Возмущенные легаты выразили свой протест и демонстративно покинули заседание. Но 28 правило было принято без них. Тогда они попытались его опротестовать, заявив, что претензии Константинополя незаконны. В доказательство они прочитали 6-е правило никейского собора «Да хранятся древние обычая», где в конце была сделана прибавка: «Римская церковь всегда имела первенство». Когда подняли архивы, выяснилось, что в оригинальных правилах такой прибавки нет. Вопрос на этом закрыли.
Однако собор ни слова не сказал о том, что папа Лев поступает неправильно и что его требования не обоснованы. Все было подано так, будто бы легаты сами ложно поняли папу, который вовсе не хотел, чтобы его считали главой всей Церкви. Наоборот, отцы собора выразили уверенность, что папа будет рад возвышению Константинополя, потому что Константинополь — это второй Рим, а почет второму Риму возвышает и первый.
Разумеется, Лев Великий наотрез отказался принимать правило, уравнивавшее его в правах с константинопольским патриархом. Он писал резкие письма императору, императрице и патриарху Анатолию, возмущаясь гордыней и честолюбием константинопольского епископа, который превозносит сам себя, нарушая церковный мир. Восточная церковь отвечала в своем обычном стиле, демонстрируя уступчивость и уклончивость, которые Запад принимал за слабость. Патриарх Анатолий писал в униженном тоне, как слуга господину, оправдываясь и стараясь умилостивить разгневанного владыку. Никаких возражений о том, что Лев вообще не имеет права претендовать на верховное положение в Церкви, высказано не было. Примерно в том же духе отвечал и император. Однако 28-ое правило осталось в силе. Недовольный Лев пытался замолчать решения собора, но император Маркиан потребовал, чтобы он прямо высказал свое отношение, и Льву пришлось одобрить Халкидонский собор, включая 28-ое правило. Лев постарался придать этому такой вид, что милостиво одобрил просьбу Константинополя о предоставлении ему дополнительных прав.
Схизма Акакия
Второй раскол, длившийся 35 лет, получил название «схизмы Акакия». Акакий был константинопольским епископом, сочувствовавшим монофизитам, но сохранявшим видимость православия. Он не поддерживал общения с антиохийским патриархом Петром Гнафевсом, ярым монофизитом, но поддерживал с умеренным монофизитом Петром Монгом, александрийским папой. Именно общение с Петром Монгом и признание его епископом Александрии скомпрометировало Акакия в глазах Рима. Главным критерием православия тогда было отношение к так называемому энотикону — вероучительному документу, выпущенному императором Зиноном для примирения с монофизитами. Энотикон означал фактический откат от решений Халкидонского собора, и те, кто его поддерживал, могли с полным основанием считаться монофизитами. Петр Монг энотикон поддерживал, а Акакий признавал его епископом: для Рима это было достаточно, чтобы обвинить Акакия в ереси и отлучить от Церкви. Папа Феликс Второй написал: «Знай, что по суду Св. Духа и апостольского авторитета ты никогда не будешь изъят из уст анафемы» (484 год). Так возник разрыв отношений между Римом и Константинополем. Он не прекратился и после смерти Акакия, хотя его преемники Македоний и Евфимий были чистыми православными и боролись с монофизитами. В Риме считали, что преемник еретика — еретик (если он публично от него не открестился, чего в отношении Акакия сделано не было).
После прихода к власти императора Юстина монофизитство на Востоке было побеждено или, скорей, удалено: монофизитские провинции попросту отпали от Восточной империи и перестали быть ее частью. В 519 году послы папы Гормизды торжественно прибыли в Рим, чтобы принять покаяние константинопольской церкви и восстановить в нем православие. Патриарх константинопольский подписал привезенную ими унизительную грамоту, в котором в числе прочего говорилось: «Нельзя пренебрегать словом Господа нашего Иисуса Христа, говорящего: ты еси Петр, и на сем камне созижду Церковь мою (Мф. 16, 18). Эти слова подтверждаются совершением событий: потому что апостольский престол (то есть Рим) всегда хранит кафолическую веру ненарушимою. Итак мы, желая не отпадать от сей веры и во всем следуя установлениям отцов, анафематствуем все ереси». По требованию послов пришлось вычеркнуть из диптихов не только Акакия, но и Македония с Ефвимием. Впрочем, потом последние двое были потихоньку восстановлены и даже причислены к лику святых.
Вселенские патриархи и императоры-иконоборцы
Следующее столкновение произошло между константинопольским патриархом Иоанном Постником и папой Пелагием Вторым. Пелагий возмутился, что константинопольский патриарх в некоторых документах именуется «вселенским». То же самое разгневало преемника Пелагия папу Григория Великого. Он решил, что это проявление гордыни, честолюбия и превозношения. Если один епископ вселенский, то все остальные, значит, не вселенские, поскольку вселенная одна.