Пожарский предпочел не дислоцировать ополчение внутри городских стен, чтобы не разлагать воинство соблазнами городской жизни и не оказаться в тягость для ярославцев. Перед стенами земляного города были устроены таборы — по казачьему образцу. Затем на этом месте долгое время была улица Таборская. Сейчас это район площади Октябрьской, около моста через Волгу.
Именно в Ярославле дело организации ополчения было поставлено основательно и без спешки, которая отличала деяния Первого ополчения. Прежде всего, продолжилось формирование нового представительного органа власти — «Совета всея земли».
Как подчеркивал Платонов, «князь с „товарищами“ управлял не только ополчением, но и всей землей, как это было и в Первом ополчении. Пожарский принимал челобитные, давал тарханные и жалованные грамоты монастырям, делал постройки в городах, давал льготы разоренным, назначал денежные сборы на ратное дело, но все это он делал „по совету всей земли“, „по указу всей земли“. Всякий, кто сколько-нибудь знаком с древними актами, поймет, что термином „земля“ наши предки обозначали не что иное, как земский собор. Стало быть, соборное начало уважалось в войске Пожарского, чего не было в рати Ляпунова и Заруцкого, где воеводы действовали одним своим именем».
Таким образом, в Ярославле «Совет всея земли» стал, по сути, играть роль постоянно действующего Земского собора — учреждения с законосовещательными функциями. Указание на существование Собора около Пожарского мы видим в грамоте от 7 апреля: он просит города прислать ему выборных «для царского обирания» и для совета о дипломатических и государственных делах.
«Бояре и окольничие, и Дмитрий Пожарский, и стольники, и дворяне большие, и стряпчие, и жильцы, и головы, и дворяне, и дети боярские всех городов, и Казанского государства князья, мурзы и татары, и разных городов стрельцы, пушкари и всякие служилые и жилецкие люди челом бьют. По умножению грехов всего православного христианства, Бог навел неутолимый гнев на землю нашу: в первых прекратил благородный корень царского поколения».
Далее следовали перечисления бедствий Смутного времени и делались недвусмысленные выводы: «Из-под Москвы князь Дмитрий Трубецкой да Иван Заруцкий, и атаманы и козаки к нам и по всем городам писали, что они целовали крест без совета всей земли государя не выбирать, псковскому вору, Марине и сыну ее не служить, а теперь целовали крест вору Сидорке, желая бояр, дворян и всех лучших людей побить, именье их разграбить и владеть по своему воровскому козацкому обычаю. Как сатана омрачил очи их! При них калужский их царь убит и безглавен лежал всем напоказ шесть недель, об этом они из Калуги в Москву и по всем городам писали! Теперь мы, все православные христиане, общим советом согласились со всею землею, обет Богу и души свои дали на том, что нам их воровскому царю Сидорке и Марине с сыном не служить и против польских и литовских людей стоять в крепости неподвижно.
И вам, господа, пожаловать, советовать со всякими людьми общим советом, как бы нам в нынешнее конечное разоренье быть небезгосударным, выбрать бы нам общим советом государя, чтоб от таких находящих бед без государя Московское государство до конца не разорилось. Сами, господа, знаете, как нам теперь без государя против общих врагов, польских, литовских и немецких людей и русских воров, которые новую кровь начинают, стоять? И как нам без государя о великих государственных и земских делах с окрестными государями ссылаться? И как государству нашему вперед стоять крепко и неподвижно? Так по всемирному своему совету пожаловать бы вам, прислать к нам в Ярославль из всяких чинов людей человека по два, и с ними совет свой отписать, за своими руками. Да отписать бы вам от себя под Москву в полки, чтоб они от вора Сидорки отстали, и с нами и со всею землею розни не чинили.
В Нижнем Новгороде гости и все земские посадские люди, не пощадя своего именья, дворян и детей боярских снабдили денежным жалованьем, а теперь изо всех городов приезжают к нам служилые люди, бьют челом всей земле о жалованье, а дать им нечего. Так вам бы, господа, прислать к нам в Ярославль денежную казну ратным людям на жалованье».
В этой грамоте, как видим, была сформулирована и политическая программа Второго ополчения: борьба против интервентов, освобождение Москвы, созыв Земского собора и решение на нем вопроса о престолонаследии. В обоснование этой программы была выработана применимая на все времена формула русского патриотизма: «чтоб нам всем единокупно за свою Веру и за Отечество против врагов своих безсумненною верою стояти».