Новый Устав предполагал активную творческую деятельность всех преподавателей духовных академий, давая в этом широкую свободу: от преподавателя не требовалось программы перед началом чтений, но лишь итоговый отчет о прочитанном. Таким образом, каждый преподаватель-специалист мог сам планировать структуру читаемого им курса, последовательность разделов, рассматриваемые источники, рекомендуемые и критикуемые научные сочинения. Делая акцент на специализации преподавателей, Устав именно их считал наиболее компетентными в вопросах своего предмета. При этом Устав настаивал на повышении научного уровня преподавателя-специалиста, введении последних достижений научной деятельности в учебный процесс. Конкретных рекомендаций не давалось, каждый мог действовать по своему усмотрению. Над лекциями работали много все, но по-разному: некоторые читали по-старому принципу, стараясь сохранить фундаментальность и последовательность, но большинство пыталось построить курсы по-новому, излагая преимущественно вопросы, неоднозначно трактуемые в науке. Научно активные преподаватели уделяли значительное внимание темам, которыми занимались в своих научных изысканиях. Но при этом приходилось приносить в жертву полноту и целостность читаемого курса: в первые годы действия Устава эта проблема лишь давала о себе знать, но в дальнейшем она встала со всей остротой. Фундаментальные учебные пособия не могли быть созданы в скором времени, и было принято решение о литографировании лекций, облегчающем труд студентов и дающим возможность подготовки к экзамену в течение учебного года[502]
.При преобразовании КазДА возник вопрос о судьбе миссионерских отделений: миссионерская деятельность в Поволжье и Сибири ставилась под угрозу. Корпорация КазДА и архиепископ Антоний (Амфитеатров) искали спасение в уставном § 115, дозволяющем Совету, с разрешения Синода, «в случае нужды вводить и новые предметы в состав академического курса». Окончательно решил дело указ Святейшего Синода от 24 июня 1870 г. за № 1408: особое миссионерское отделение было ликвидировано, но миссионерские предметы оставлялись в качестве необязательных. Студенты, слушающие миссионерские предметы, не могли специализироваться по ним на выпускном курсе; преподаватели этих наук, не принадлежа ни к какому отделению, не имели своего представительства в Совете академии[503]
. Тем не менее интерес к миссионерскому делу в эти годы не только не упал, но даже возрос, особенно в поволжских епархиях. Требовалось более основательное изучение источников и истории мусульманства и буддизма, знание современного состояния их вероучений, новые методики практического ведения миссии. Акцент был перенесен на внеакадемическую деятельность, прежде всего на работу Братства святого Гурия, учрежденного в Казани в 1867 г. и к моменту проведения реформы духовных академий набравшего силу. К Братству была присоединена Центральная крещено-татарская школа, учрежденная еще в 1864 г., Учительская семинария, учрежденная в 1872 г., переводческая комиссия, учрежденная в 1875 г. Инициатором, организатором и вдохновителем православно-просветительской деятельности среди инородцев был бывший профессор КазДА Н.И. Ильминский, при решении вопросов, связанных с миссией среди раскольников, привлекался профессор-расколовед КазДА Н.И. Ивановский. Но необходимость в систематическом научном и учебном развитии миссионерских направлений, которое можно было осуществить лишь в стенах высшей духовной школы, ощущалась весьма остро.Полное исключение из состава духовных академий физико-математических наук вызвало серьезные споры в годы проведения реформы 1869 г. Аргументы «педагогические» были сняты: проблема подготовки преподавателей математики и естественных наук для семинарий и духовных училищ, хотя и не сразу, но была разрешена[504]
. Но многих членов корпораций волновала проблема апологетическая. Наиболее горячая защита этого направления была предпринята МДА, причем академия не оставила этих хлопот и после утверждения окончательного варианта Устава. Личное ходатайство перед Синодом профессора Д.Ф. Голубинского, поддержанное Советом МДА, ректором протоиереем А.В. Горским и святителем Иннокентием, позволило, на основании уставного § 115, учредить, лишь для МДА, внештатную кафедру научно-естественной апологетики». Выдержать современный уровень бурно развивающихся естественных и математических наук одному профессору, без связи с университетами, вряд ли было возможно. Но размышления Д.Ф. Голубинского о премудрости и благодати Божией в устроении мира, начитанность в святоотеческих трудах вносили немалый вклад в образование студентов МДА[505].Дмитрий Феодорович Голубинский, профессор МДА
В других академиях предпринимались лишь отдельные попытки расширения студенческих знаний в естественно-научной области: ректор СПбДА протоиерей И.Л. Янышев приглашал в Академию «немецкого ученого естествоведа с превосходным микроскопом», лекции которого вызвали немалый интерес у студентов[506]
.