На протяжении большей части XVI столетия Сирия наслаждалась стабильностью и процветанием. О росте Алеппо как торгового центра мы уже упоминали. В документах говорится о благополучии Северного Ливана при туркмене Ассафе (умер в 1522 году) и его преемниках Мансуре (умер в 1580 году) и Мухаммеде (умер в 1590 году). Также вполне благополучно обстояли дела в Южном Ливане при Фахр ад-Дине I аль-Мани (убит в 1544 году по наущению вали Дамаска) и его сыне Куркумазе (умер в 1585 году). Христиане-марониты тогда жили в основном в горных районах севера, но уже начали мигрировать в центр и на юг. Ими управляли собственные феодальные лорды —
Эта гармония была разрушена в 1584 году, когда разбойники разграбили в районе Джун-Аккара, что недалеко от Триполи, караван, везущий египетскую дань в Стамбул. В преступлении обвинили друзов. Османские войска разорили их территорию и свергли вождя — Куркумаза, который годом позже умер. Юсуф ас-Сайфа воспользовался возможностью расширить сферу своего влияния и в 1590 году ликвидировал последнего Ас-сафида. Его правление не пришлось по душе маронитам.
Серьезное восстание в Алеппо в 1605–1607 годах стало угрозой для османской власти, тем более что в это время шла война с Ираном. Господству янычар на какое-то время был положен конец с помощью Хусейна Джанполата, вождя курдов и правителя Килиса, что на севере провинции. Впоследствии, с одобрения Порты, он насильственно взял власть в Алеппо, но в 1605 году был арестован и казнен за якобы срыв обеспечения снабжения войск для военных действий. Его племянник Али тогда взбунтовался и, имея в своем распоряжении 30.000 солдат, стал хозяином территории, протянувшейся от Хамы до Аданы. Он сражался против Юсуфа ас-Сайфа в союзе с друзским лидером Фахр ад-Дином II аль-Мани. Через два годы османские экспедиционные силы взяли над ним верх. Клан Джанполата поддерживал дружеские отношения с Фахр ад-Дином, и в 1630 году некоторые из его членов мигрировали в Ливан, где обратились в религию друзов (ветвь исмаилитского шиизма) и стали важными членами друзского сообщества.
Подъем Фахр ад-Дина II (1572–1635), который был двенадцатилетним ребенком-беженцем, когда его отец Куркумаз умер, объясняется его собственным мастерством как лидера и дипломата, а также ослаблением османов. После привлечения на свою сторону вождей друзов и маронитов, а также соседних суннитских и шиитских вождей он не без успеха воевал с Юсуфом ас-Сайфа за обладание Бейрутом и северной частью Ливана. Вали в Дамаске и власти в Стамбуле в целом поддерживали Юсуфа, но не желали, чтобы он стал слишком сильным, и сначала приветствовали влияние Фахр ад-Дина в качестве противовеса. Поэтому Фахр ад-Дин был признан правителем Ливана, а позже стал правителем Сидона и Сафада. Он поддерживал в своих владениях порядок и религиозную терпимость и старался обеспечить экономическое развитие регионов, поощряя сельское хозяйство и заморскую торговлю через Сидон и Бейрут. Последовавшее процветание привлекло мигрантов, по большей части крестьян-маронитов с севера Ливана, которые обосновались в друзских регионах, и горожан — ортодоксальных христиан из других частей Сирии и Палестины. Иностранные купцы — тосканцы из Ливорно, венецианцы и французы — селились в портах. В Ливане начало активно развиваться производство шелка. К этому же времени относится подъем Бейрута.