Между 1448 и 1459 годами в официальных грамотах митрополита Ионы и соборов восточно-русских епископов история будет переписываться еще несколько раз в угоду менявшейся политической конъюнктуре. Вероисповедные причины в поставлении Ионы отыщутся задним числом лишь после 1454 года (когда будет восстановлено православное патриаршество в Константинополе) и особенно с 1459 года (когда возникнет нужда конкурировать с Киевским митрополитом-униатом, признанным властями Великого Княжества Литовского). Как бы то ни было, Иона умер в 1461 году, ничего не зная о том, что уже через десяток лет его объявят первым автокефальным русским митрополитом. Сам себя он считал митрополитом Константинопольского патриархата и, возможно, даже получил грамоту с утверждением своего титула от православного патриарха Геннадия Схолария. Преемник Ионы Феодосий был избран по его завещанию, положенному на престол Успенского собора в Кремле; предполагалось, что благословение патриарха на это когда-нибудь будет получено. Но вместо этого Феодосий в 1464 году добровольно оставляет престол: официально – по состоянию здоровья, реально – из-за невозможности сработаться с великим князем Иваном III. Еще в 1475 году Феодосий будет жив и заниматься литературной деятельностью, так что дело было явно не в недостатке здоровья. Следующий митрополит, Филипп, поставляется в Москве совершенно без всякого канонического обоснования, если не считать таковым требование великого князя и его новую идеологию, согласно которой греческие патриархи уже не могут сохранять православие под турецкой властью. Шансы на признание легитимности Филиппа в Великом Княжестве Литовском изначально близки к нулю, а тут еще и тамошний униатский митрополит Киевский Григорий приносит покаяние перед Константинопольским патриархом и получает от него прощение и признание (1466), так как местные власти осознали бесперспективность униатства. Канонически Григория обязаны признать и в Москве, но, разумеется, Иван III допустить этого не может. В результате происходит окончательный разрыв, и Московская церковь вместе со своим первым по-настоящему автокефальным митрополитом Филиппом попадает под патриаршее отлучение (1467). Тут и создается государственный культ митрополита Ионы, который не будет принят нестяжателями.
Поводом для создания нового культа стала перестройка Успенского собора в Москве, потребовавшая перенесения мощей похороненных там московских митрополитов. Тогда, в 1472 году, тройку святых митрополитов Киевских, которые правили из Москвы, составляли Петр (перенесший в Москву Киевскую кафедру в 1325 году) и митрополиты-исихасты конца XIV – начала XV века Киприан и Фотий. Вместе с их мощами переносили и тело недавно скончавшегося митрополита Ионы. Официальный панегирик в честь этого события написал главный агиограф эпохи Пахомий Серб, или Логофет. Он «приписывает» Иону к трем святым московским митрополитам и, доказывая его святость, сообщает о двух чудесах, случившихся при его мощах после перенесения. Постепенно культ Киприана и Фотия будет вытеснен культом нового состава «трех святителей Московских» – Петра, Алексия и Ионы.