При правлении императрицы Екатерины II в 1763 году было введено новое положение об Адмиралтейств-коллегии, которая теперь имела председателя генерал-адмирала (наследник престола Павел Петрович), вице-президента графа И.Г. Чернышева и пять членов. По усмотрению самой Коллегии в ее состав могли быть введены два флагмана. Управление морским ведомством сводилось в пять экспедиций: Комиссариатская, Интендантская над верфями и строениями, Артиллерийская, Казначейская, Счетная, которые возглавляли члены Коллегии. Преобразования были осуществлены по предложению образованной 17(28) ноября 1763 года
В 1798 году при Адмиралтейств-коллегии был образован “Особенный комитет”, который должен был
В 1802 году во время реформ императора Александра I по образованию министерств было создано Министерство военных морских сил, ставшее высшим органом государственного управления военно-морским флотом и ведавшее строительством, материально-техническим обеспечением, подготовкой и комплектованием Российского флота.
В том же 1802 году к министерству была присоединена Адмирал-тейств-коллегия с возложением обязанностей председателя на министра. Теперь к ее обязанностям относились: содержание флота, комплектование личным составом, снабжение провиантом, обмундированием и денежным довольствием, строение, вооружение и снабжение кораблей всем необходимым для плавания, а также, впервые, распоряжение действиями флота. Таким образом, в 1802 году в России был создан первый центральный орган оперативного управления военным флотом.
В Отечественной войне 1812 года участие российского флота было весьма ограниченным, вследствие чего эта война существенного влияния на структуру управления флотом и постановку в нем разведывательного дела не оказала.
В 1815 году Министерство военных морских сил было переименовано в Морское министерство. Организацией министерства и разработкой его структуры ведал созданный по указанию императора Александра I “Комитет образования флота” под председательством графа А.Р. Воронцова, а затем воссозданный 31 декабря 1825 года (12 января 1826 года) императором Николаем I и возглавлявшийся вице-адмиралом А.В. Моллером.
Первоначально в составе министерства были две части:
— Воинская, которой заведовала Адмиралтейств-коллегия;
— Художественная (строительство и учебная деятельность), которой заведовал Адмиралтейский департамент.
Высшее управление было сосредоточено в Департаменте министра военных морских сил, при котором находилась учрежденная в 1803 году Военно-походная по флоту канцелярия.
В 1821 году было создано Управление начальника штаба поморской части.
В ходе реорганизации 1827-1828 гг. высшее военно-морское управление было разделено на две части:
— Морской штаб Его Императорского Величества, во главе с его начальником генерал-адъютантом А.С. Меишиковым, получившим право личного доклада императору и через которого передавались “высочайшие указания”. В 1831 году последний преобразуется в Главный Морской штаб — ГМШ. В составе ГМШ был создан Морской ученый комитет, в ведении которого находились
В 1836 году ГМШ и Морское министерство были объединены под общим наименованием “Морское министерство” с подчинением начальнику ГМШ. Все центральные органы морского ведомства с этого года вошли в состав ГМШ.