Однако реализация идеи «сибирской автономии» практически сразу натолкнулась на риф в виде организованного 30 июня в Омске и абсолютно неподконтрольного японцам Временного Сибирского правительства (ВСП) во главе с П.П. Вологодским: 4 августа оно объявило о своем верховенстве в Восточной Сибири и потребовало от всех региональных структур перехода в его подчинение, сместив центр политической власти с Дальнего Востока в Сибирь. В такой ситуации японская разведка была вынуждена срочно перестраивать деятельность с учетом неизбежного взаимодействия «автономистов» с ВСП и стоявшими за его спиной Великобританией и Францией. Поэтому главной задачей разведорганов армии стало сохранение независимости Хорвата и лидеров казачьей верхушки на Дальнем Востоке, в Забайкалье и полосе КВЖД на условиях их формального подчинения Омску.
В первую очередь Япония добилась признания верховенства на Дальнем Востоке Д.Л. Хорвата. 14 сентября, накануне прибытия на переговоры в Приморье П.П. Вологодского, Хорват попросил своего нового куратора генерал-майора Накадзима Масатакэ организовать встречу с начальником штаба ВЭА генерал-лейтенантом Юхи Мицуэ, на которой попытался согласовать с ним позицию на предстоящих дебатах – либо, опираясь на помощь Японии, оставаться единоличным военным правителем Дальнего Востока, мотивируя свои действия угрозой возможных революционных волнений в Сибири, либо объединиться с Омским правительством, действуя под контролем Токио423.
Взвесив все, Верховное командование армии пришло к выводу, что Дальний Восток и Забайкалье должны при любом исходе переговоров остаться под контролем Хорвата, то есть Японии. 20 сентября Танака, в частности, телеграфировал работавшему с Хорватом заместителю начальника харбинского разведцентра Араки: «Империя, вне зависимости от того, как будет складываться ситуация в Сибири и в европейской части России, считает необходимым обеспечить независимость и автономию трех областей Дальнего Востока, сохраняя ныне существующий здесь порядок. Для этого требуется завершить создание казачьей армии, а также оказать помощь всем местным автономиям, нацеливая их на всестороннюю поддержку партии Хорвата. Поэтому главная задача вашего разведоргана – обеспечить единство всего Дальнего Востока»424.
Руководствуясь японскими инструкциями, в ходе переговоров с Вологодским Хорват сумел сохранить свое независимое положение на Дальнем Востоке в обмен на формальный контроль за его действиями со стороны ВСП. При этом каждый шаг Хорвата направлялся полковником Араки Садао, назначенным в самом начале переговоров (21 сентября) советником главы владивостокского правительства и имевшим приказ заместителя начальника Генерального штаба «контактировать с Хорватом и руководить им, наблюдать за планируемыми им действиями по концентрации политической власти и осуществлением функций главы железной дороги […] [так как] железнодорожные перевозки оказывают огромное влияние на боевую деятельность нашей армии»425.
В отношениях с Семеновым, Гамовым и Калмыковым японская разведка также придерживалась отработанной схемы взаимодействия через прикрепленных советников и высокопоставленных представителей армии на Дальнем Востоке, в Забайкалье и Северной Маньчжурии. Наличие института кураторов и регулярная помощь казачьим атаманам, по мнению кабинета Тэраути – Хара, должны были гарантировать реализацию ими выгодного Японии политического курса. Поэтому рядом с Семеновым постоянно находился военный советник капитан Куроки Синкэй, а Калмыкова опекал капитан Окабэ Наосабуро.
7 сентября Куроки проинформировал разведцентр в Харбине о зондажных переговорах ВСП с Семеновым о его назначении «главным атаманом Восточнобайкальского казачества и командующим войсками Забайкальского военного округа». Для выяснения ситуации из Харбина в Маньчжоули прибыл генерал-майор Муто. В течение полутора недель он инспектировал боевые позиции ОМО, японских и чехословацких войск, изучал обстановку в Чите, Оловянной и Борзе, а также оценивал эффективность работы русской администрации по восстановлению Забайкальской железной дороги, служившей главной артерией снабжения императорской армии в регионе. С одобрения Муто 10 сентября Семенов признал Временное Сибирское правительство и был назначен командиром 5-го Приамурского армейского корпуса в чине полковника. Фактически же военное министерство Японии купило лояльность атамана солидной по тем временам суммой в размере 800 000 рублей, переданной ему двумя траншами 6 и 25 сентября через капитана Куроки и полковника Араки426.