Русско-японская война подвела своеобразную черту в экспериментах высшего руководства Японии по поиску оптимальной структуры вооруженных сил и органов управления армией и флотом. Кампания 1904–1905 гг. выявила очевидные недостатки в работе японской военной разведки. Во-первых, отрицательное влияние на деятельность всех видов разведки оказывало наличие в аппарате Генерального штаба двух дублирующих оперативно-разведывательных управлений, которые зачастую конкурировали друг с другом за обладание тем или иным ценным сотрудником или агентом. Во-вторых, не оправдалась ставка на вербовку агентов из числа японских мигрантов, поскольку в феврале – марте 1904 г. русские власти депортировали все японское население из зоны боевых действий и тем самым лишили японскую военную разведку проверенных источников информации. Отсутствие накануне войны регионального разведывательного центра в Маньчжурии, свертывание деятельности легальных резидентур Генштаба во Владивостоке, Петербурге и Одессе нарушили поступление в Ставку оперативной информации о противнике, а массовая заброска в русский тыл малообученных китайских агентов и отрядов хунхузов не смогла в полной мере компенсировать дефицит достоверных разведывательных сведений. Кроме того, на работе разведывательных органов Генштаба в годы Русско-японской войны отрицательно сказывалось отсутствие специализированного учебного заведения по подготовке кадров разведчиков.
Тем не менее в самом начале войны Генштаб образовал в Южной Маньчжурии два региональных разведывательных центра, которые, комбинируя методы агентурной работы и взаимодействуя с разведкой Юань Шикая, параллельно с военными атташе в Европе с лета 1904 г. начали обеспечивать Ставку достоверными сведениями о противнике. Их информация о непрерывном наращивании русских резервов в Маньчжурии стала одной из причин принятия кабинетом министров Японии решения о прекращении боевых действий.
В определенной степени выявленные в деятельности военной разведки недостатки были устранены в ходе реформы Генерального штаба в 1908 г. Создание единого органа военной разведки позволило японскому командованию сконцентрировать оперативные ресурсы на ключевых направлениях реализации внешней политики Японии. Развертывание в 1905–1906 гг. на материке двух армейских группировок заложило фундамент в организацию постоянно действующего разведывательного аппарата в Маньчжурии, Забайкалье и на Дальнем Востоке, который оперативно подчинялся ГШ через генерал-губернаторство Квантунской области и командование Корейской армии.
Несмотря на принятие в 1907 г. «Курса национальной обороны империи», закрепившего за Россией статус главного противника на суше, в межвоенный период Токио постепенно нормализовал отношения с Петербургом, закрепив в 1907, 1910 и 1912 гг. выбранное направление рядом секретных соглашений о разделении сфер влияния в Маньчжурии, Монголии и Корее.
В связи с этим в 1906–1916 гг. японские разведорганы действовали против России в основном с легальных позиций, используя для прикрытия дипмиссии или официальные должности офицеров-стажеров. На Дальнем Востоке и в Забайкалье японская военная разведка располагала небольшим, но квалифицированным агентурным аппаратом из числа вернувшихся после войны японских мигрантов и осевших в Северной Маньчжурии агентов китайцев и корейцев. Последнюю категорию разведцентр в Чаньчуне и Корейская гарнизонная армия использовали в составе разведгрупп и в качестве агентов-одиночек для вывода через российско-китайскую границу к Транссибу. И все же ключевую роль в агентурно-разведывательной сети ГШ играли главы японских колоний в Хабаровске, Николаевске-на-Амуре, Никольск-Уссурийском, Имане, Иркутске, Маньчжоули и Хайларе, в руках которых концентрировались сообщения от всех проживавших на данной территории японцев, не подозревавших об истинном получателе информации, а также резиденты во Владивостоке и Чите. В европейской части России действовали разведаппараты под прикрытием военного атташата при посольстве в Санкт-Петербурге и вицеконсульства в Одессе, которые опирались главным образом на легальные источники информации. Анализ разведывательных сводок Генштаба и армейских объединений свидетельствует, что, несмотря на активное противодействие русской и китайской контрразведок, японским спецорганам удалось в 1906–1916 гг. наладить получение достоверных сведений о военном и экономическом потенциале России, ее внутренней и внешней политике.