Эту тенденцию подкреплял рост пиратства как на Адриатике, так и на всем Средиземном море. Особенные проблемы Венеции причиняли грабежи, которые в Северной Адриатике производили ускоки, беженцы из Боснии и тех частей Далмации, которые завоевали турки (то есть те, кто «ускакал» от турок). Когда после битвы при Лепанто Венеция заключила мир, ускоки продолжали вести войну против турок. Правители из династии Габсбургов, с чьими владениями граничила Османская империя, нанимали их для защиты своих границ. Их центральной базой стал город Сень к востоку от Истрии (см. карту 1). Они редко получали обещанную плату и жили в основном тем, что грабили проходившие мимо корабли или соседние города, которые обвиняли в провозе вражеских товаров или торговле с врагом. Весь город Сень жил этими грабежами; набеги благословлялись в местной церкви, а доминиканские и францисканские монастыри получали десятину от награбленного. Ускоки действовали стаями мелких судов примерно на десять весел с каждого борта, их было очень трудно поймать, потому что на судах с большой скоростью работали веслами дюжины гребцов, которые сменяли друг друга. Им, как считали венецианцы, помогали их женщины, в пещерах на берегу произносившие заклинания, чтобы призвать с гор опасный северный ветер, боро, который уничтожал любой флот, желавший заблокировать их. Ускоки нападали и на венецианские суда, и на корабли из Рагузы, но, как правило, избегали далматинских кораблей, которые ходили на паях. Команды, заинтересованные в безопасной доставке груза, давали им отпор. Венецианские моряки, как правило, были на жалованье. Договорившись, что их пощадят, они отходили в сторону и позволяли ускокам уносить товары богатых купцов – турок, евреев или христиан. Ускоки, также христиане, не всегда продавали их в рабство, если им не оказывали сопротивления. Эта сторона набегов ускоков предполагает, что их успех был столько же выражением классовой войны, сколь и духа крестоносцев. Обе трактовки являются анахронизмами, хотя и в противоположном смысле, но позволяют понять, насколько далеки были ускоки от обычных пиратов.
В то время как ускоки разоряли Северную Адриатику, венецианские патрули южнее отражали нападения турецких корсаров из албанских портов. Адриатика оказалась больше наводнена пиратами, чем когда бы то ни было, начиная с X века.
Битвы с пиратами подарили вторую жизнь торговым галерам. Сенат собирался субсидировать их использование; кроме того, в Арсенале простаивало немало больших галер. В 1588 году сенат распорядился выделить две галеры для службы на Корфу и Закинфе, установив очень низкую плату за чартерные перевозки и выделив 5 тысяч дукатов на текущие расходы для каждой из них. Меньшая субсидия была необходима для стимулирования их использования на более коротком маршруте в Спалато, когда этот далматинский город превратился в конечный пункт сухопутного маршрута из Константинополя и через него проходили все большие потоки товара, а на морях становилось все более неспокойно. Такая торговля между Спалато и Венецией шла в обход тех мысов, откуда «ускакали» ускоки. Для защиты от ускоков Даниэле Родрига начал принимать предложения на рейсы галер даже до того, как его усовершенствования в Спалато принесли свои плоды. Как только были построены доки и склады, судовладельцы из Спалато начали заказывать галеры, которые ходили бы между Спалато и Венецией. Для рейсов в Спалато и обратно разработали галеру нового типа; у нее была меньше осадка, чем на больших торговых галерах; кроме того, на нее набирали другие команды. Всего членов команды было 160, в том числе 40 солдат. Как только судно приходило в Венецию, его принимала разгрузочная команда, состоявшая из 10 человек, а регулярная команда пересаживалась на вторую галеру, которая немедленно отправлялась в Спалато. Таким образом, эти «челноки» совершали по шесть рейсов в год в 1614–1619 годах и восемь рейсов в 1636 году.