В числе важных параллелей — разговоры Руматы с его главным антагонистом доном Рэбой (первоначально его звали Рэбия, что прямо подчеркивало аналогии с Берией) и пикировки Штирлица с его главным антагонистом Мюллером. И Рэба, и Мюллер догадываются, что Штирлиц является агентом иной, могущественной цивилизации. Оба им втайне восхищаются и мечтают перетянуть его на свою сторону. Штирлиц и Румата отличаются от них тем, что не имеют корыстных мотивов и служат некоему идеалу, о котором, впрочем, за время работы в разведке давно забыли. Они бесконечно далеко от Родины, а на Родине в это время все пошло не так. (Это особо подчеркнуто в экранизации романа Стругацких работы Алексея Германа, возможно, величайшего позднесоветского режиссера). В постсоветской России в функции Рэбы и Мюллера выступали олигархи, пытавшиеся перетянуть Путина на свою сторону, но в итоге отправленные им в тюрьмы, за границу или на тот свет, подобно Борису Березовскому. В отличие от Штирлица, они корыстны и пытаются установить в России свои порядки. Штирлиц, Воланд, Румата приходят в страшный мир Берлина, Арканара и Москвы как возмездие. И Москва всякий раз понимает, что ей очень даже есть за что расплачиваться: сначала за художества революции и новой экономической политики, потом — за гримасы перестройки и дикого капитализма. Путин тоже явился как возмездие, которого все ждали. Инстанция, которая его прислала, не так уж важна — он приходит как возмездие самой истории, а история России такова, что мстить всегда есть за что. В этом сходство Путина, а также и Воланда, с другой демонической фигурой — Ревизором, которого Гоголь сделал персонажем символическим. Сам по себе он абсолютное ничтожество, но его величие предопределено масштабом всеобщей вины. Вся Россия живет в ожидании Ревизора, ибо не соблюдает ни одного закона. И тогда приходят Воланд, Штирлиц или Хлестаков — персонажи, надутые нашим коллективным страхом, зловонным воздухом многолетней несвободы.
Как и Штирлиц, Путин работал в Германии — но не в правительственных кругах, как Штирлиц, а на скромной должности директора Дома дружбы в Дрездене. Однако он владеет немецким, что тоже отражено в анекдотах (ср.: «Во время разговора с президентом Путиным канцлер ФРГ то поднимал руки, то предъявлял документы» — имеется в виду, что Путин знает немецкий в пределах стандартного партизанского набора «Хенде хох» и «Аусвайс»). Штирлиц страстно любит Родину, но предпочитает делать это издали. Путин тоже является посланником некоей идеальной России, сигналы от которой получает непосредственно в Кремле. Пока же он покровительствует профессионалам (чьи таланты могут пригодиться прежде всего в военной сфере) и ведет долгие богословские беседы со священниками, среди которых выделяется выпускник сценарного факультета ВГИКа Тихон Шевкунов — фигура весьма популярная в московских властных и церковных кругах.
Почему Мефистофель любит побеседовать со священнослужителями: Пилат — с Каифой, Воланд — с апостолом Матфеем, Румата — с Будахом и отцом Кабани, Штирлиц — с пастором Шлагом, который симпатизирует коммунистам, но не разделяет их атеизма? Это глубокий и важный инвариантный мотив всех трех романов: наиболее откровенен, конечно, Воланд, которого в романе прямо называют «старым софистом». Зло нуждается в философском обосновании, в коллективном признании его уместности: если угодно, в моральной санкции Бога. И Бог эту санкцию дает — в Гётевском «Прологе на небе», в разговоре Воланда с Матфеем, в разговоре Руматы с центром: с ними иначе нельзя. Ты часть силы, вечно желающей зла, но творящей добро поневоле. Штирлиц нимало не обольщается насчет советской власти, он сам участвовал в ее установлении и все про нее понимает. Но с фашизмом не сладит ничто, кроме советской власти. Румата Эсторский понимает все недостатки «базовой теории», под которой понимается марксизм, и не верит в прогресс, хотя официально называется прогрессором. Но все тексты Стругацких, посвященные прогрессорству, и прежде всего первый роман на эту тему «Попытка к бегству» доказывают, что ход истории изменить нельзя: эти отчаянные романтические попытки только вредят. Действовать можно лишь постепенно, медленно, осторожно, прежде всего спасая гениев и просветителей. Так Штирлиц спасает великих физиков и профессора Плейшнера, так Берия создал закрытый институт для гениев советской физики, где они пользовались относительной свободой, обслуживая советский ядерный проект. Увы, в закрытом обществе для гениев возможен лишь вариант так называемой «шарашки» — закрытого института, привилегированного театра, небольших анклавов свободы внутри огромного концлагеря. Попытки расширить эти анклавы кончаются лишь крушением всей теплицы. В закрытой системе возможны два варианта социума: либо десять процентов заняты творческим трудом, а девяносто копаются в навозе, либо в навозе копаются все сто, других структур эта система не предполагает.