Первое морское соприкосновение республиканцев и монархистов произошло при Мияко. Часть императорского флота в составе флагманского корабля броненосца «Котэццу», пяти других боевых кораблей и трех вспомогательных вошли в гавань города Мияко. Командование флота Республики Эдзо решило атаковать императорские силы и захватить с помощью абордажного боя «Котэцу». Для этого решено было использовать хитрость – также войти в гавань Мияко, но под флагами других государств. Однако республиканцев постигла неудача. Операции помешал шторм, который унес один корабль далеко в море. У другого корабля штормом повредило паровую машину, и он потерял в этой связи ход. В результате только один корабль республики, флагман «Кайтэн», смог войти в гавань под флагом США. В непосредственной близости от «Котэцу» корабль сепаратистов поднял флаг Республики Эдзо. Абордаж не удался, но республиканский корабль смог повредить три императорских. Операция провалилась, и республиканский корабль отправился обратно в Хакодатэ. После этого в гавань вошел корабль сепаратистов с поврежденным паровым двигателем и стал легкой добычей императорских кораблей.
Завершающими сражениями войны «Босин» были битвы при Хакодатэ на суше и в гавани города. Высадившись на побережье Хоккайдо, императорские войска разбили 4 апреля 1868 года силы республиканцев. 4 мая шесть военных кораблей императорского флота обстреляли и разрушили береговые укрепления Хакодатэ и вступили в бой с пятью кораблями республики Эдо, базировавшимися около Горёкаку, рядом с Хакодатэ. Флот республики был разбит и потерял почти все свои корабли; множество военнослужащих было убито. 7 мая императорский флот праздновал победу. Республика Эдзо капитулировала и 27 июня 1868 года прекратила свое существование. С падением республики завершилась война «Босин», в которой участвовало 120 тысяч человек и которая унесла жизни 4 тысяч японцев. Произошло окончательное «возвращение страны и народа» императору – «Хансэки-хокан».
Война между сторонниками сёгуната Токугава и проимператорскими вооруженными формированиями шла в течение полутора лет. Приверженцы сёгуната потеряли в три раза больше людей, чем солдаты, воевавшие на стороне императора. В общем, это показатель преимущества японской армии нового типа. Гражданская война завершилась поражением феодального военного правительства, что привело к так называемой Реставрации Мэйдзи – Реставрации власти императора. На престол вступил 122-й император Японии Муцухито (Мэйдзи). Начался период просвещенного правления – Мэйдзи исин, направивший страну по пути буржуазного развития при сохранении власти императора.
Однако никто не мог гарантировать Японии того, что страны Запада и Соединенные Штаты Америки не превратят слабую страну в свою колонию. Их колониальный разбой в Азии и угроза национальным интересам островного государства заставили японцев быстро принять соответствующие меры. Мыслящие умы Японии и единение нации сделали чудо. «Открытие» страны стимулировало стремительное восприятие западного опыта во всех областях жизни. Ситуация заставила японцев приобщиться к новой общественно-экономической формации быстрее, чем это произошло в свое время на Западе. Япония поспешно начала модернизацию, целью которой было создание современной экономики. В кратчайшие сроки она достигла того, на что многим другим странам потребовалось намного больше времени. Общенациональная идея модернизации, прекращение внутренних распрей в стране, умелые и думающие предприниматели, трудолюбивое население, коллективизм с его жестким подчинением младших старшим, как и при феодализме, упорство и стремление в достижении цели позволили в конечном итоге избежать дальнейшего диктата Запада, быстрыми темпами развить промышленность и преодолеть экономическую отсталость. С каждым годом Япония становилась все сильнее и сильнее.
Но для вхождения в круг ведущих империалистических держав мира тем не менее этого было мало. Для государственной мощи Японии нужны были еще и новые территории, дающие промышленности источники сырья, а также дешевые рабочие руки на этих территориях. Ей требовались регионы для сбыта готовой продукции и земли для японского населения, коих не хватало на островах. В этой связи Япония нуждалась в современной сильной и дисциплинированной армии и флоте, которые способны бы были, как и вооруженные силы других стран империализма, вести ее по пути территориальной экспансии.
Руководство страны справилось и с этой задачей, благо после незаконченной буржуазной революции множество представителей бывшего сословия японских воинов (самураев) осталось не у дел. Но в буржуазной стране армия должна была быть всенародной, а не сословной. В этой связи в 1873 году была осуществлена военная реформа: армия перестала быть только самурайской, но стала доступной всем слоям населения, как на Западе. В 1876 году было упразднено и само сословие воинов, даймё вынуждены были отказаться от своих феодальных прав на землю и вассалитет.