В 533 году в Константинополе произошло землетрясение. Перепуганные жители решили, что это Божье наказание за отступление от монофизитства, и потребовал от Юстиниана сжечь постановления Халкидонского собора. Император уклонился от слишком резкого поступка и вместо этого написал еще одно изложение веры, в котором не упоминал о двух естествах, чтобы не раздражать монофизитов. Одновременно он запретил монофизитам посвящать в священники и епископы, рассчитывая, что после смерти уже существующих иереев монофизиты лишатся пастырей и апостольской преемственности и тем самым исчезнут из церковной жизни. Но вместо пользы из запрета получился вред: один из монофизитских епископов, Иоанн Теллский, эмигрировал в персидскую Сирию и начал посвящать в священники стекавшихся к нему монофизитов (считается, что он провел ни много ни мало 170 тысяч хиротоний). Позже его миссию продолжил Иаков Барадай, в честь которого монофизиты стали называть себя яковитами. Создав собственную иерархию, монофизиты окончательно откололись от православия и образовали самостоятельную церковь.
От гонений, начавшихся в Сирии, монофизиты бежали — удивительное дело — обратно в Константинополь, где нашли благосклонный прием у супруги Юстиниана Феодоры. Юстиниан и Феодора придумали разделение ролей между мужем и женой: муж покровительствовал православным, жена — монофизитам. Она принимала благословления от монофизитов и устроила в своем дворце приют для монофизитских старцев. Здесь же, во дворце, происходили богослужения, где монофизииты крестили детей придворных, приближенных к Феодоре. Сам Юстиниан смотрел на монофизиитов настолько благосклонно, что поручил им миссионерство среди язычников, когда от этого отказались православные. Таким образом, количество монофизитов все увеличивалось.
В 535 году в Константинополь неожиданно приехал римский папа Агапит, которого епископ Антиохийский напугал тем, что в Константинополе отменяют православие. Агапит повел себя очень резко, не только с монофизитами, но и с самим Юстинианом: он объявил его в пособничестве еретикам и даже в гонениях на православие. Император пытался его образумить, угрожая немилостью и ссылкой, но Агапит только возмутился: «Я думал, что еду к благочестивейшему императору Юстиниану, а оказалось, что приехал ко второму Диоклетиану». Строгий папа стал допытываться у константинопольского патриарха Анфима: верит ли он в две природы во Христе? Анфим дал неожиданный ответ: он отказался от патриаршества и бесследно исчез. Позже выяснилось, что Анфим стал затворником прямо во дворце, где императрица Феодора предоставила ему тайную комнату. Там он прожил 12 лет, никуда не выходя и ни с кем не общаясь, прячась от всех. Константинопольский собор заочно осудил его за монофизиство, и новым патриархом, по настоянию Агапита, стал православный Мина, твердый сторонник Халкидона.
После того, как Агапит скоропостижно умер в Константинополе, его диакон Вигилий попросил императрицу Феодору сделать его римским папой, пообещав взамен сотрудничество. Феодора дала ему рекомендацию, но Вигилий опоздал: когда он прибыл в Рим, оказалось, что там уже избрали нового папу Сильвестра. Вигилия это не смутило: он обратился к всемогущему полководцу Юстиниана Велизарию с просьбой сделать его папой, а от Сильвестра избавиться. Вскоре Сильвестра обвинили в измене (будто бы он хотел сдать Рим готам), лишили сана и отправили в ссылку. Так Вигилий стал папой.
В это же время на александрийскую кафедру, в самый рассадник монофизитства, отправили епископом православного монаха Павла. Он должен был бороться с монофизитами, среди которых были не только епископы и священники, но и многие местные чиновники и представители власти. В их числе был главнокомандующий египетскими войсками Илия, друг которого Псой заведовал канцелярией самого Павла. Узнав, что его собственный помощник сочувствует монофизитам, Павел посадил Псоя в тюрьму и истязал его до тех пор, пока тот не умер. Чтобы скрыть это преступление, Павел хотел умертвить и его детей, но им удалось бежать в Константинополь. После их жалобы императору Павел был низложен и отправлен в ссылку.
Три главы
Несмотря на отдельные стычки и конфликты, дело постепенно шло к примирению церквей, но тут события внезапно повернулись в другую сторону.