Свержение царского правительства и приход к власти большевиков потребовали от японской военной разведки мобилизации всех ресурсов на получение информации о тенденциях развития обстановки в России: Японию интересовали позиция новых властей относительно возврата царских долгов за приобретенное в годы Первой мировой войны оружие и перспективы сепаратного мира с Германией. Поэтому зимой 1917/18 г. военное министерство командировало на Дальний Восток, в Забайкалье, Сибирь, Внешнюю Монголию, Северную Маньчжурию и Синьцзян 20 офицеров Генерального штаба, поставив перед ними задачи по ведению агентурной разведки и сближению с антисоветскими группировками для их последующего использования в реализации плана создания так называемой «автономной Сибири». Общее руководство их деятельностью осуществлял находившийся во Владивостоке глава Разведывательного управления Генерального штаба, что свидетельствовало об исключительной важности русского направления во внешней политике Японии в 1917–1918 гг.
Кроме того, деятельное участие в сборе сведений о военно-политической обстановке в РСФСР приняли сотрудники военного атташата в Москве и Вологде, которые сумели в условиях развала царской контрразведки и становления советских спецорганов организовать агентурный аппарат и отслеживать основные тенденции внутренней жизни и внешней политики нового государства.
Благодаря активной деятельности харбинского и владивостокского разведцентров к весне 1918 г. японское правительство установило контакты с лидерами крупнейших антисоветских организаций на Дальнем Востоке, в Забайкалье и Северной Маньчжурии. С каждым из них индивидуально работал офицер Генштаба Японии, выполнявший функции советника, куратора и финансиста. Несмотря на значительную материальную и военную помощь отрядам Г.М. Семенова, И.П. Калмыкова, И.М. Гамова, разведорганам армии не удалось объединить контрреволюционные силы под началом Д.Л. Хорвата или А.В. Колчака, что впоследствии стало одной из причин поражения Белого движения на Дальнем Востоке и в Забайкалье. Определенную лепту в это внесли органы контрразведки Сибвоенкомата, ликвидировавшие в апреле 1918 г. иркутскую резидентуру связи японцев.
После высадки экспедиционных войск во Владивостоке в августе 1918 г. 2-е управление Генштаба незамедлительно развернуло на материке сеть разведорганов для сбора сведений о военно-политической обстановке, топографии, природных ресурсах Приморья и Приамурья, деятельности иностранных представителей, а также для контроля над региональными белыми правительствами и взаимодействия с командованием союзных армий. В декабре 1918 г. сеть перешла в подчинение Владивостокской экспедиционной армии, а в феврале 1919 г. трансформировалась в легальные военно-дипломатические миссии, которые вплоть до конца Второй мировой войны оставались ключевым элементом японской разведывательной организации на советском направлении.
Деятельность миссий строилась в строгом соответствии с директивными установками кабинета министров и не предусматривала отклонений от внешнеполитического курса империи. В 1918–1919 гг. они занимались консолидацией белых правительств под властью сначала Д.Л. Хорвата, а затем А.В. Колчака, контролируя обстановку через разветвленный агентурный аппарат из числа привлеченных к сотрудничеству с японской разведкой 30 старших офицеров, генералов и чиновников Омского правительства. При посредничестве офицеров разведки Генерального штаба и Владивостокской экспедиционной армии Японии удалось разрешить конфликт между Семеновым и Колчаком, однако непопулярность Омского правительства у населения, его финансовые затруднения и качественное превосходство Красной армии, нашедшие объективное отражение в докладах омской военной миссии, заставили Токио отказаться от планов создания «сибирской автономии».
Параллельная сеть разведорганов Генерального штаба в Стокгольме, Варшаве, Таллине, Париже, Архангельске, Стамбуле под прикрытием военных атташатов посольств и военных миссий при союзных и белых армиях в 1918–1919 гг. вела целенаправленный сбор информации о положении дел в Советской России, состоянии вооруженных сил противоборствующих сторон, воздерживаясь от проведения подрывных акций непосредственно в РСФСР. По причине отсутствия надежных агентурных позиций в советских органах государственного и военного управления европейские разведаппараты в своих оценках хода Гражданской войны опирались на нередко тенденциозные материалы белогвардейских и союзных спецслужб.