Идеологический и культурный вакуум, которые начали создавать русские власти для народов Средней Азии с начала ХХ столетия, стал заполняться исламистами из Стамбула, Крыма и Казани. Так, крымский татарин Исмаил Бей Гаспрали (Гаспринский) основал движение «Усул-аль джадид» («Новый метод»). Он даже начал с 1883 г. издавать в Бахчисарае газету «Тэрджиман» («Переводчик»). Татарские учителя из Казани, на которых «Усул-аль джадид» оказал наибольшее влияние, были также активны в городах Туркестана. Многие семьи казанских татар переехали в Туркестан после прихода русских, и школы с новыми методами, которые они основали, стали образцами для местных жителей. Очевидно, что эти татарские школы были даже более эффективны, чем русские.
Особо стоит рассказать о жизни Бухарского ханства в составе Российской империи.
В 1885 г. в Бухаре создается «Российское императорское политическое агентство», выполнявшее функции посольства. Через политического агента как официального представителя России в ханстве осуществлялись все связи Ташкента и Петербурга с бухарским правительством. Ему также поручался контроль за русско-афганской границей: он следил за соблюдением условий договора, заключенного между двумя государствами в 1873 г., за беспошлинным провозом российских товаров через зону протектората в соседние восточные государства, регулировал взаимоплатежи российских и бухарских торговцев, обеспечивал оплату исков по векселям, предъявляемым российскими подданными, осуществлял судебные функции, связанные с интересами российского купечества в ханстве.
В созданной судебной комиссии, состоявшей из российского политического агента и куш-беги, решались по взаимному согласию сторон уголовные и гражданские дела, возникавшие между российскими и бухарскими подданными.
В Бухаре и при русском протекторате эмир имел неограниченную власть и управлял страной на основании правил шариата и обычного права. Для ближайшего исполнения воли эмира при нем состояло несколько сановников, действовавших каждый в своей отрасли управления. В административном отношении Бухарское ханство делилось на области, управляемые беками и называемые бекствами. Бек вносил ежегодно в казну эмира определенную сумму и посылал определенное количество подарков (ковры, лошади, халаты), оставаясь затем полным самостоятельным правителем своего бекства. Наиболее значительными бекствами являлись Шаарское, Гиссарское и Каршинское, в которых беками сидели или родственники эмира, или лица, пользующиеся его особым доверием. Бекства разделялись на амлякдарства, тумени и т. д. Низшую ступень в администрации занимали аксакалы (белая борода), исполняющие полицейские обязанности.
Беки не получали никакого содержания и были обязаны содержать себя и всю администрацию бекства на сумму, остающуюся от податей населения за вычетом денег, отправляемых эмиру. Население платило херадж (десятую часть урожая) натурой, танап с садов и огородов – деньгами и зякет, в размере 12 % стоимости товаров. Кочевники вносили зякет натурой – 1/40 скота (за исключением лошадей и крупного рогатого скота).
Бюджет ханства не только не контролировался русскими, но бухарские сановники и скрывали его. К началу ХХ века русские чиновники оценивали бюджет в 5–6 млн рублей. Однако в декабре 1910 г. «секретным путем» сотрудники Политического агентства в Бухаре получили точные данные о бюджете, о чем и доложили в Ташкент А. В. Самсонову. Всего доходная статья бюджета составляла 7 349,5 тыс. рублей. Расходы составляли по статьям:
1. На содержание двора Его Высочества Эмира и придворного штата в Кермине – 900 000 руб.
2. На содержание двора в Бухаре, братьев Эмира, Кушбеги и штата служащих – 800 000 руб.
3. На содержание войска – 1 000 000 руб.
4. На содержание сановников и чиновников в Ханстве – 250 000 руб.
5. На содержание принца Сеид-Мир-Мансура – 6000 руб.
6. На содержание русско-туземной лечебницы в Бухаре – 30 000 руб.
7. На содержание русско-туземной школы – 2500 руб.
8. На содержание Самарканд-Термезской дороги – 15 000 руб.
9. На содержание ветеринарного и технического надзора – 5000 руб.
10. На содержание шоссе между Старой и Новой Бухарой – 7500 руб.
11. На экстраординарные нужды – 105 000 руб.
Итого: 3 221 000 руб.
И кроме сего ежегодно расходовалось на выдачу пособий духовенству, сановникам, чиновникам и школам по положению и рангу, подарками приблизительно 1 млн рублей. Таким образом, весь расход выражается около 4 221 000 рублей, следовательно, чистый остаток за 1908 г. имел 3 128 000 рубля.
Население Бухарского эмирата на начало ХХ века составляло около 3 млн человек.