Первые 11 лет самостоятельной службы, с 1875 по 1886 г., были отданы Балтийскому флоту, на боевых кораблях которого он нес службу в Балтийском и Северном морях, в Атлантическом океане. Здесь, на Балтике, он получил первые офицерские звания: мичмана (1876) и лейтенанта (1886); окончил курсы в Минном офицерском классе (1880).
Минным офицером транспорта «Алеут» Василий Арсеньевич перешёл с Балтики на Тихий океан, где затем полтора года нес крейсерскую службу в Беринговом море. Первая самостоятельная командная должность командира миноносца «Сучена» (1889) раскрыла многие таланты молодого офицера. С лета 1893 по 1895 г. старший офицер клипера «Бобр», а затем командир транспорта «Алеут» Василий Арсеньевич принимал участие в гидрографических работах у побережья Кореи в составе Особой съемки Восточного океана. Тогда один из островов в ходе экспедиции был назван его именем (ныне остров Хандо), а в заливе Петра Великого появились названия вышеупомянутых бухты и банки.
В 1897–1899 гг. перед уходом из Сибирского флотского экипажа В. Бойсман командовал клипером «Бобр», затем минными крейсерами «Всадник» и «Гайдамак». Большой плавательный ценз, служба в различных должностях, как и длинный перечень судов, на которых довелось служить В.А. Бойсману, все это позволяло утверждать даже его современникам, что он в буквальном смысле «пропадал в морях». Это далеко не так. Был в биографии моряка продолжительный «сухопутный» период. И связан он большей частью с Владивостоком.
Так, в связи с проводимым переустройством порта во второй половине 80-х гг. в среде военных моряков поднимался вопрос о возможности зимовки судов отряда Тихого океана во Владивостоке. Для отработки возможного экстренного выхода боевых кораблей зимой сквозь льды Золотого Рога командир порта в январе 1888 г. назначил опытные партии (группы специалистов для проведения опытов). В задачу одной из них входила проверка возможности проводки судов по искусственному каналу, подготовленному во льдах с помощью серии взрывов. Помощь главному минеру порта капитану 2-го ранга П.М. Токаревскому в расчёте порядка подрыва, экономичности зарядов и потребности в подручных вспомогательных средствах оказывал минный офицер шхуны «Алеут» лейтенант В. Бойсман. Об эффективности проделанной работы говорит тот факт, что в годы Русско-японской войны именно этот способ проводки судов во льдах стал основным.
После успешного командования миноносцем «Сучена» с 1890 г. В. Бойсман был назначен последовательно заведующим минной лабораторией; исполняющим дела главного артиллериста и минёра Владивостокского порта; а с 1891 по 1892 г. еще и заведующим пристрелочной станцией по совместительству. Два года в биографии офицера были посвящены преподавательской деятельности, когда (1895–1897) он заведовал Школой минных машинистов. Выполнение такого широкого круга обязанностей по силам, бесспорно, человеку неординарному, талантливому и энергичному. Неслучайно с первых лет службы во Владивостоке его избрали в состав Морского офицерского собрания сначала кандидатом, а затем и членом. В собрании Бойсман выступал с обстоятельными докладами и короткими сообщениями. 8 января 1897 г. он был избран членом комитета Владивостокской морской библиотеки. Василий Арсеньевич был в числе известных на Дальнем Востоке и в России инженеров, учредивших Владивостокское отделение Императорского Российского технического общества. В число лучших «технарей» Владивостокского отделения входили: выпускник Николаевской инженерной академии, губернатор Приморской области П.Ф. Унтербергер; руководитель работ по строительству Уссурийской железной дороги О.П. Вяземский; горный инженер П.Н. Горлов; начальник инженеров Владивостокской крепости К.С. Чернокнижников; практически все инженеры Военного и Морского ведомств, служившие в ту пору во Владивостоке, – В.И. Жигалковский, И.И. Зеенштранд, С А. Иванов и многие другие.
Чуть более месяца длилась вахта шхуны «Алеут» на карантинном посту у мыса Голдобина летом 1888 г. Задача для экипажа несложная, скорее несвойственная. Однако угроза занесения холеры из Японии и Китая в ту пору была настолько реальной, что нельзя было допустить промахов. Действуя совместно с медиками, офицеры наладили своевременный приём и досмотр судов, прибывающих во Владивосток. Вместе со своим экипажем нес карантинную службу и минный офицер шхуны – лейтенант В.А. Бойсман.
Находясь на берегу, Василий Арсеньевич жил заботами Сибирского флотского экипажа, так или иначе участвовал в основных событиях жизни города. В 1891 г. он вошёл в состав комиссии по сооружению первого во Владивостоке памятника – погибшей в 1889 г. парусной шхуны «Крейсерок». Эта трагедия была памятна Бойсману. В 1887–1889 гг. с экипажем шхуны «Алеут» в Беринговом море он выполнял те же задачи по охране промыслового района от браконьеров, что и экипаж погибшей шхуны «Крейсерок» в Охотском море.