Руководил осадой австрийский генерал Кленау – один из множества австрийских военачальников, которые прославились разве что рукоприкладством. Прибыв под Геную со своей эскадрой, вице-адмирал П. В. Пустошкин «был обнадежен, что Генуя в скорости взята будет». На самом же деле Генуя была занята только 4 июня 1800 года, когда у французского генерала Массена, оборонявшего город, истощились все припасы. Правда, уже через полторы недели Бонапарт разгромил австрийцев при Маренго, и Генуя тотчас же была возвращена французам. Но до всех этих событий было еще очень далеко и летом, и осенью 1799 года; а пока Кленау убеждал Пустошкина в близости австрийской победы, только требовал при этом высадки русского десанта в помощь австрийской сухопутной армии. Пустошкин мог дать лишь батальон в 200 человек. У австрийцев было несколько тысяч. Предпринятый штурм французы отбили. Австрийцы были жестоко разбиты, они потеряли до трех тысяч человек, в том числе больше взятых в плен, чем убитых. Здесь необходимо привести одну характерную деталь сражения. Разбежавшаяся австрийская армия бросила маленький русский отряд на произвол судьбы. У русских пехотинцев выбыли из строя 75 человек, в том числе убитыми 38, ранеными 18 и взятыми в плен 19. Пустошкин доложил, что русский отряд «показал отличное мужество и храбрость». Надо заметить – в отличие от позорного поведения австрийцев, практически сдавшихся в плен. Сражались русские превосходно.
П. В. Пустошкин вернулся со своей эскадрой в Мессинский пролив лишь весной 1800 года, когда Россия вышла из второй коалиции и, к большому удовольствию вице-адмирала, «впредь никакого содействия с австрийскими войсками не имела». Донесения Ушакова об из ряда вон выходящем по наглости поведении австрийцев под Анконой и об их позорной трусости под Генуей поступили в царский кабинет как раз тогда, когда стала выявляться истинная суть предательских действий Австрии относительно русских в течение всего похода Суворова вообще, а в частности после великой его победы под Нови. Все это складывалось в общую картину. Выход России из второй коалиции постепенно назревал. Психологически и политически он становился неизбежным еще до того, как в Петербург пришли известия о внезапном возвращении Бонапарта из Египта, о последовавшем спустя три недели низвержении Директории и установлении во Франции военной диктатуры первого консула. Все эти новые впечатления вскоре заставили Павла и его советника генерал-лейтенанта Ф. В. Ростопчина, исполнявшего должность министра иностранных дел, думать о новой ориентации российской внешней политики. Впрочем, Ушаков не сразу получил приказ о возвращении на Черное море. Адмиралу велено было сначала покинуть Италию и возвратиться к Ионическим островам, где с ним Пустошкин и воссоединился.
Надо отметить разительное сходство поведения англичан по отношению к русским при осаде Мальты с поведением австрийцев под Генуей. Австрийцы не хотели, чтобы Суворов шел к Генуе, и старались его «спустить с гор» в Швейцарию. Вместе с тем они взывали все время к тем же русским о помощи. Абсолютно так же поступали англичане. Все видели, как Нельсон противился походу эскадры Ушакова к острову Мальта. Это продолжалось до поздней осени 1799 года, когда Ушаков совсем ушел из Италии к Ионическим островам, а Мальта все не сдавалась. Вдруг Нельсон круто переменил позицию и стал просить русских о помощи.
Между тем французы ещё держались в Мальте, а участвовавшая в блокаде португальская эскадра возвратилась в Лиссабон. Англичане теперь не имели возможности собрать достаточно сил для взятия столицы Валлетты. Поэтому Нельсон и неаполитанский король убеждали Ушакова идти с флотом к Мальте. Кроме того, 10 апреля 1800 года было получено повеление из Санкт-Петербурга содействовать англичанам в осаде Мальты. Задержанный исправлением судов, заготовлением продовольствия и противными ветрами, адмирал смог выйти в море только 20 декабря, оставив для охранной службы около Неаполя три фрегата под начальством А. А. Сорокина. В эскадре Ушакова, состоявшей из семи кораблей, одного фрегата и восьми малых судов, находились также две тысячи гренадеров под начальством генерал-майора Д. М. Волконского. Назначение его планировалось Павлом как коменданта гарнизона Валлетты, главной крепости на острове Мальта. Тогда на пути из Неаполя в Мальту, в Мессине Ушаков получил приказание возвратиться с флотом и бывшими при нем сухопутными войсками к своим портам. Дело было в том, что 15 июня 1800 года Австрия подписала перемирие с Францией, и российский император Павел I приказал вернуть эскадру Ушакова в Черное море.