В конце XVI века янычары, которые в это время уже являлись в основном местными уроженцами, стали в высшей степени недисциплинированными и одновременно политически активными. Бывший башодабаши, Кючюк Мухаммед, вероятно представлявший местных янычар, вел активную борьбу против старших командиров и в 1692 году организовал государственный переворот. Ему помогали беи Факарии. В 1694 году он был убит. То недолгое время, на протяжении которого он обладал фактической властью, Кючюк Мухаммед старался прекратить злоупотребления и не допустить взлета цен на зерно после неурожайного года. Янычары оставались влиятельными фигурами и после его смерти, но их привилегии и заносчивость вызвали неприязнь к ним других военных, особенно азапов (легкая пехота). В 1711 году имела место 70-дневная гражданская война между янычарами, поддерживаемыми беями Факарии, и их противниками, на стороне которых выступали беи Касимии. Она завершилась поражением янычар и гибелью их лидера, другого башодабаши по имени Афрандж Ахмад. Наместник, фактический пленник янычар, был свергнут и заменен каймакамом.
После этого события беи мамлюков стали единственными хозяевами Египта. Их обычно было двадцать четыре человека, и самого могущественного бея называли раис (лидер). Лидерство иногда делили между собой два или три бея. Османские наместники проводили политику поддержки любого раиса, который демонстрировал способность поддерживать стабильное правительство и готовность выплачивать дань Порте. В таких обстоятельствах вражда между домами ведущих беев стала важнее, чем ссоры между двумя группировками. Группировка Касимии пребывала на подъеме при Исмаил-бее, который был у власти с 1714 до 1724 года, когда пал от рук убийцы. Другая гражданская война в 1730 году привела к победе группировки Факарии, предводители которой соперничали за лидерство до тех пор, пока в 1744 году верх не одержал Ибрагим Кахиа. Он правил до 1754 года и дал Египту крайне необходимую ему передышку от беспорядков. Хотя он в 1748–1754 годах делил власть с главой другого мамлюкского дома, он был эффективным хозяином. Примерно с этого времени или чуть позже главный мамлюкский бей Египта стал называться шейх аль-балад. Ибрагим-бей направлял большую часть египетских доходов на поддержание собственного дома, который довольно скоро превзошел других и монополизировал самые важные посты до самой французской оккупации. Одновременно он оплачивал имперские расходы и отправлял очень полезные, хотя и уменьшенные суммы дани Порте, которая, благодаря этому, относилась к нему весьма благосклонно.
В частой борьбе между властями предержащими в Египте до и после Ибрагима Кахиа участвовали не только мамлюки и регулярные войска, но также арабы-бедуины, вооруженные сеиды и члены гильдий. Племя хаввара захватило контроль над Асьютом и Верхним Египтом при шейхе Хумаме (умер в 1769 году), который имел репутацию благородного человека, но тем не менее не брезговал вымогательством у местного населения. Он давал убежище беглым мамлюкам разгромленных фракций. Военные действия приносили существенный экономический ущерб. Победители, чтобы возместить свои расходы, устанавливали новые налоги и занимались конфискациями у купцов и ремесленников (аванья), в том числе французских. Незащищенность и вымогательства, так же как упадок традиционных отраслей промышленности, таких как производство полотна и сахара, а также упадок торговли в Индийском океане в XVII и XVIII веках привели к обнищанию Египта.
После смерти Ибрагима Кахиа началась борьба за власть между беями его фракции, в которой одержал верх и получил пост шейх аль-балад молодой военный кавказского происхождения Али-бей, которого Ибрагим Кахиа привез с собой, обучил и всячески продвигал. Вскоре Али-бей продемонстрировал деспотические склонности. Он захотел создать свиту личных сторонников с помощью своих мамлюков и своей правой руки — человека по имени Мухаммед-бей Абу аль-Дахаб[6]. Одновременно он пытался устранить других ведущих беев, которые в марте 1766 года восстали против него и заставили бежать в Палестину. Там он вступил в контакт с фактическим правителем Акки шейхом Захиром аль-Умаром и османским правителем Газы. С помощью последнего он вернулся в Египет. И хотя Али-бей был вынужден вскоре снова покинуть Каир, он вместе с Абу аль-Дахабом смог собрать внушительные силы своих сторонников в Верхнем Египте. С этими силами и с военной помощью от шейха Хумама Али-бей снова вошел в Каир в октябре 1766 года.
В следующем году он подавил всю мамлюкскую оппозицию и выступил против шейха Хумама, который был разбит и вскоре умер. С тех пор арабские племена перестали быть важным фактором в египетской политике и постепенно ассимилировались с крестьянами-феллахами.