Среди проблем, которые требовалось решать в первую очередь, выделялась проблема армии и ее отношений с древними кочевыми племенами, стоявшими у истоков империи. Избранные решения были эффективными. Туркмены в основном осели, как уже отмечалось, в пограничных регионах, таких как Анатолия и Азербайджан, а наемническая армия, чаще всего тоже тюркская, которую сельджукиды желали сохранить в своем распоряжении, была подчинена строгой иерархии. Ее военачальники, обязанные сами содержать свои войска, получали во временное пожалование владения с правом взимать там установленный поземельный налог. Так благодаря способу, ранее применявшемуся Бундами, решалась проблема обеспечения значительной армии, численность которой иногда оценивают в 70 000 человек. Эта феодальная система особенного типа, выросшая из наследия предшествующих, прежде всего иранских, административных традиций, которые отражены в знаменитой «Книге управления», оставленной Низам ал-Мулком, позволяла одновременно удовлетворять насущные потребности армии, сохранять преданность ее верхушки и способствовать возрождению деревень.
Центральная администрация, содержавшая под несколько измененными названиями те же самые главные службы, что и предыдущие — аббасидская и саманидская — системы, дублировалась еще более основательными провинциальными структурами с четким разделением гражданских и военных властей. Прежде всего, начальники городских гарнизонов не имели власти над начальниками налоговых ведомств. Кроме того, отправлением верховного правосудия, которое согласно исламскому закону было привилегией суверена и при этом соответствовало чтимому тюркскими племенами обычаю, занимались особые должностные лица. Это позволяло сельджукидскому султану, опираясь на усердие чиновников, стяжать репутацию образцового суверена, правящего просвещенным государством.
Государство это с сильной военной и административной структурой было к тому же государством суннитским, главы которого вели борьбу против шиитский ереси. В то время как Южная Сирия с успехом возобновила военные действия против Фатимидов, Низам ал-Мулк организовал подготовку богословов и чиновников, способствовавшую развитию новой системы обучения. Религиозные науки, преподававшиеся до тех пор частными наставниками в соборных мечетях или молельнях, без какого бы то ни было вспомоществования, отныне были перенесены в специальные учреждения, именуемые
В учебных заведениях этого типа штатный преподаватель назначался и вознаграждался властями, которые обеспечивали также и пособие учащимся. Тем самым государство осуществляло строгий контроль за обучением, и можно предположить, что создание новых Мадраса отражало претензии вазира присвоить себе султанские, если не халифские прерогативы. Фактически Сельджукиды и их министры вмешивались в доктринальные споры, и организованная ими защита суннизма не обошлась без столкновений. Тугрилбек, который присоединился в этом вопросе к халифской программе, первоначально придерживался ханбализма. Впоследствии у правителей возобладал ашаризм, и сам Низам ал-Мулк поддержал это движение, не сумев, впрочем, навязать Багдаду соответствующей доктрины.
Если власть поощряла правоведов и богословов, отводя им все более важную роль в системе управления, то народные классы скорее тяготели к мистическим братствам, которые защищали их лучше, чем городские, часто дезорганизованные институты и предлагали им более жизненную религию. Суфизм в эту эпоху сделался ближе к народу и нашел талантливого защитника в лице знаменитого ал-Газали, который в ожесточенных спорах с философами и исмаилитами начал оживлять культовую практику, приноравливая ее к своей системе.
И доктринальная подготовка, и мистическое оживление всегда были связаны с борьбой против инородных сект, продолжавших тем не менее существовать. Если фатимидский шиизм, в сущности, клонился к упадку, то исмаилизм, о деятельности которого будет сказано ниже, мощно заявил о себе на подчиненной Сельджукидам территории. В 1092 г. от руки «террориста» из числа своих адептов незадолго до смерти своего господина Малик-шаха погиб вазир Низам ал-Мулк. Эта смерть стала серьезной утратой для суверена и помешала ему урегулировать вопрос о престолонаследовании так, чтобы сохранилось единство империи.
Династия Сельджукидов