Действуя по собственной инициативе, Бокаж установил несколько пушек в дормитории бенедиктинского монастыря, огонь которых нанес большой урон осаждавшим по их признанию. Переодевшись в пленного французского матроса, он сумел выведать у попавших в плен разведчиков-французов планы их командования. На основе полученной информации он убедил губернатора разрешить ему предпринять контратаку на одну из французских батарей, на что он раньше всегда получал отказ. Хотя и застигнутые врасплох, французы после яростного боя отбили атаку. Потери понесли обе стороны. Губернатор опять впал в пассивное состояние и категорически запретил любые наступательные действия. Тем временем Гашпар да Кошта, полагая, что все потеряно, уже намеревался бежать в Баию, если бы не жесткие протесты иезуитов. Все эти сомнения и колебания в верхах далеко не лучшим образом влияли на моральный дух защитников города. Многие из них уже перестали надеяться на окончательную победу с такими трусами главными командирами.
19 сентября, окончательно подготовившись к финальной бомбардировке и штурму города, Дюге-Труэн обратился к губернатору с требованием капитулировать. Он потребовал также выплаты большой компенсации за смерть дю Клерка и за плохое обращение с его людьми, наказания ответственных за это и немедленного освобождения выживших французских пленных. В случае отказа он угрожал разрушить город и его окрестности, превратив все в пепел. Франсиску де Кастро Морайс отказал ему в вежливом, но решительном тоне. Он отрицал причастность к убийству дю Клерка и заявил, что виновные в этом ужасном злодеянии будут наказаны, если только будут найдены. Он утверждал, что французские пленные не подвергались плохому обращению и что он спас их жизнь, защитив от негров, которые непременно расправились бы с ними. В завершение своего ответа он заявил о своей решимости защищать город до последнего и выразил убеждение, что Бог поможет его справедливому делу.
Получив столь решительный ответ, Дюге-Труэн возобновил бомбардировку города с большей яростью, чем прежде. Батарея в бенедиктинском монастыре была его главной целью. Некоторые из защитников дезертировали, но большинство мужественно сопротивлялось, надеясь на подход отрядов милиции под командованием Антониу де Албукерке из Минас-Жерайса. За ними послали сразу же, как только прибыли французы. Если бы пришла своевременная помощь, то осаждавшие могли бы оказаться между двух огней, и тогда они разделили бы судьбу людей дю Клерка, как это случилось в прошлом году. Но разложение в верховном командовании только продолжалось.
21 сентября в воскресенье губернатор собрал военный совет, на котором большинство участников высказалось за эвакуацию города. Командир полка из Сакраменто резко высказался против, указав на то, что от французских обстрелов погибло ничтожно мало людей, и подчеркнул, что губернатор обещал стоять до последнего. В шесть часов в тот же вечер губернатор сделал публичное заявление, что никто не должен отходить на десять шагов от своего поста под угрозой смерти. Однако вскоре после наступления темноты один из полков милиции начал отход, и сразу же распространились панические слухи, что все потеряно. Когда об этом доложили губернатору, он больше не колебался и отдал приказ отступать. Некоторых командиров подразделений, которые поставили под сомнение его приказ, немедленно заставили подчиниться. Да и сам губернатор, когда пробило десять часов ночи, показал всем на личном примере, что надо делать.
Началось всеобщее повальное бегство. Горожане эвакуировались в кромешной ночной тьме, в обстановке полнейшего замешательства и паники. В довершение беды разразился страшный тропический ливень. Старейшие жители не могли припомнить подобной неистовой штормовой ночи. Дороги, ведущие из города, превратились в стремительные потоки воды. Больше всего досталось женщинам и детям. Эвакуация произошла столь внезапно, что у людей не было даже времени забрать с собой самое необходимое из своих домов. Хотя некоторые горожане за несколько дней до этого успели отправить золото и наличные деньги в надежное место. К счастью для беглецов, французы понятия не имели, что происходит, и готовились к штурму города на следующий день. Первого, кого они встретили днем, был адъютант дю Клерка, который сообщил, что город оставлен его защитниками.