После реорганизации министерства, с 1836 года основу ГМШ составляла Военно-походная Его Величества канцелярия по морской части, занимавшаяся всеми вопросами управления силами и средствами флота и их использованием для решения задач защиты безопасности и интересов страны на море. Планирование строительства и использования флота осуществлял Морской ученый комитет ГМШ.
Кроме того, ГМШ включал Гидрографическое управление; Инспекторский департамент; Комитет образования флота; Управление генерал-штаб-доктора; Строительный департамент по морской части; Канцелярию Морского министерства.
Разведывательные сведения и материалы к этому времени накапливалась в трех подразделениях Главного морского штаба:
— во втором отделении Канцелярии управления генерал-гидро-графа, которое было занято в частности:
— в Гидрографическом архиве, который в свою очередь занимался”...
— В морском ученом комитете, которому с 1847 года было поручено, в дополнение к его прежним функциям,
В 40-е годы XIX века часть центральных органов претерпела реорганизацию или была упразднена.
За разведку иностранных государств в интересах ведения вооруженной борьбы на море ни один из перечисленных выше органов не отвечал. Разведка вероятного и действующего противника осуществлялась “разведочной” (посылка отдельных военных судов в интересующие военно-морское командование отдаленные районы моря —
Зарубежную агентурную разведку в интересах военно-морского ведомства, как и в интересах Военного министерства, по-прежнему вело Министерство иностранных дел (МИД). Разведывательные сведения и материалы, чаще в необработанном виде, поступали в морское ведомство и в Главный Морской штаб из МИД.
Так, 16 (28) января 1854 года за месяц до объявления Россией войны Англии и Франции в ответ на ввод последними кораблей своих флотов в Черное море Генерал-адмирал и управляющий Морским министерством великий князь Константин Николаевич писал начальнику Департамента внутренних сношений МИД, где была сосредоточена переписка по секретным, в том числе и по разведывательным вопросам:”.