Так культ митрополита Ионы возникает изначально в качестве официального и официозного. В 1531 году на судилище против Вассиана Патрикеева, близкого ученика Нила Сорского, прозвучит обвинение в непочитании этих самых, воспетых Пахомием Логофетом, «святых мощей» митрополита Ионы. Вассиан ответит, что ему неизвестно, чтобы Иона был чудотворцем. Если бы в скиту Нила Сорского или хотя бы Кирилло-Белозерском монастыре, где жил Вассиан, было принято совершать память Ионы вместе с тремя святителями московскими, то такой ответ Вассиана, да и само обвинение были бы невозможны.Отъезд Нила и Иннокентия на Восток совершился уже после запрета властями Москвы церковного общения с Константинопольским патриархом и каноничным Киевским митрополитом. Как в этом своем действии, так и позднее, нестяжатели не проявляли особого уважения к каноническому авторитету московских митрополитов (пишу «московские» с маленькой буквы, так как это не титул, а место их пребывания; точный титул этих митрополитов, отказавшихся в конце XV века от борьбы за титул «Киевских», науке неизвестен, а неофициально они сами себя именовали «всероссийскими»). Впрочем, это не означало для нестяжателей, что решения Киевских митрополитов и Константинопольских патриархов должны были восприниматься беспрекословно. Из-за тяжелых политических условий, хотя и тяжелых по-разному, до 1503 года не удавалось прекратить святительскую чехарду ни на престоле патриарха в Константинополе, ни на престоле митрополита в Киеве (то есть в Новогрудке), и тут возникали разные канонические нарушения. Самое тяжелое из них касалось незаконно низложенного Киевского митрополита Спиридона (рукоположен в 1475-м, эмигрировал в Москву ок. 1483 года, где был сразу арестован; умер после 1503 года). Он проведет многие годы под нестрогим домашним арестом в Ферапонтовом монастыре и станет близким другом нестяжательского монашества, которое, разумеется, будет игнорировать его официальное церковное отлучение. В среде этого монашества он имел репутацию духовного человека и значительного церковного писателя. Поэтому, в частности, именно его попросили создать Житие Зосимы и Савватия Соловецких (1503).
Нило-Сорский скит
Где-то в 1480-е годы, вскоре после возвращения в Россию, Нил вместе с Иннокентием и еще несколькими монахами создают скит вблизи речки Сора, в болотистой местности на расстоянии около 20 километров от Кирилло-Белозерского монастыря. Если Кирилл и Ферапонт, как и многие другие отцы-основатели, создавали свои монастыри в особенно красивых местах, то Нил постарался найти место как можно некрасивее – для чего ему в том прекрасном озерном краю, должно быть, пришлось постараться.
Такая же отрицательная эстетика проявится и в устройстве деревянной церкви – как можно более простой. Нил будет вспоминать историю из Жития святого Пахомия Великого (одного из основателей египетского монашества в IV веке): монахи одного из его монастырей показали Пахомию только что построенную ими красивую церковь; Пахомий поднатужился и перекосил один из опорных столбов для крыши, исказив пропорции здания. Мораль: внешняя красота нужна для мирян, а для монахов она только вредна, так как стремится отвлечь от красоты подлинной. Этот эпизод так нравился самому Нилу, что он пересказывает его в своем главном сочинении об уставе скитской жизни – так называемом «Предании» (в сохранившемся подлиннике, написанном рукой самого Нила, оно называется «О жительстве от святых писаний», то есть «Из святых писаний: о том, как жить»).
Пахомий был создателем общежительного монашества, а не скитского, но Нил во многом ориентировался и на него тоже. В частности, к уставам Пахомия восходил запрет на прием неграмотных – очень жесткое требование для общества, в котором грамотен был лишь ничтожный процент населения. В монастырях Пахомия проблема решалась за счет того, что все неграмотные проходили обязательное обучение грамоте – под угрозой изгнания из монастыря. Ситуация Нила была другой, так как он принципиально не брал в скит новоначальных монахов, а в Кирилло-Белозерском монастыре новоначальных учили грамоте. Обязательность знания грамоты очевидным образом следовала из принципа «спасения по книгам», сформулированного в послании к Гурию Тушину. Несмотря на руководство старца, скитское житие все равно предполагало провождение большей части времени в уединении, и, кроме того, никто не мог дать гарантии, что монаху не придется когда-нибудь оказаться в изгнании и одиночестве.
Вообще говоря, идея скитского жития у Нила – это не идея совершенно автономного вида монашеской жизни, а лишь возможность развития для тех, кто уже начал свою монашескую жизнь в общежитии кирилловского типа.