Окончательное упорядочивание и оформление Разрядного приказа относится, безусловно, к 50-м гг. XVI в., ко временам первого русского царя Ивана Грозного, при котором наметившаяся в предыдущие десятилетия тенденция упорядочивания и бюрократизации (в хорошем смысле) государственного управления вообще и военной администрации в частности привела к формированию системы приказов, отвечавших за различные аспекты функционирования военной машины Русского государства. Этот процесс растянулся на несколько десятилетий и в целом был завершен к концу правления Ивана, после чего выстроенное здание приказной администрации дорабатывалось при его сыне Федоре и Борисе Годунове.
Место головного военно-административного учреждения в этой системе прочно занял Разрядный приказ, функции и задачи которого подробно были расписаны Котошихиным – за сто лет существования Разряда они существенно не переменились (а если и изменились, то только в сторону расширения). Во главе приказа во 2-й половине XVI в. стояли такие крупные и, не побоимся такого слова, выдающиеся военные администраторы, как Елизар Цыплятев и его сын Иван, Иван Выродков (тот самый Иван Выродков, строитель Свияжска, герой осады Казани в 1552 г. и одновременно взяточник и лихоимец), братья Андрей (которого английский купец и дипломат Дж. Горсей характеризовал как «лукавейшего из всех живших скифов») и Василий Щелкаловы, Андрей Клобуков (весьма ценимый Иваном Грозным – когда он попал в плен к полякам после неудачной для русских битвы под Венденом в 1577 г., Иван предложил Стефану Баторию, королю Речи Посполитой, выкупить дьяка за 500 рублей[218]. На эти деньги можно было купить столько зерна, что его хватило бы для прокормления в течение года почти 500 человек), Дружина Петелин, Сапун Аврамов и др. На их плечи и на плечи их младших товарищей и немногочисленных подьячих ложился колоссальный груз ответственности за исправное функционирование всей военной машины Русского государства. И надо сказать, что разрядные дьяки и подьячие умудрялись успешно справляться с возложенными на них обязанностями: ведением текущей разрядной документации; перепиской с воеводами и головами; составлением полковых росписей и наказов отправляющимся в поход или на годование в города и крепости воеводам; организацией регулярных смотров детей боярских и верстания поспевающих на государеву службу новиков; решением вопросов снабжения действующей армии и гарнизонов крепостей огнеприпасами, провиантом и фуражом; выплатой жалованья и пр.
По мере усложнения и изменения структуры царского войска часть функций Разрядного приказа и Дворца передавались в новые приказы и иные структуры, отвечавшие за отдельные отрасли военного управления и администрации. К 1547 г. относится первое упоминание Оружейной палаты (в составе дворцового ведомства, приказа Большого дворца). Эта палата (иногда ее еще именовали Бронным приказом) во главе с оружничим отвечала за государевы оружие и доспехи, их исправность и пополнение.
1571 г. датируется первое упоминание в источниках Стрелецкого приказа, в компетенции которого долгое время находились не только стрельцы, но и, если судить по сохранившимся документам, служилые казаки. На первых порах стрельцы, судя по всему, находились в ведении дворцового ведомства и «боярина введенного… у которого будут в приказе стрелетцкие дела»[219]. Затем, по мере увеличения численности стрелецкого войска и появления новых его категорий, по меньшей мере часть стрельцов должна была оказаться под управлением Разряда, пока, наконец, для управления стрельцами (надо полагать, «земскими», тогда как «опричные»/«государевы» стрельцы по-прежнему оставались в подчинении приказа Большого дворца по меньшей мере до самой смерти Ивана Грозного) не был создан Стрелецкий приказ.
В 1577 г. впервые упоминается Пушкарный приказ (он же Городового дела и Засечный). Пушкарный приказ совместил в себе функции прежней Пушкарной избы, изготавливавшей артиллерийские орудия, и учреждения, в ведении которого находились пушкари, затинщики, зелейных дел мастера (изготавливавшие порох), кузнецы и плотники и прочие городовых дел мастера.
В конце 80-х гг. XVI в. появляется и первое упоминание о будущем Иноземском приказе, а тогда приказе служилых немцев, или Панском приказе. По словам некоего англичанина, оставшегося неизвестным, Панский приказ – это «ведомство [для] солдат, которые являются поляками и иностранцами, получающими плату и жалованье»[220].