В ходе реформы разведаппарата перед Генштабом возникла проблема отсутствия единого руководства органами военной разведки на занятой территории, поскольку оперативно они подчинялись управлениям двух пехотных дивизий, Квантунскому генерал-губернаторству и командованию экспедиционной армии: так, резидентуры во Владивостоке, Никольск-Уссурийском и Хабаровске замыкались на ВЭА, резидентуры в Маньчжоули и Харбине – на генерал-губернаторство, резидентура в Благовещенске – на 12-ю пехотную дивизию, резидентуры в Иркутске и Чите – на 3-ю пехотную дивизию416.
Неразбериха в организации разведывательного аппарата приводила к тому, что некоторые сотрудники по несколько раз переходили от одного командования к другому. Например, майор запаса Исимицу Макиё, с марта по август 1918 г. руководивший резидентурой в Хэйхэ, после прибытия японских войск подал прошение об отставке, однако вместо этого 18 октября был призван на действительную военную службу и официально прикомандирован к Квантунскому генерал-губернаторству, хотя еще в сентябре на правах благовещенского резидента поступил в распоряжение командования Владивостокской экспедиционной армии, а 14 октября получил приказ о смежном подчинении командиру 12-й пехотной дивизии в Приамурье417.
При этом Генштаб фактически сохранил за собой монопольное руководство разведывательными органами на Дальнем Востоке, в Забайкалье и Северной Маньчжурии: 23 сентября 1918 г. военный министр Осима Кэнъити приказал Квантунскому генерал-губернатору Накамура Юдзиро сообщить перешедшим в его распоряжение резидентам полковнику Араки Садао в Харбине и капитану Хаяси Дайхати в Алтай-Булаке о том, что по служебным вопросам они все еще подчинялись приказам начальника Генерального штаба418.
Отчасти эта проблема была устранена 6 декабря 1918 г., когда директивой Генштаба все разведывательные органы, равно как и японские войска на территории Северной Маньчжурии, Забайкалья и Дальнего Востока, перешли под контроль командующего Владивостокской экспедиционной армией419.
Реформа континентального аппарата 2-го управления закончилась в октябре 1918 г. размещением практически во всех крупных городах Забайкалья и Дальнего Востока разведывательных органов. Помимо решения задач, определенных директивами от 10 августа и 22 сентября 1918 г., на них возлагалось поддержание связи с официальными российскими учреждениями. При этом японская разведка стремилась прикрепить своих наблюдателей даже к тем региональным структурам, которые формально не подчинялись властям интервентов: с сентября по ноябрь 1918 г. в Благовещенске при главе автономного Временного Амурского правительства А.Н. Алексеевском и начальнике штаба Амурского отряда подполковнике И.Н. Никитине находился офицер связи майор Исимицу Макиё, формально отвечавший за взаимодействие по вопросам охраны общественного порядка и железнодорожных перевозок, а фактически занимавшийся агентурной разведкой в Приамурье420.
Контрразведывательные органы Белой армии не могли эффективно противодействовать японской разведке как в силу союзнических отношений с Японией, так и из-за отсутствия подготовленных кадров и потери большей части документации после перехода многих сотрудников на сторону большевиков. На эти моменты внимание командования, в частности, обращал старший адъютант Военно-статистического отделения штаба Приамурского ВО подполковник А.И. Цепушелов, констатируя в рапорте от 25 сентября 1918 г., что при эвакуации из Хабаровска большевики вывезли семь ящиков карточной регистрации Военно-статистического и Контрразведывательного отделений. Поэтому сведения белых спецорганов о японской разведке носили самый общий и искаженный характер: тот же А.И. Цепушелов 25 декабря 1918 г. проинформировал атамана Калмыкова об организации японским командованием в Сибири «большого контрразведочного отряда» под руководством Накадзимы численностью до 1000 военных и частных агентов, не подозревая об истинных отношениях казачьего лидера с японским разведчиком и о масштабах агентурной деятельности ВЭА421.
В течение первых месяцев интервенции основные усилия японской военной разведки были направлены на консолидацию всех лояльных Японии организаций под началом Д.Л. Хорвата. Империя не видела иной альтернативы, кроме как через главу Делового кабинета руками казачьей верхушки контролировать вновь захваченные территории. С подачи Накадзима 31 августа в недрах ГШ появился на свет «План организации и руководства русской армией на Дальнем Востоке», согласно которому именно казачьи войска должны были стать ядром будущего квазигосударства. Предполагалось развернуть на их базе подконтрольную Японии русскую армию численностью 58 000 человек, из которых 3000 дислоцировались бы в Приамурье во главе с атаманом Гамовым, 5000 – в Приморье во главе с атаманом Калмыковым и 50 000 – в Забайкалье под началом атамана Семенова422.