Больше месяца шла подготовка к необычному рейсу со всеми мерами предосторожности, исключающими малейшую утечку информации. Первоначально Е.С Гернет проживал в отеле «Версаль», затем в «Московском подворье». И наконец, 25 октября 1904 г. под именем Ивана Блюменталя, агента фирмы «Кунст и Альберс», на зафрахтованном старом английском угольщике «Карляйль» тайно покинул Владивосток с грузом для Порт-Артура. Неделей ранее из Владивостока с тем же заданием вышел транспорт № 5 (бывший датский пароход «Бинтаг») под командой лейтенанта Веселаго. На одиннадцатый день пути в десятибалльный шторм «англичанин» потерял все лопасти винта. 83 дня дрейфа, пять тысяч миль, проделанные по воле ветров и течений на неуправляемом судне, с реальной опасностью быть захваченными японскими крейсерами, выдержали отважные моряки. И все это время во Владивостоке с нетерпением ждали сообщений. И хотя ни лейтенанту Веселаго на «Бинтаге», ни лейтенанту Гернету на «Карляйле» не удалось доставить груз по назначению, они остались в истории войны отчаянными смельчаками, предпринявшими фантастическую попытку помочь осажденному гарнизону крепости Порт-Артур. Веселаго застрял в одном из китайских портов, Гернета прибило на судне к филиппинскому берегу. Ремонт судна, транспортировка и сдача груза на суда нашей эскадры, возвращение во Владивосток с донесением о выполнении задания, минуя район боевых действий, – на все это у Гернета ушло еще несколько месяцев – только к сентябрю 1905 г. Евгений Сергеевич возвратился во Владивосток.
Здесь он стал свидетелем первых революционных выступлений восставших матросов…
Затем последовала служба на Балтийском море. С 1906 г. он служил на броненосце «Цесаревич». Участвовал в составе экипажа броненосца «Цесаревич» в оказании помощи жителям итальянской Мессины во время катастрофического извержения вулкана Этна, за что удостоился специальной Золотой памятной медали. С 1910 г. по болезни он списывается с флота. Однако с началом Первой мировой войны возвращается в минную бригаду Черноморского флота. При взятии Трапезунда был тяжело ранен. После излечения в сентябре 1917 г. был назначен командиром новейшего эскадренного миноносца «Калиакрия», награжден орденом Святого Станислава II степени с мечами и произведен в капитаны 2-го ранга.
С победой Октябрьской революции Гернет переходит на сторону большевиков, возглавляет отряд кораблей Черноморского флота при уходе из Севастополя в Новороссийск от немцев, где 18 июля 1918 г. затопил все корабли по приказу В.И. Ленина. Позже возглавил формирующуюся Волжскую флотилию; с августа 1918 г. был назначен помощником начальника тактического отдела Морского Генерального штаба; с февраля 1919 г. – начальником дивизиона сторожевых кораблей Балтийского флота. Он возглавлял переход отряда судов с Балтики на Каспий.
В 1920 г. Е.С. Гернет последовательно занимал должности: командующего Западно-Двинской, затем Азовской военными флотилиями; командира портов Черного и Азовского морей; начальника Новороссийского и Грузинского укрепрайонов. До увольнения в запас в 1922 г. он возглавлял Южно-Черноморский сектор береговой обороны.
Много других, менее значимых событий произошло в его жизни до того, когда он опять вернулся во Владивосток в 1922 г., и с тех пор на долгие годы был неразрывно связан с этим городом.
Капитаном дальнего плавания Евгений Сергеевич работал на различных дальневосточных линиях, а в 1923 г. стал капитаном парохода Доброфлота «Симбирск» (переименованного в «Ленин»), а затем «Индигирки». Его отправили в китайские порты Шанхай и Кантон с ответственными заданиями – доставить специальные грузы для Кантонской республики Сунь Ятсена. В период гражданской войны в Китае, в 1924–1927 гг., он в качестве военного советника сопровождал В.К. Блюхера, разработавшего план так называемого Северного похода. С весны 1927 г. Гернета посылают в Японию, в Кобе, где он занимается фрахтом судов для внешнеторговых перевозок. И в Китае, и в Японии его сопровождала семья, чаще все же ожидавшая моряка во Владивостоке. По возвращении из командировки в 1931 г. он занимался проблемами Севера, работая в Главсевморпути сначала заместителем начальника (1933), а затем начальником Гидрографического управления. Но кабинетным чиновником он так и не стал. Так, в 1933 г. вместе с командой ледокола «Сибиряков» он открыл острова, получившие название островов Арктического института. В 1934 г. он дрейфовал в Карском море на шхуне «Садко», а в 1935 г. на берегу бухты Тикси готовил к плаванию шхуну «Полярная звезда». Участвуя в высокоширотных экспедициях, он редактировал лоции полярных морей. Именно на этом поприще Евгений Сергеевич сделал такие открытия, которые до сих пор поражают воображение своей гениальностью и простотой решения.