жене князя Ивана Ивановича Путятина, получившей сразу 30 рублей «на прокорм». 29 июня «в 1 часу ночи» 12 нищих кормили «в деревянных хоромех», раздав каждому по полтине. 1 июля, «за два часа до вечера», царь «изволил кормить» в «передней» 34 священника московских церквей, служивших годовые поминальные службы по царице Марии Ильиничне, каждый из них получил от царя по три рубля и добрую ткань на платье: «им же дан по киндяку ис Персицких».
Царь Алексей Михайлович указал и сыну царевичу Алексею Алексеевичу раздать милостыню нищим: «кормить для поминовения» матери «в Золотой государыни царицы». Он также выдал из своих рук по полтине 72 нищим. 10 июля царь снова раздавал милостыню «для поминовения» царицы Марии Ильиничны протопопам и священникам кремлевских церквей. 13 июля царевич Алексей Алексеевич кормил нищих. 18 июля в память о царице деньги были розданы стрелецким вдовам и сиротам, потерявшим своих мужей и отцов на службе в Киеве. 22 июля были отосланы деньги «на сорокоусты» священникам сел Павловское и Дмитровское. 7 августа были выданы деньги «патриархова чину поддьяконом и певчим дьяком и поддьяком», всем, кто участвовал в погребении царицы Марии Ильиничны и царевича Симеона Алексеевича и поминальных службах по ним. Продолжились и обычные для царя раздачи денег в богадельнях и тюрьмах, 28 августа 1669 года, «в ночи», по царскому указу были розданы деньги 1130 человекам. Царь и сам 31 августа — «в вечеру» последнего дня трагичного 177-го года — отдал из своих рук милостыню безногому нищему, встреченному им по дороге в Вознесенский монастырь. Тот сидел «у двора боярина Бориса Ивановича Морозова», некогда сосватавшего царю Марию Ильиничну…{664}
Царь по-прежнему тяжело переживал потерю жены, и ее «поминовения» и «устройство души» продолжались еще долгое время.Между тем порядок ведения дел требовал постоянного участия царя Алексея Михайловича в заседаниях Думы, приеме докладов из приказов, обсуждении разных вопросов. Но следов такого участия царя в повседневном управлении почти не видно, и это не случайно, учитывая переживаемые им трагические обстоятельства. Например, в апреле 1669 года состоялся отдельный приговор окольничих и дьяков, самостоятельно решивших несложный вопрос о «закладах», взимаемых тюремными сидельцами. Даже челобитные нельзя было, как раньше, подать во время царских выездов из дворца. В июне 1669 года стряпчий Иверского монастыря доносил монастырским властям из Москвы: «Государю свету нашему отнюдь бить челом нельзя, и на выходе нихто не смеет подавать челобитен, потому что время кручинное».
В действиях царя Алексея Михайловича в тот момент можно видеть сосредоточенность на молитве, и любое оскорбление такого настроя строго каралось. 7 июня стольник князь Григорий Венедиктович Оболенский был послан в тюрьму по именному указу царя «за то, что у него июня в 6 числе, в воскресенье недели Всех святых, на дворе его люди и крестьяне работали черную работу, да он же князь Григорий говорил скверныя слова». Алексей Михайлович лично вмешался вдела с умножившимся ростовщичеством, куда были вовлечены подьячие московских приказов, использовавшие для этого казенные деньги. Были введены ежемесячные отчеты за расходование денег, усилен надзор над ними дьяков, запрет на прием таких закладных в уплату налогов.