Попытка спасти положение заставила силы самурайской оппозиции в мае 1868 года объединиться на севере Хонсю в так называемый Северный союз, одним из главных членов которого было княжество Айдзу. Силы альянса насчитывали 50 тысяч человек. В августе к ним присоединились корабли адмирала Эномото Такэаки, прибывшие в порт города Сэндай. Однако большая армия оппозиции в своем большинстве была вооружена очень плохо. В течение лета – начала осени Северный союз с переменным успехом воевал за Хокуэцу, но постепенно практически исчерпал силу.
Осенняя победа императорской армии на перевале Бонари открыла им дорогу на Айдзу – последний крупный город, находившийся в руках противников императора на севере Хонсю.
Трудности и противоречия в рядах антиимператорской коалиции привели в конце концов к распаду Северного союза. 12 октября флот Эномото Такэаки, состоявший из восьми кораблей, вместе с остатками самурайских просёгунских войск ушел на Хоккайдо. Княжество Айдзу и его основные силы, сосредоточенные в замке Вакамацу, остались в одиночестве перед императорской армией.
В середине октября императорские войска окружили Вакамацу. Несколько неудачных штурмов заставили их перейти к осаде крепости. После месячной осады, понимая бесперспективность обороны, его защитники начали переговоры и замок Вакамацу капитулировал. На Хонсю после этого просёгунские силы прекратили сопротивление.
К концу 1868 года уже практически вся Япония была в руках императорских сил. Оставался только остров Хоккайдо, где закрепились преданные сёгунату военные. Во главе их стоял адмирал Эномото Такэаки – командующий остатками флота сёгуната. Его обслуживали и консультировали французские советники, считавшиеся сёгунатом лучшими военными специалистами. 15 декабря 1868 года Эномото объявил об образовании на Хоккайдо независимой Республики Эдзо, разделив, таким образом, Японское государство на две части. Республику Эдзо считают иногда первой республикой Новейшего времени в Азии. Горячим желанием Эномото было создание независимой страны под управлением рода Токугава. В декабре 1868 года в Хакодатэ прошли первые в истории Японии демократические выборы президента – не без влияния французов, очевидно предложивших японцам западный вариант таких выборов. Президентом был избран Эномото Такэаки. Республика получила все атрибуты, присущие государству, – флаг, герб, государственную печать, государственный язык. Особенно важно в данном случае, что вторым официальным языком начал считаться айнский – язык аборигенов острова Хоккайдо. Республика была сразу же признана Великобританией и Францией.
Прежние владетели Японии видели в образовании республики и обладании островом последний шанс удержать свое влияние на оставшихся приверженцев сёгуната, и они не были против раздела страны на постсёгунскую и императорскую. Провозглашение республики давало им надежду хоть как-то спасти бедственное положение и сохранить прежние феодальные порядки или усовершенствовать их, предоставив остальной Японии развиваться самостоятельно, двигаясь по пути капитализма.
Желая обойтись без кровопролития, Эномото отправил императору Мэйдзи послание, в котором просил разрешить развиваться Хоккайдо в соответствии с самурайскими традициями прошлого. Естественно, он получил отказ, так как императорский двор и новые силы не могли допустить существования еще какой-то Японии, тем более республики. Япония должна была быть единой и сильной, стоящей в одном ряду с передовыми странами мира. Она сама выбрала себе монархическое правление и не желала состоять из двух частей, одна из которых замкнулась бы в собственной скорлупе и шла своим, еще неизвестно каким путем. Войну «Босин» следовало закончить, и закончить именно на Хоккайдо. Приближалась финальная стадия войны. В этой связи с обеих сторон началась подготовка к последним широкомасштабным военным действиям. С одной стороны, для обороны острова Хоккайдо, с другой – для его захвата.