«Молодых» сплачивало их отношение к церкви. Традиционные венецианские связи церкви и государства, религии и политики подверглись испытаниям в период контрреформации. Оживившись благодаря возрождению религиозного рвения, папы более ревностно отстаивали свои права, в чем их часто поддерживала Испания. Многие венецианцы считали папство замаскированной властью испанцев. Для одних антиклерикализм стал вопросом чисто политическим. Для других это был религиозный вопрос, ибо они испытывали «глубокое чувство личной ответственности в духовных вопросах» и не желали, чтобы ими руководил папа. Особенно они возражали против иезуитов – из-за искусства, с каким иезуиты пользовались тайной исповеди для того, чтобы руководить умами с далекоидущими политическими последствиями.
В начале XVI века, до того как резко обозначились различия между протестантами и католиками, область Венето славилась развитием и распространением идей, которые становились влиятельными между группами, которые постепенно формировались как анабаптисты, но лютеранство и кальвинизм нашли там не слишком много последователей. В конце века, как и в его начале, Венеция славилась пышностью религиозных обрядов и толпами, которых привлекали религиозные реликвии и сообщения о чудесах. Те немногие венецианские аристократы, которые перешли в протестантизм, не пользовались особым политическим влиянием. Но вопросы об отношениях церкви и государства возбуждались протестантскими мятежами по ту сторону Альп и принимаемыми католиками контрмерами, и в этих отношениях венецианская традиция была характерной. Хотя в большинстве западноевропейских стран епископы выступали главными священниками, в Венеции они были отстранены от какой-либо политической деятельности. До 1451 года высшее духовное лицо Венеции, патриарх, располагался в небольшом городке Градо. Позже его местопребывание перенесли в Венецию, но только в церковь в Кастелло, а не в собор Святого Марка, главный храм города, ибо тот считался храмом дожа. Патриарх и другие представители высшего духовенства избирались голосованием в сенате, который посылал имена кандидатов на одобрение папе. Приходских священников выбирали домовладельцы тех приходов, в которых они служили. Церковная собственность в Венеции облагалась налогом, а церковников, обвиняемых в преступлениях, судили в государственных судах. Во многих других непоколебимо католических странах также имелись специальные учреждения, подкреплявшие контроль государства над церковью. Примером может служить королевский контроль над испанской инквизицией. Но в других итальянских городах-государствах папская власть была не настолько ограниченна, как в Венеции, и церковь не так решительно контролировалась государством.
Учреждения для заботы о больных и несчастных стали одним из проявлений религиозного пыла католической реформации.
Таким же своеобразным было и отношение Венеции к еретикам. Инквизиции разрешалось действовать лишь при участии трех мирян. Еще одна группа мирян-магистратов подавляла богохульство, а главы Падуанского университета осуществляли повседневную цензуру. Хотя еретиков иногда приговаривали к смерти, казни проводили тихо, а не публично ради укрепления веры, как в Испании. Пропаганда протестантизма была запрещена, его терпели лишь в самой малой степени, как забаву интеллектуалов и скептиков или как религиозные обычаи немногочисленных иностранцев: немецких купцов, обитавших в Фондако-деи-Тедески, процветающей колонии немцев-пекарей и немецких студентов в Падуе. Что касается колонии православных греков, правительство Венеции добилось в Риме права для них пользоваться своим календарем. Евреи и мусульмане отправляли обряды в своих кварталах или на своих постоялых дворах. Венеция, конечно, отнюдь не была поборницей защиты свободы мысли. Когда папский нунций попросил выдать Джордано Бруно римской инквизиции в связи с его еретическими идеями относительно Троицы, сенат употребил свою власть, назначив следствие, а затем с готовностью согласился. Но людям с самыми разными взглядами так или иначе удавалось жить в Венеции, как им хотелось, думать, как им хотелось, лишь бы они не нападали на правительство. Если появлялись надписи, поносящие дожа, что случалось часто, Совет десяти налагал на неизвестных авторов ужасные наказания.
Противодействие интердикту