По дороге Вигилий изо всех сил тянул время, под разными предлогами задерживаясь в каждом порту и стараясь как можно медленней двигаться к Константинополю. В Сицилии он задержался на целый год. По дороге к нему приходили местные епископы и целые делегации, умоляя не подписывать указ. Вигилий уже с дороги отправил патриарху Мине письмо, где осудил его за подписание «трех глав».
В Константинополе Вигилия встретили торжественно (25 января 547 г.). Папа был настроен бескомпромиссно и первым делом отлучил от Церкви Мину и всех, кто подписал эдикт; Мина сделал то же самое по отношению к Вигилию. Но через четыре месяца под давлением Юстиниана взаимные анафемы были сняты и общение восстановлено. Феодора и Юстиниан не забыли, как Вигилий получил римскую кафедру, и потребовали выполнить свое обещание сотрудничать. Вигилий уступил и взялся за сложное дело: убедить западных епископов все-таки подписать указ. Для этого Вигилий начал устраивать тайные конференции с западными епископами, находившимися в Константинополе, и старался постепенно склонить их на сторону императора.
Сначала дело продвигалось плохо. Епископ Факунд Гермианский заявил, что послание Ивы Эдесского было принято Халкидонским собором и осудить его значит осудить сам Халкидонский собор. Тогда Вигилий закрыл заседание и потребовал от каждого епископа письменно изложить свое мнение. Ему удалось убедить большинство из них, что указ следует подписать из политических соображений. Он пообещал, что оставит их согласие втайне. Но как только письма были написаны, Вигилий тут же отдал их императору.
Факунд встал в оппозицию Вигилию и написал «12 книг в защиту трех глав» К этому времени с указом произошла путаница — три главы эдикта стали пониматься как три «главы» церкви: Феодор Мопсуэстский, Ива Эдесский и Феодорит Кирский. Поэтому Факунд в своем заглавии имел в виду защиту не указа, а трех глав церквей. Он писал, что не надо из-за мелких деталей «разрывать могилы мертвецов». Факунд ссылался на авторитет блаженного Августина, у которого при желании тоже можно найти какие-нибудь неточные места и объявить его еретиком. Неточности Феодора Мопсуэсткого несущественны, они были обусловлены конкретной ситуацией. Если браться за дело с таким рвением, почему бы не пересмотреть труды всех учителей Церкви? К тому же император не может быть учителем епископов и в вопросах веры не следует повиноваться его указу.
Но Вигилия все это не убедило. В конце концов папа написал итоговый документ, в котором согласился с эдиктом императора, сделав только оговорку, что этим он не осуждает Халкидонский собор. На этом этапе в дело вступили римские диаконы Рустик и Себастьян. В римской церкви по древней традиции было всего 7 диаконов при огромном количестве священников, поэтому диаконство считалось очень почетным, и на это должность назначались лучшие люди. Рустик и Себастьян сначала горячо одобрили документ папы, но потом, пообщавшись с карфагенским аббатом Феликсом, изменили свою точку зрения на противоположную и стали его ярыми врагами.
На Западе пошел слух, что пап предает православную веру. Галлия, Скифия, Далматия и Иллирия отказались принимать папу, сторонники Вигилия были отлучены от Церкви. Африканские епископы пошли еще дальше и отлучили самого папу. Тогда Вигилий умолил Юстиниана вернуть ему написанный им документ, пообещав взамен склонить весь Запад к принятию эдикта. Он действительно начал выполнять этот план и почти достиг успеха. Все недовольные подвергались репрессиям. Карфагенский епископ Репарат по подложному обвинению был осужден за убийство родственника Юстиниана Ареобинда и сослан по приказу Юстиниана. Карфагенскую кафедру пообещали апокрисарию Репарата Примасию, если он согласится на осуждение трех глав церквей; тот принял это предложение. Удалось склонить еще некоторых африканских епископов, но не всех.
В то же время Юстиниан счел нужным изложить свое исповедание веры и разослать его по всей империи для вывешивания в храмах. Возмущенный Вигилий собрал совет епископов, на котором было решено упросить императора отозвать свое вероисповедание, чтобы его вначале могла рассмотреть и одобрить Церковь. Если же Юстиниан откажется, то не соглашаться с ним под страхом отлучения. Однако сразу после окончания совета епископы бросились демонстрировать свою лояльность императору: отправились в церковь, где висело верисповедание Юстиниана, отслужили там литургию и вычеркнули из диптихов александрийского папу Зоила, выступавшего против «трех глав» императора. В ответ Вигилий отлучил от церковного общения Феодора Аскиду. Это так разгневало Юстиниана, что римский папа вместе со своим соратником Датием, епископом медиоланским, в страхе бежал из дворцы укрылись в храме Св. Петра, считая это убежище неприкосновенным.