Несмотря на строгую организацию сельджукидского государства, некоторые свойственные тюркскому характеру черты оказались неистребимы, в том числе и семейная концепция власти, характерная для многих кочевых или кочевого происхождения народов, согласно которой функция руководства может принадлежать нескольким братьям или осуществляться старшим — чаще всего молодым — сыном умершего вождя. Отсюда бесконечные споры и войны за власть, не миновавшие ни Тугрилбека, которому угрожал сводный брат, ни Алп Арслана, с которым соперничали его сводный брат, старший брат и двоюродный брат его отца, ни самого Малик-шаха, которому не давал покоя его дядя Кавур. Низам ал-Мулк сумел успешно поддержать права Алп Арслана, а затем права его сына. Случившаяся после его гибели смерть третьего Великого Сельджукида положила начало целой полосе кризисов, приведших к окончательному распаду империи. Трое его сыновей в течение многих лет оспаривали власть, и когда в 1118 г. один из них, Санджар, преуспел и добился своего признания в качестве главы семейства, он вынужден был отдать управление рядом западных регионов империи представителям боковых ветвей.
Таким образом появились иракские Сельджукиды, которые правили до 1194 г., керманские Сельджукиды, которые господствовали в этом регионе Ирана до 1186 г., и уже упомянутые румские Сельджукиды, которые после принятия монгольского протектората правили вплоть до 1307 г. В Сирии тоже утвердилась другая сельджукидская ветвь, начавшаяся с Тутуша, брата Малик-шаха, которому наследовали два его сына: один в Халебе, другой в Дамаске. Между тем в этом регионе сельджукидские династии вскоре были вытеснены военачальниками, которые служили им в качестве «советников», так называемых
Эти последователи Сельджукидов в основном сохраняли методы управления, определенные первыми представителями династии, неукоснительно соблюдая ту же политико-религиозную ориентацию. Тем не менее арабские и иранские земли эволюционировали с той поры принципиально по-разному. Начавшаяся при Саманидах иранизация продолжалась при Газневидах, коснувшись тех стран империи, где арабский язык постепенно терял позиции, оставаясь языком эрудированных трудов — религиозных, философских или научных. Мало того что возрождались иранские традиции, воплощенные Фирдоуси в знаменитой эпопее «Шахнаме» и превозносящие идеал, в какой-то мере чуждый собственно исламу, но в тех же регионах персидский язык стал использоваться для сочинения непоэтических литературных произведений, таких как уже упомянутый трактат Низам ал-Мулка. Эта эволюция сильно затронула Иран. Она распространилась в Анатолию, где вскоре зародилась тюркская литература, но надписи на памятниках повсеместно в ту эпоху продолжали составляться на арабском. Таким образом, выделился ряд регионов из числа полностью арабоязычных провинций Ближнего Востока, интеграция которых в сельджукидскую империю прослеживалась только в политическом и религиозном плане либо в сфере ремесел.
Между тем, как мы уже видели, Сельджукиды столкнулись с революционной активностью исмаилитов. Последние были представлены на их территориях группой крайних шиитов, изначально связанных с фатимидским движением, хотя и очень рано отделившихся от него. С 1090 г. они обосновались в иранской крепости Аламут к югу от Каспийского моря. Эти так называемые низариты (по западной терминологии — ассасины) призвали к восстанию против Сельджукидов. Из аламутского региона, где они создали независимое государство, в котором до 1162 г. сменили друг друга восемь «владык», они пытались расшатать сельджукидский режим, захватывая отдельные опорные пункты и применяя практику политического убийства. Но с конца XII в. деятельность секты, представителей которой, впрочем, безжалостно истребляли в городах, куда они пытались проникнуть, пошла в Иране на убыль.
Кроме того, низариты при содействии местных вождей утвердились в Сирии, где благодаря борьбе с крестоносцами сумели захватить несколько крепостей. Там в XII в. их «владыкой» был знаменитый Синан (1140–1192), который, подобно вождям иранского движения, называл себя боговдохновенным, но так и не смог, несмотря на организованные им персональные покушения, навязать свою власть за пределами кольца крепостей. В городах Сирии его сторонников в начале XII в. систематически истребляли так же, как в Иране, и в течение XIII в. исмаилиты этой страны сначала отошли от боговдохновленческой доктрины, а затем позволили отобрать свои крепости, продолжив жить обособленной общиной.