Создание инквизиции Иннокентий III обосновал необходимостью укрепления авторитета церкви и папской власти путем искоренения ереси. В 1199 г. папа Иннокентий III уполномочил двух цистерианских монахов Гюи и Ренье объездить в качестве папских легатов диоцезы южной Франции и Испании для искоренения ереси вальденсов и катаров. В 1204 г. он поручил ордену цистерианцев истребить альбигойскую ересь на юге Франции. Предписание возможно строже обходиться с еретиками привело в 1209 г. к убийству Петра Кастельно, что послужило сигналом к кровавой и опустошительной борьбе, известной как альбигойские войны. С целью уничтожения еретиков был организован крестовый поход на северофранцузских рыцарей (т. н. альбигойские войны, 1209–1229). Отнятые у альбигойцев земли были розданы крестоносцам. Несмотря на крестовый поход Симона Монфора, ересь продолжала упорно держаться, пока против нее не выступил основатель ордена доминиканцев. В заведование этого ордена всюду перешли инквизиционные суды, после того как последние были изъяты папой Григорием IX из епископской юрисдикции.
Вопрос искоренения ереси обсуждал IV Лютеранский собор (1215), решения которого были положены в основу деятельности инквизиции. В XIII в. инквизиционные трибуналы были учреждены на юге Франции, в Италии, Германии, Испании, Португалии и позже в других странах Европы. Испанцы и португальцы ввели их также в своих южноамериканских владениях. Верховным главой инквизиции являлся Папа Римский. Члены инквизиционных трибуналов не подчинялись светской власти и целиком зависели от папы.
Папа Григорий IX (1227–1241) передал дело инквизиции орденам нищенствующих монахов, то есть доминиканцам и францисканцам. На Тулузском соборе (1229) было принято установление, согласно которому каждый епископ должен назначать одного священника и одно или более светских лиц для тайного розыска еретиков в пределах данной епархии. Инквизиция внушала мистический ужас в силу таинственности ее деятельности и сверхъестественной бдительности «святых отцов».
Надо сказать, что в некоторых европейских странах, особенно в Германии и Англии, инквизиция не получила большого распространения, встретив громадный протест. Тем не менее за убеждения сжигали даже в Англии — не только живых, но и мертвых.
Первым инквизитором Германии был Конрад Марбургский, убитый в 1233 г. во время народного восстания. В следующем году той же участи подверглись два главных его помощника. Во имя Господне инквизиторы убивали сотнями и тысячами, так что все большее количество людей не могло мириться с церковной некрофилией. Последние следы германской инквизиции были уничтожены Реформацией Лютера — Реформацией, ставшей судным днем средневековой католической церкви.
Наибольшей силы инквизиция достигла в Риме. О степени влияния инквизиции в Италии и о впечатлении, произведенном ею на умы, свидетельствует сохранившаяся во флорентийской церкви Санта-Мария-Новелла фреска Симона Мемми, под названием «Domini сanes» (каламбур, основанный на созвучии этих слов со словом dominiсani), изображающая двух собак, белую и черную, отгоняющих волков от стада.
Эмблема доминиканцев — собака с пылающим факелом в зубах — повсеместно повергала население в ужас: за инквизиторами утвердились имена «псы господни» и «стража Христова». Имя Бернардо Гуи, автора книги «Руководство инквизитора» (начало XIV века) ужасало всю Европу. Основатель ордена Доминик де Гусман за фанатическую преданность папскому престолу и заслуги ордена в расправе с еретиками (1234) был возведен в ранг святых…
В монастыре Санто-Доминго, сооруженном на руинах храма Кориканча, в Перу гиды обращают внимание туристов на статую Сант Яго, организовавшего массовые убийства индейцев за отказ принять христианскую веру. Этот серийный убийца также объявлен католической церковью святым за борьбу с «неверными»…
Как в католических, так и в православных странах инквизиционный процесс не подлежал контролю, был тайным и сопровождался применением изощренных пыток. Широкое распространение получили доносы и лжесвидетельства. Доносы вменялись в обязанности верующих и щедро вознаграждались за счет имущества осужденных. Имена свидетелей при этом сохранялись в тайне. От суда инквизиции не спасали социальное положение, пол, возраст и даже смерть. Осуждение распространялось на родственников и потомков в трех поколениях.
Доносительство поощрялось светскими и церковными властями. В церквах пастве оглашался специальный «эдикт предательства», согласно которому все верующие должны были произносить вслед за инквизитором следующую клятву: