Теоретиком инквизиции стал самый выдающийся философ и теолог Средневековья Фома Аквинский (1227–1274), который в знаменитой «Summa Theologiae» писал: «Ересь есть грех, за который виновный не только должен быть отлучен от Церкви, но и изъят из мира смертью. Если еретик упорствует в своем заблуждении, то Церковь, потеряв надежду на его спасение, должна заботиться о спасении души людей и отсечь его от себя путем отлучения; а затем она предоставляет его светскому судье,
В роли инквизиторов, уполномоченных папой привлекать к ответственности, рассматривать дела вероотступников, выносить и осуществлять приговоры, обычно выступали руководители монашеских орденов, епископы и архиепископы, кардиналы и папские легаты. Любопытно, что верховный инквизиционный трибунал, учрежденный в Риме папой Павлом III в 1543 г. под названием Конгрегации священной тайной канцелярии просуществовал вплоть до II Ватиканского собора (1962–1965 гг.).
Наказание еретиков сожжением на костре было введено в светское законодательство многих стран в XII–XIII вв. Для оправдания этого обычно ссылались на «божественные» законы. Так получила «теоретическое» обоснование длившаяся несколько веков церковная программа «заботы о спасении душ». У инквизиторов была своя логика, восходящая к Библии. Скажем, Людвиг Парамо в 1598 году провозгласил Бога первым инквизитором, наказавшим Адама и Еву изгнанием из Рая за непослушание. Отталкиваясь от известного текста «Pasсe oves meas» и «Евангелия от Иоанна» (Ин. 15:6), он и Христа объявил идеологом инквизиции.
Другим источником религиозной нетерпимости в христианстве стала доктрина «спасения верой», исходя из которой долг христианина — обращать неверующих на путь спасения. Если проповедь и убеждение оказываются недейственными, если неверующие упорствуют в неприятии учения церкви, то тем самым они создают соблазн для других и угрожают их спасению: отсюда проистекает потребность удалить их из общества верующих — отлучением, наказанием или сожжением на костре. По мере укрепления церковной власти она все строже относилась к своим противникам. Но, как мы знаем из истории, нетерпимость не созидательна, а разрушительна — она разрушает церковь гораздо сильнее, чем ее внешние враги.
Святая инквизиция (Inquisitio Haeretiсae Pravitatis Sanсtum Offfiсium — Святой отдел расследвания еретической греховности), или святой трибунал (sanсtum offiсium) — учреждение католической церкви, имевшее целью розыск, суд и наказание еретиков и колдунов. На самом деле это был первый в мировой истории государственно-церковный орган искоренения инакомыслия. Свидетельствует Е. Рерих:
Инквизиция была установлена не для преследования только жалких ведьм и колдунов, большей частью медиумов, но для уничтожения всех инакомыслящих. И среди таких врагов, прежде всего, насчитывались все наиболее просвещенные умы, все служители общего блага и истинные последователи заветов Христа.
Существование инквизиции — пожалуй, наиболее яркий пример совершенно немыслимого симбиоза религии любви и терпимости с хорошо отлаженной церковной системой, поставившей на поток уничтожение лучших, свободомыслящих людей и неофилов, не желавших смириться с консерватизмом и догматизмом церкви.
Подобно тому как никто никогда точно не сочтет жертв сталинизма и гитлеризма, невозможно определить общее количество людей, павших от рук христианской церкви. Количество преследованных, искалеченных, отверженных, лишенных имущества и доброго имени исчислялось миллионами, в их числе — участники народных еретических движений, руководители восстаний, герои патриотической борьбы, философы и естествоиспытатели, гуманисты и просветители, противники папства и феодальных порядков, народные знахари и ведуны. Католическая церковь не терпела конкурентов и инакомыслящих. На протяжении столетий костры инквизиции неизменно пылали там, где пробивались ростки нового, передового, нетрадиционного, свободного от догм и табу.