Ко всему прочему к этому добавились недоброжелательные действия англичан. Согласно планам русского правительства, Ушаков намеревался помочь англичанам в овладении занятого французами острова Мальты, но Нельсон под разными предлогами уклонялся от этого намерения. Ему вторил король обеих Сицилий, опасаясь усиления республиканцев. В начале сентября Ушаков из Палермо перешел с эскадрой в Неаполь, имея полномочия короля располагать его войсками, и стал готовиться к овладению Римом и Чивитавеккьей, где еще держались французы. Но когда 19 сентября соединенные неаполитанский и русский отряды двинулись к Риму, английский коммодор Трубридж из Неаполя вдруг перешел в Чивитавеккью и по приказанию Нельсона, тайно от Ушакова, вступил в переговоры с французами. Поспешив предложить «великодушные» условия неприятелю, он убедил французов сдать город. Благодаря таким хитростям англичане пытались оказаться освободителями Рима. Ушаков, узнавший о коварных действиях английского адмирала накануне подписания капитуляции, протестовал; но, разумеется, безрезультатно.
После предательских действий союзников адмирал Ушаков распорядился прекратить движение на Рим русского отряда, который состоял из 818 человек морской пехоты и матросов под командой начальника десантных войск эскадры полковника Скипора и лейтенанта П. И. Балабина. К тому времени в Риме находился французский гарнизон в 2500 человек. Кардинал Руффо немедленно написал адмиралу Ушакову письмо, умоляя его не возвращать русский отряд в Неаполь. Во-первых, потому что французы согласились уйти только под влиянием известий о приближении русских; во-вторых, потому что если русские не войдут в Рим, то «невозможно будет спасти его от грабежа и установить в нем добрый порядок»; в-третьих, «без российских войск королевские (неаполитанские) подвержены будут великой опасности и, возможно, отступят назад». Кроме того, Ушакова возмутило намерение англичан, если гарнизон французов капитулирует, отправить их Северную Италию, чтобы воевать против войск Суворова. Стало понятно, что англичане ведут собственную политику.
Немедленно адмирал Ушаков приказал Скипору и Балабину вновь идти на Рим. Уже 11 октября 1799 года впервые за всю историю Рима русские войска вступили в Вечный город. Вот отчёт лейтенанта Балабина адмиралу Ушакову: «Вчерашнего числа с малым нашим корпусом вошли мы в город Рим. Восторг, с каким нас встретили жители, делает величайшую честь и славу россиянам. От самых ворот св. Иоанна до солдатских квартир обе стороны улиц были усеяны обывателями обоего пола. Даже с трудом могли проходить наши войска. “Виват, Павло Примо! Виват, московито!” – было провозглашено повсюду с рукоплесканиями. Эта страница в истории Европы – освобождение русскими Рима в 1799 году – старательно замалчивается западными историками и политиками.
Из свидетельств очевидцев: «Вот, вот те, кои бьют французов и коих те боятся! Вот наши избавители! Недаром французы поспешили отсюда удалиться!»; «Вообразите себе, ваше высокопревосходительство, какое мнение имеет о нас большая и самая важная часть римлян и сколь много радости произвела в них столь малая наша команда! Я приметил, что на всех лицах было написано искреннее удовольствие». Ликование римского населения объясняется простой причиной: в городе уже начали хозяйничать бандитские шайки французских грабителей-«революционеров». Приход безукоризненно державших себя, дисциплинированных русских войск спас Рим от грозивших ему ужасов экспроприации. Дней 11 продолжалось ликование народа в Вечном городе.
Успехи русских на суше и море, популярность России у итальянцев встревожили Англию и Австрию, которые вынудили Павла I выйти из коалиции. Спустя год Италия снова и уже надолго подпала под власть Франции.
Дальнейшие действия наших моряков на берегах Италии остановились, так как появились слухи о вступлении в Средиземное море до 50 кораблей соединенного французско-испанского флота. Английский адмирал Нельсон даже снял блокаду Мальты, чтобы собрать свои суда в Палермо. Капитаны А. А. Сорокин и П. В. Пустошкин получили приказание немедленно следовать со своими отрядами в Корфу. Ушаков полагал оттуда отправиться на соединение с Нельсоном. Но тревога оказалась напрасной. Многочисленному флоту противника не повезло: Средиземное море встретило его сильным штормом. Сильно потрёпанные испанцы пошли на ремонт в Картахену, а французы в Тулон.