Когда гиксосы захватили всю территорию Нижнего Египта, их предводитель сделал своей резиденцией Аварис, древний религиозный центр, где поклонялись Тифону, то есть Сету. Вождь гиксосов осознал (или даже знал об этом заранее), что Сет имеет много общего с различными божествами, которым поклонялись на родине захватчиков. В итоге правитель гиксосов не только стал почитать этого бога, но и, в отличие от фараонов, считал его единственным и даже пытался навязать культ Сета жителям остальной части Египта, сохранившей свою независимость. Это вызывало бурную реакцию Амона, вселившего в Камоса желание освободить страну. Когда гиксосов наконец изгнали, Амон стал владыкой богов. Как бы то ни было, царь был щедр и по отношению к последним, получившим от него немало различных благ, что, вероятно, в конечном итоге стало благом для всей страны в целом.
Однако в правление Аменхотепа III произошли события, связанные с революцией, явлением одновременно вполне обыденным и весьма незаурядным. Царь отвернулся от Амона, но сын его пошел еще дальше, стал притеснять Амона, Мут и Хонсу и полностью игнорировать всех остальных богов. Он перенес столицу в новый город, расположенный примерно в 250 милях (400 км) к северу от Фив, и сменил имя, превратившись из Аменхотепа («Амон доволен») в Эхнатона («Слава Атона»). На протяжении примерно 20 лет Атон был единственным официально признанным божеством. Его изображали в виде солнечного диска, от которого веером отходят лучи, заканчивающиеся ладонями. Однако это вовсе не значит, как может показаться на первый взгляд, что божественный покровитель Гелиополя одержал победу над богом Фив. Новый бог отверг все прежние имена бога солнца, а также корону, скипетр, ладьи и пышные процессии, днем и ночью ходившие вверх и вниз по течению Нила. Таким образом правитель Египта полностью разорвал связь с прошлым, о чем свидетельствуют гимны Атону, которые, казалось бы, созданы иноземцем, а не египтянином. В них говорится, будто солнце является созидательной силой, создавшей все живое, оно породило всех людей, наделило их кожей разного цвета и различными языками и поселило их в разных регионах. Одним оно даровало Нил, другим – дождь.
На протяжении нескольких лет царский двор пребывал в новом городе, построенном Эхнатоном, не восприимчивом ни к чему, кроме нового официального культа, равнодушном к потере обширных египетских владений и полностью отрезанном от остальной страны. Однако после смерти Эхнатона, не оставившего после себя наследников мужского пола, трон перешел к мужу его старшей дочери, а затем – к Тутанхатону, вскоре примирившемуся с богом – покровителем Фив, взявшему себе имя Тутанхамон и переехавшему вместе со всем двором в прежнюю столицу. Он стал восстанавливать порядки, существовавшие в стране до воцарения Эхнатона, возродил знаменитый праздник Опет, приказал построить новые священные ладьи и возвести статуи. Его преемник Эйе, занимавший в правление Эхнатона высокий пост, даже не попытался выступить в защиту нововведений своего покойного господина, а Хоремхеб, последний представитель XVIII династии, уничтожил последние свидетельства их существования.