Уход неприятеля позволил Ушакову снова послать к Анконе четыре фрегата (три русских и турецкий) и три мелких судна под начальством капитана 2-го ранга М. Войновича. У самой Анконы держалась только крепость Лагоци с 3000 вооруженных поселян и 12 пушками. Начальник Анконского французского гарнизона генерал Монье, желая уничтожить Лагоци, двинулся в атаку на его укрепления. Но показавшийся в море отряд Войновича заставил французов ретироваться. К десанту русских и турок в количестве 600 человек с тремя пушками присоединилось 200 вооруженных жителей с двумя пушками. У берегов появились пять австрийских канонерских лодок. Находившиеся на берегу русские войска при содействии судовой артиллерии, преодолев сильное сопротивление противника, овладели крепостью Фано, а потом беспрепятственно заняли оставленный французами Сенигальо и приступили к блокаде Анконы.
Порт Анкона был важнейшим стратегическим пунктом на западном берегу Адриатического моря. Положение города, стоящего на выдающемся в море мысе, позволяло установить для него надёжный заслон. Во-первых, со стороны моря её блокировали суда отряда Войновича, а на берегу возведена была целая линия укреплений, в которой на левом фланге располагался русско-турецкий десант под начальством капитан-лейтенанта Ф. Ф. Мессера. В центре и на правом фланге находились местные милиционеры. Эти союзники при содействии отряда русско-турецкого десанта под начальством лейтенанта М. И. Ратманова смогли принудить французов к отступлению. Правда, борьба шла с переменным успехом.
Во время осады, продолжавшейся полтора месяца, выстрелы с наших береговых батарей и отряда произвели такое разрушение городских зданий, что гарнизон крепости был выведен из казарм на биваки. Беспрестанные вылазки значительно уменьшили численность защитников Анконы. В крепости не хватало съестных и военных припасов. В это время к Анконе подошел восьмитысячный корпус австрийцев под начальством генерала Фрейлиха. Он всеми способами старался заставить русских покинуть Анкону. Несмотря на требование Войновича общими силами штурмовать крепость, Фрейлих более месяца бездействовал. Наконец, он решился выбить французов из передовых укреплений. Дело кончилось тем, что при атаке австрийцы были успешно отражены и потеряли 300 человек убитыми. При этом отряд капитан-лейтенанта Ф. Ф. Мессера, который пробился к самым воротам крепости, по приказу австрийского генерала должен был отступить.
После ряда неудачных попыток штурма генерал Фрейлих, пользуясь численным превосходством своих сил перед союзниками, 2 ноября заключил капитуляцию с начальником французского гарнизона, занял Анкону одними своими войсками. При этом он запретил впускать туда русских и турок. Войнович в ту же ночь послал в гавань десант и велел на моле и на сдавшихся французских судах поднять русские и турецкие флаги, там же поставил свои караулы. Разъярённый австрийский командующий приказал согнать силою русские караулы и также силою спустить русские флаги, заменив их австрийскими. Впоследствии, по требованию императора Павла, австрийское правительство осудило дерзость генерала Фрейлиха, а также исключило его из службы, но уже было поздно. Видимо, долготерпение русских истощилось.
Как было упомянуто, Ушакову пришлось послать часть своих сил к Генуе в помощь австрийцам, которые долго и совершенно безуспешно ее осаждали. Придворный военный совет Австрийской империи не хотел пускать Суворова к Генуе, как на юге Нельсон не хотел пускать Ушакова к Мальте. Подобно англичанам, бесконечно долго осаждавшим Мальту, австрийцы бесконечно долго осаждали Геную. Но поддержка со стороны русской эскадры и небольшого десанта могла казаться военному совету, с одной стороны, очень желательной, а с другой – небезопасной, ведь русский союзник мог захватить этот богатый и крайне важный пункт.
Генуя была захвачена французами при первом завоевании Северной Италии генералом Бонапартом. Взять Геную можно было не с моря, а с суши – силами пехоты. Но на суше австрийцы не имели достаточно сил, поэтому ничего путного у них не выходило. Прошёл один месяц, затем другой, а Генуя всё держалась.