Главному управлению контрразведки в качестве основных задач определялось получение сведений о планах вражеских спецслужб, выявление и пресечение шпионажа и иных разведывательно-подрывных посягательств против суверенитета и территориальной целостности Украины.
Экономическая контрразведка наделялась правами ведения оперативной работы в сфере народно-хозяйственного комплекса, атомной энергетики, оборонных предприятий, транспорта и иных важных объектов жизнеобеспечения, а также предупреждения аварий, взрывов и иных чрезвычайных происшествий в отраслях промышленности. Предусматривалась защита государственной тайны и секретных сведений.
В рамках контрразведывательной деятельности особо значимым являлось направление борьбы с терроризмом, защиты национальной государственности и конституционного строя от преступных посягательств как внутри страны, так и извне.
Управление военной контрразведки, по нашему замыслу, должно направлять оперативную деятельность на защиту вооруженных сил Украины, других воинских формирований от подрывных акций спецслужб зарубежных государств. Способствование командованию в повышении боеготовности войск, сохранении военных секретов — эти функции также предписывались будущим сотрудникам военной контрразведки.
Создавалось управление по борьбе с организованной преступностью с задачами вскрытия и пресечения правонарушений в области государственного управления и экономики (коррупция, контрабанда, незаконная торговля оружием, международный наркобизнес и т. д.), которые затрагивали интересы внешней и внутренней безопасности государства.
В последние годы советской власти в КГБ Украины нам не удалось создать боеспособное подразделение по борьбе с организованной преступностью и коррупцией. Из-за отсутствия кадров я был вынужден пойти на необычный шаг: ликвидировать управление по контрразведывательному обеспечению органов МВД и поставить его сотрудников на выявление коррупции, вскрытие экономического саботажа. Такое решение (не иметь специализированного подразделения по осуществлению контрразведки в органах МВД) было вынужденным шагом и принималось в тот период только в КГБ Украинской ССР, при этом органы МВД и внутренних войск не оставались совсем без оперативного внимания. Кстати, на такое штатное преобразование мы не стали просить предварительного согласия в центре, сделали это инициативно. С нашим решением согласились.
Управление оперативно-технического обеспечения создавалось для того, чтобы способствовать выполнению служебных задач разведки и контрразведки техническими или иными специальными средствами, для документирования конспиративной преступной деятельности. Многие направления оперативно-технической деятельности в республике предстояло образовывать впервые, особенно функционирование государственных информационных, криптографических и шифрованных систем. Научный потенциал и производственную базу в этой области надлежало создавать с нуля, так как всеми техническими спец-средствами органы КГБ УССР обеспечивались из Москвы, своих возможностей для этих целей не имели.
В документах Верховному совету специально подчеркивалось, что во избежание нарушений законности следственное управление будет самостоятельным, процессуально независимым и подчиняться лично председателю СНБУ, который обеспечивает использование следователей исключительно в рамках их правовой компетенции.
В структуру СНБУ входили также управление кадров (подбор, обучение, воспитание, повышение квалификации персонала), административно-хозяйственное управление (материально-техническое, медицинское обеспечение, строительство, финансово-хозяйственная работа). Для обеспечения органов госбезопасности квалифицированными кадрами создавался Институт подготовки кадров СНБУ на базе Высших курсов КГБ СССР по переподготовке руководящих кадров.
Руководство Службы — председатель, первый заместитель и заместители. Аппарат руководителя СНБУ включал секретариат, юридический и мобилизационный отделы, инспекцию, пресс-службу, а также начинали функционировать ранее не существовавшие подразделения: собственной безопасности, внешних связей с органами безопасности суверенных республик и зарубежных стран. Особо обосновывалась необходимость образования мощных аналитических управлений для обработки поступающей разведывательной информации, направления докладов в адрес высших органов власти и управления. Продукция аналитических подразделений и раньше способствовала принятию решений руководством республики по многим политическим, экономическим и социальным вопросам; информирование было отлаженным и регулярным.