Миноносец «Бедовый» в ходе Цусимского морского сражения сдался противнику по приказанию офицеров штаба эскадры. На нем находился тяжелораненый командующий 2-й Тихоокеанской эскадры вице-адмирал З.П. Рожественский вместе с «чинами своего штаба». Впоследствии под наименованием «Сутзуки» (по другим данным, «Саза-ками») входил в боевой состав ВМС Японии, затем использовался как мишень, а в 1922 г. был демонтирован и продан на слом.
По приказу адмирала Н.И. Небогатова выкинули белые флаги и сдались японцам три из четырех броненосцев, входящих в его эскадру.
Не подчинившийся приказу броненосец «Адмирал Ушаков» самостоятельно пошёл на север, но был обнаружен японскими кораблями. После того как был израсходован весь боезапас, броненосец затопили. Командир корабля капитан 1-го ранга В.Н. Миклуха, родной брат всемирно известного путешественника Миклухо-Маклая, и вместе с ним два офицера отказались покинуть погибающий корабль.
Броненосцы «Император Николай I», «Адмирал Сенявин» и «Генерал-адмирал Апраксин» получили японские имена и служили в составе ВМС Японии до конца 20-х гг. XX века.
Еще в начале Цусимского боя вопреки положению международного права японцами были захвачены госпитальные суда «Орел» и «Кострома». Японцы пленили также и транспорты, переоборудовав их во вспомогательные крейсера: «Екатеринослав» стал «Карасаки-мару», «Манчжурия» была переименована в «Маншю-мару», а «Сунгари» в «Мацуё-мару».
Трофейные корабли (более 20 вымпелов) не только восполнили, но и перекрыли все потери японского флота.
Русский же флот переместился с третьего места в мире на восьмое (после Великобритании, Германии, Франции, США, Японии, Италии, Австро-Венгрии).
После войны генерал А.М. Стессель, адмиралы Н.И. Небогатов и З.П. Рожественский предстали перед судом. Адмирал З.П. Рожественский, получивший во время Цусимского сражения тяжелые ранения, был оправдан. Стессель и Небогатов приговорены к смертной казни, замененной Николаем II десятилетним заключением в крепости. Отсидели они всего несколько месяцев, а затем были полностью помилованы монаршей милостью.
«Эскадра-невидимка» – неофициальное наименование в Европе Владивостокского отряда крейсеров, успешно действовавшего на морских коммуникациях Японии и отвлекавшего на себя крупные силы флота противника. Урон, нанесенный эскадрой контрабандной торговле, вызвал панику в финансовых кругах Японии, США и Англии. В Токио разъяренная толпа сожгла дом вице-адмирала Камимуры, в течение нескольких месяцев не сумевшего отыскать и уничтожить внезапно появляющиеся и исчезающие русские крейсера.
В отряд входили броненосные крейсера «Россия» (флагманский), «Громобой» и «Рюрик», бронепалубный крейсер «Богатырь», вспомогательный «Лена», а также 11 миноносцев и 13 подводных лодок.
Владивостокский отряд крейсеров совершил шесть, точнее, даже семь походов на морские коммуникации противника.
Первый поход 27 января – 1 февраля 1904 г. крейсера «Россия», «Громобой», «Рюрик» и «Богатырь» совершили под флагом контр-адмирала Н.И. Скрыдлова. В качестве главной задачи определялось нападение на Гензан – порт на восточном побережье Корейского полуострова, использовавшийся японцами для переброски сухопутных войск. Сложные погодные условия заставили отряд отказаться от намеченной цели. Не пройдя и трети пути, корабли вернулись во Владивосток. В ходе крейсерства был потоплен небольшой японский пароход.
Во втором походе 11 февраля – 17 февраля владивостокские крейсера провели безуспешный поиск японских транспортов к северу от Гензана. Тем не менее обеспокоенное действиями Владивостокского отряда японское командование было вынуждено перебросить в Японское море эскадру вице-адмирала Камимуры, ослабляя свой флот у Порт-Артура.
Весной 1904 г., в апреле, состоялся третий поход. Четыре крейсера в сопровождении двух миноносцев под командованием контр-адмирала К.П. Иессена нанесли удар по японским коммуникациям вблизи Гензана. В ходе крейсерства были уничтожены два парохода и транспорт «Кинсю-мару» с ротой солдат на борту. Вероятность столкновения с превосходящими силами противника заставила русский отряд отказаться от бомбардировки Хакодате и возвратиться на базу. Результаты крейсерства вынудили эскадру Камимуры более не покидать акватории Японского моря.
В четвертом походе с 31 мая по 7 июня – крейсера «Россия», «Громобой» и «Рюрик» («Богатырь» 5 мая сел на камни и фактически до конца войны вышел из строя) нанесли удар по японским коммуникациям у острова Окиносима. Были потоплены три войсковых транспорта. Только на одном «Хитачи-мару» находилось свыше 1000 японских солдат резервного гвардейского корпуса и 18 крупнокалиберных гаубиц для осады Порт-Артура.
3 июня был взят как приз английский пароход «Аллатон». Отдельно от крейсеров в этот период действовали три миноносца, захватившие одну и уничтожившие другую японские шхуны.