Последовавшее вслед за этим обсуждение показало, что идеи отмены существовавших жестких ограничений по признакам национальной, вероисповедной или сословной принадлежности; и установления в России гражданского равенства нашли самый широкий отклик у депутатов. Они воспринимались как самоочевидные истины, которые следовало не доказывать, а практически реализовывать в жизни России, в том числе и через принятие соответствующих законов.
Однако первый опыт парламентаризма в России оказался неудачным и недолговечным. 6 июля 1906 г. председатель Совета министров И.Л. Горемыкин был заменен энергичным министром внутренних дел П.А. Столыпиным. 9 июля 1906 г., когда депутаты пришли в Таврический дворец на очередное заседание, то наткнулись на закрытые двери. Рядом на столбе висел манифест за подписью царя о прекращении работы Первой думы, т. к. она, по мнению царя, призванная «вносить спокойствие» в общество, лишь «разжигает смуту». Таким образом, Первая государственная дума просуществовала в России всего 72 дня. В силу своего досрочного роспуска, Дума не смогла обратиться к подробному обсуждению законопроекта о свободе совести, но все же свою позицию она озвучила, призывая к скорейшему утверждению в жизни общества принципа свободы совести.
Либеральная печать, подводя итоги деятельности Первой думы, уделила внимание и вопросам реформирования вероисповедного законодательства. В качестве основополагающего вывода отмечалось, что нельзя мириться с половинчатым решением, предлагаемым властью, нужно не просто расширение уступок в пользу требования веротерпимости, а «нужен разрыв» с прежними политическими традициями, видевшими в союзе церкви и государства оплот и основу строя. Подчеркивалось, что исходным пунктом новой политики государства в вероисповедных вопросах должен быть принцип свободы совести как неотъемлемое право человека и гражданина.
Дума была распущена с нарушением действующего закона о выборах, согласно которому вместе с роспуском должна была объявляться и дата новых выборов. Этого не было сделано по политическим соображениям. Новый премьер-министр П.А. Столыпин тянул время, чтобы попытаться создать коалицию с думскими фракциями и иметь возможность проведения собственных законопроектов по принципиальным вопросам. Переговоры с наиболее влиятельными политическими партиями и общественными лидерами на предмет их вхождения в состав правительства не принесли успеха. Тогда был взят курс на «очищение пространства» от неугодных видных деятелей предшествующей Думы путем арестов и административной ссылки и на проведение масштабных гонений в отношении оппозиционных периодических изданий.
20 февраля 1907 г. открылись заседания Государственной думы второго созыва. Всего было избрано 509 депутатов, среди которых два православных епископа и 20 священников. Они не создали отдельной конфессиональной фракции, а вошли в составы различных фракций: епископы – в правую, а священники примкнули к кадетам и даже к левым.
П.А. Столыпин 6 марта выступил перед думцами. Он охарактеризовал «реформы последнего времени» в России «перестройкой» всего государственно-национального бытия. Она должна, по его убеждению, превратить Россию в недалеком будущем в правовое государство, где главенствует писаный «закон», а не воля «отдельных лиц». Он призвал депутатов всемерно содействовать принятию необходимых России законов. Этих, как выразился Столыпин, «материальных норм», которые только и могут определить и установить «твердые устои новоскладывающейся государственной жизни России».
Представляя правительственные законопроекты по различным областям экономической, социальной и политической жизни, Столыпин остановился и на вероисповедной политике государства. Он признал, что эта сфера, как никакая другая, нуждается в срочных реформах, поскольку явственно обнаружился правовой вакуум. Премьер призвал в срочном порядке внести изменения в действующее законодательство, а также выработать новые вероисповедные законы.
С этой частью выступления никто не спорил, ибо она соответствовала и настроениям думцев, и настроениям общества. Вопрос заключался в том, на каких принципах будет выстраиваться вероисповедная политика государства: на традиционной идее «православно-христианского государства» или на идее «светского государства». Что касается Думы, то ее центр и левое крыло сохраняли приверженность идеям, изложенным в прошлогоднем (1906) законопроекте кадетов «О свободе совести».