Первоначально личный состав Аму-дарьинской флотилии комплектовался моряками, а суда ходили под Андреевским флагом. Оперативно же флотилия подчинялась командующему Туркестанским военным округом, и посему 23 апреля 1894 г. флотилия была передана Военному ведомству. С этого времени личный состав ее комплектовался из офицеров и солдат военного округа.
Получилась вроде бы забавная ситуация – армия имеет военную флотилию! Но в конце XIX – начале ХХ века русская армия имела не только эту флотилию, но и десятки пароходов, моторных и паровых катеров на Балтике, Черном море и Тихом океане.
И на Амударье армия повела себя куда деятельнее, чем моряки. С 1895 г. по 1901 г. флотилия пополнилась новыми буксиропассажирскими пароходами «Цесаревич Алексей», «Великий князь», «Великая княжна Ольга» и «Император Николай II», двумя паровыми катерами, паровым барказом и десятью баржами.
Флотилия под армейским командованием поддерживала срочные рейсы: пассажирские (почтовые) и грузовые на участке Чарджуй – Петро-Александровск (410 верст) одним пароходом и на участке Чарджуй – Керки – Келиф – Термез (433 версты) пятью пароходами. Продолжительность навигации на нижнем плесе составляла 8,5 месяца (с 1 марта до середины ноября), а на верхнем плесе – 10 месяцев (кроме ноября и декабря). Продолжительность буксирного рейса по расписанию от Чарджуя до Термеза – 10 дней и обратно 6 дней, а от Чарджуя до Петро-Александровска – 5 дней и обратно 7 дней. Отдельные пароходы флотилии ходили через Аральское море в Сырдарью и вверх по реке до Сарая.
Пароходы флотилии питались исключительно нефтью. На пути были устроены плавучие нефтехранилища. За четыре года, с 1905 по 1908 г., в среднем ежегодно делалось 77 рейсов и перевозилось 17 тысяч пассажиров и 530 тыс. пудов (8,7 тыс. т) казенного и частного груза.
Общая грузоподъемность флотилии составляла: 125 пассажиров 1-го класса, 3650—3-го класса, 43 тыс. пудов (704 т) полезного груза.
В начале ХХ века у армейской флотилии появился конкурент – акционерное пароходное общество «Хива». Однако и грузов, и пассажиров хватало как казенным, так и частным пароходам.
Понятно, что сами по себе воинские части, железные дороги и речные пароходы не могли закрепить Среднюю Азию за империей без интенсивной колонизации ее славянским населением.
Первыми русскими поселками в киргизских степях стали города и городки-укрепления, населенные военными, главным образом казаками. Но вслед за ними появлялись и мирные земледельцы – иногда случайно, но чаще по вызову своих родственников казаков. Это были мещане разных сибирских городов, но большей частью крестьяне Тобольской губернии из Курганского и Ишимского уездов, прилегавших к Акмолинской области. В этих уездах при установившемся экстенсивном землепользовании стала уже ощущаться относительная земельная теснота. Обычно желающие переселиться в Акмолинскую область высылали туда ходоков, которые высматривали подходящие места, арендовали у киргизов небольшие участки, делали распашки и посевы и, убедившись в доброкачественности почвы и угодий, законтрактовывали эти земли на определенные сроки и вызывали к себе земляков или принимали странствующих русских переселенцев. Таким образом среди киргизских степей возникали русские крестьянские поселки со всем деревенским обзаведением. На почве таких арендных соглашений колонизовались и другие местности киргизской степи – Тургайская область и Павлодарский уезд Семипалатинской области.
Со временем между арендаторами-переселенцами и хозяевами-киргизами возникали недоразумения, вызывавшие вмешательство администрации и ходатайство русских поселенцев об образовании самостоятельных русских поселков. В 1879 г. такое ходатайство было удовлетворено, поскольку отвечало намерениям правительства. Генерал-губернатор Западной Сибири Казнаков в 1875 г. сделал правительству представление о необходимости заселения края русскими земледельцами. Он писал: «Доколе киргизы будут одиноко совершать в пустынных пространствах степей огромные орбиты своих кочевок, вдали от русского населения, они останутся верноподданными лишь по названию и будут числиться русскими только по переписям». Выход из этого положения Казнаков видел в заселении края крестьянами-земледельцами: «Осторожное, без стеснения кочевого населения, водворение внутри степей оседлого населения, частое общение русского населения с киргизами и наглядный пример более удобной жизни представляет единственное средство, могущее смягчить нравы и поднять уровень благосостояния полудикого народа».
Это представление Казнакова встретило в Петербурге поддержку. Решено было образовать на киргизских землях русские поселения, главным образом при почтовых и коммерческих трактах.
Переселенцы направлялись в основном «на Ишим», где были прекрасные пахотные земли, заливные луга, достаточное количество леса, в старицах и озерах было много рыбы, а на лугах много дичи. Число переселенцев возрастало с каждым годом: в 1879 г. – 1800 душ, в 1890 г. – 12 тыс. душ.