Решая задачу налаживания контактов с Омским правительством, в октябре 1918 г. командир 3-й пехотной дивизии направил на запад группу генерал-майора Муто. 12 октября она прибыла в Иркутск, а ее сотрудник майор Микэ Кадзуо выехал в Омск. Находясь там, на протяжении двух месяцев он стал главным для Генштаба источником информации о ситуации в регионе. Из донесений Микэ складывалась безрадостная картина пробританской ориентации ВСП: 27 октября он сообщил о встрече восторженными омичами и лично Вологодским британских стрелков, подчеркивая, что английские войска рассматриваются населением и правительством как главная союзная армия, а через четыре дня проинформировал о нежелании Омска просить у Токио помощи из-за боязни встречных японских требований и возлагаемых надежд на военные поставки Британии. В середине ноября к Микэ присоединились Муто и его заместитель Фукуда Хикосукэ433.
18 ноября вернувшийся из Японии А.В. Колчак сверг ВСП. Первоначально позиция Токио в отношении адмирала основывалась на донесениях Муто о пробританской ориентации Верховного правителя, поэтому естественной реакцией японского кабинета на разгоревшийся 23 ноября конфликт между ним и Семеновым стало принятие стороны мятежного атамана. Уже на четвертые сутки командующий ВЭА генерал Отани разослал частям и соединениям армии, а также всем японским военным советникам «Инструкцию по руководству различными организациями на российском Дальнем Востоке», в которой Хорват объявлялся «признанным империей единоличным главой политической власти на Дальнем Востоке», требующим «приложения усилий к устранению таких его склонностей, как слепое подчинение Всероссийскому правительству», а в отношении Семенова предлагалось, принимая в расчет славную историю пребывания атамана в Забайкалье, способствовать сосредоточению в его руках властных полномочий в этом регионе и постепенно склонять к объединению с Хорватом. Поскольку Омское правительство рассматривалось как помеха в реализации планов Японии по подчинению Дальнего Востока, директива требовала от уполномоченных армейских органов в случае их конфронтации с Колчаком прилагать усилия к отторжению этого региона от Омска434.
Практически в это же время – 25 ноября 1918 г., в ответ на неоднократные обращения русского посла в Японии Н.П. Крупенского к военному министру и начальнику Генерального штаба с просьбой остудить пыл Семенова, глава русского отделения военной разведки подполковник Идзомэ Рокуро официально сообщил ему, что японское руководство осудило действия атамана и поручило командованию экспедиционных войск в Забайкалье убедить подчиниться Омскому правительству, а также предложил Колчаку обратиться к генерал-майору Муто с заявкой на отправку необходимого оружия и амуниции435.
Как следует из сохранившихся документов, в противостоянии Семенова и Колчака разведывательные органы армии заняли изначально благожелательную для атамана позицию: советник Хорвата Араки, в частности, активно настаивал перед Токио на отделении российского Дальнего Востока от Колчака436. Однако самовольные действия Семенова вызвали негативную реакцию у союзных держав, прежде всего Великобритании и США, – их представители полагали, что Япония сознательно поощряет Семенова и других казачьих атаманов к конфронтации с Омским правительством, надеясь тем самым добиться реализации выгодных Токио экономических и политических целей. Поэтому командование сухопутных войск посчитало за лучшее сохранить дружеские отношения с союзными армиями, чем пытаться усилить позиции казачьих правителей. 2 декабря 1918 г. военный министр Танака Гиити заявил на дебатах в правительстве: «Соответствующим органам армии будет отдано четкое распоряжение предложить Семенову прекратить [своевольные] действия»437.
Спустя десять дней Танака телеграфировал командующему Владивостокской экспедиционной армией: «В последнее время Семенов стал причиной возникновения неприятностей у нашего правительства ввиду своей необдуманной деятельности, чем вызвал охлаждение симпатий к нему со стороны японского народа. Если он, испытывая дефицит понимания общей ситуации, продолжит совершать опрометчивые поступки в силу своих [избыточных] чувств или тщеславия, японское правительство будет считать себя обязанным прекратить оказание ему помощи. Это будет означать полный отказ от принятой схемы [взаимодействия]. Его необходимо предупредить о неразумности совершаемых им поступков и предостеречь от неблагоразумных действий в будущем»438.
Опираясь на инструкции военного министра, 23 декабря 1918 г. командир 3-й пехотной дивизии встретился с Семеновым и передал ему письменное предостережение японского правительства о недопустимости своевольных действий, приведших к нарушению работы транспорта и связи, вызвавших острую неприязнь у союзных держав на Дальнем Востоке и ставших серьезной помехой для реализации планов Японии, поэтому атаману предлагалось принять срочные меры к урегулированию разногласий с Верховным правителем439.