Было невозможно проигнорировать сведения, полученные от Хансена. В 1980 году ГРУ отозвало генерала из затянувшейся командировки в Дели и перевело на работу в своей штаб-квартире на Хорошевском шоссе. Он не был арестован. Хотя к этому времени различные источники указывали, что Поляков является американским агентом, руководство ГРУ отказывалось верить, что один из самых заслуженных генералов военной разведки — предатель. Хотя ГРУ положительно оценивало полученные от Хансена сведения, оно подозревало, что Хансен являлся агентом-двойником американских спецслужб. Сведения на Полякова носили косвенный характер, и у части руководства ГРУ, выступавшего за проведение в отношении генерала тщательного расследования, не было конкретных доказательств его преступления, чтобы убедить сомневающихся. Защитники генерала утверждали, что налицо попытка американцев бросить тень на ГРУ и дискредитировать его сотрудников. Более правдоподобной причиной было нежелание руководства ГРУ выносить сор из избы, если признать факт измены Полякова. По этой же причине ни о чем не было проинформировано и КГБ.
Поляков через свои контакты и связи в ГРУ узнал, что он находится под подозрением. Опасаясь, что ведущееся расследование может закончиться его арестом, он после возвращения в Москву из командировки вышел в отставку, а вскоре ГРУ закрыло его дело. План сработал: ГРУ его больше не беспокоило, а генерал-пенсионер спокойно жил на даче в Подмосковье. Так он прожил до новой волны разоблачений в 1986 году, когда на сцене появился Олдрич Эймс.
4 июля того года Поляков находился на даче, когда получил из ГРУ приглашение на следующий день присутствовать на торжественном собрании в честь выходящих в отставку офицеров — сотрудников Управления. У него были определенные основания ожидать своего ареста — поблизости от его дома были запаркованы две машины «скорой помощи» — явный признак, что генерал находится под наблюдением. Утром в понедельник он появился у штаб-квартиры ГРУ в полной парадной форме со всеми своими наградами на груди. Перед входом в здание он был схвачен, обыскан, с него были сняты все награды, а сам он был привезен в лефортовскую тюрьму КГБ, где обычно сидели подозреваемые в шпионаже. Генерал вскоре был расстрелян. Один из его сыновей, также являвшийся офицером ГРУ, позже кончил жизнь самоубийством.
Поляков был одним из многих американских агентов, которые были раскрыты и осуждены после вербовки нами Эймса и Хансена в «год шпиона» — в 1985 году. Однако его место особое в этом трагическом и страшном списке, поскольку никто другой из остальных не занимал столь высокого положения в иерархии советского разведывательного сообщества и никому так долго и так эффективно не удавалось шпионить в пользу нашего противника.
Случай с Поляковым был уникален, поскольку ему удалось, сотрудничая с ФБР, избежать ареста в течение долгих двадцати пяти лет. Это к вопросу о профессионализме работавших с ним сотрудников спецслужб США и неэффективности советских органов безопасности.
Подобно Пеньковскому, Поляков на Западе подается как «настоящий патриот» России, который считал, что власть в стране узурпировала Коммунистическая партия. Как и Пеньковский, он якобы пересмотрел свои идеологические позиции, когда работа в ГРУ и за рубежом открыла ему глаза на истинную сущность системы, которую он защищал во время войны. Такой точки зрения он придерживался, сотрудничая с ЦРУ и ФБР, и принципиально отказывался от предлагаемых ему денег, только иногда принимая подарки в виде охотничьего или рыболовного снаряжения.
Есть и другая схожесть в делах Полякова и Пеньковского. Мотивы их предательства сознательно упрощались в политических целях. В документах следствия по делу Полякова замалчивался один важный факт — судьба его сына. Поляков потерял веру в ГРУ и Советский Союз во время его второй командировки в США. Тогда младший из трех его сыновей тяжело заболел. Поляков попросил разрешения у резидента положить сына в одну из нью-йоркских больниц на операцию. Ему было в этом отказано. Поляков был в отчаянии, но ничего не смог больше сделать. Его сын умер. Вскоре после этого Поляков подошел с предложением о сотрудничестве к одному из своих официальных знакомых — высокопоставленному офицеру американской армии, а тот помог ему установить в контакт с ФБР.