Серьезные распри вспыхнули после того, как в Ярославль, наконец, прибыла казанская рать. В качестве ветеранов движения казанцы во главе с Биркиным рассчитывали занять руководящее место. «В Нижнем Биркин был заметной фигурой среди сподвижников Пожарского, — писал Скрынников. — В Ярославле не только Биркин, но и сам Пожарский затерялся в толпе бояр и знатных дворян. Когда Биркин явился в Совет и от имени казанцев потребовал себе прежнюю должность, бояре и воеводы прервали его на полуслове. Будь то обычная местническая тяжба, спор не вышел бы из стен приказной избы. Но затронутыми оказались более глубокие интересы. За Биркина заступились казанцы, а также хорошо знавшие его смоленские дворяне и нижегородские стрельцы. Против него объединились бояре и дворяне. Раздор едва не привел к кровопролитию». О конфликте Биркин сразу же сообщил в Казань, откуда последовал приказ отряду казанцев вернуться. «Новый летописец» зафиксировал: «Казанские же люди по приказу Никанора Шульгина пришли в Ярославль и назад пошли, никакой помощи не дали, лишь многую пакость земле сотворили, и на обратном пути так же. Немногие же казанцы остались: голова Лукьян Мясной, да с ним двадцать человек князей и мурз, да дворян тридцать человек, да голова стрелецкий Постник Неелов, да с ним сто человек стрельцов».
Власть «Совета всея земли» признали замосковный край, понизовые и поморские города. Это позволило ему стать своего рода временным правительством России. В течение короткого времени Минин и Пожарский заново организовали систему управления обширной территорией, отказавшейся признать Лжедмитрия III.
Минин стал душой нового правительства. В Ярославле он обзавелся собственной печатью как «Выборный всею землею человек». Пожарский же теперь именовался «по избранию всей земли Московского государства всяких чинов людей у ратных и у земских дел стольник и воевода князь Пожарский».
Во время ярославского стояния земские люди учредили новый герб. Поскольку, начиная с Отрепьева, самозванцы неизменно выступали под знаменами с двуглавым орлом, Второе ополчение избрало другую эмблему — льва. На большой земской печати было изображение «двух львов стоячих», а на меньшей дворцовой печати — «льва одинокого».
Для дипломатической переписки Пожарский заказал печатку с собственным гербом: два льва, которые поддерживали геральдический щит с изображением ворона, клюющего вражескую голову, а под щитом — поверженный змей. По краю шла подпись: «Стольник и воевода и князь Дмитрий Михайлович Пожарсково Стародубсково». Родовое прозвище далеких предков — удельных князей Стародубских — понадобилось для защиты от постоянных проблем с «худородством».
Святыней Нижегородского ополчения стала знаменитая Казанская икона Божией Матери. Минин и Пожарский были глубоко верующими людьми, много и усердно молились по обычаю тех времен. Чудотворную икону Казанской Богоматери обрели в Ярославле. По одной из версий она сопровождала казанское войско, когда оно шло еще в Первое ополчение. Когда в Ярославле оказался казанский соборный протопоп, возвращавшийся с этой иконой домой, Пожарский и его соратники попросили оставить икону в войске, а взамен заказали еще один список.
Совет решал такие вопросы, как снабжение ополчения и пополнение его бюджета, выплата жалованья ратным людям, мобилизация военных сил, укрепление обороноспособности городов, кадровые назначения, регулирование государственной службы и земельных споров, разбор жалоб населения, местное управление.
Был создан и эффективный исполнительный, приказной аппарат, который функционировал вплоть до избрания на царство Михаила Романова. За весну — лето в Ярославле возникло не менее десяти приказов, в которых служили 12–16 дьяков и 15 подьячих.
В Ярославле действовали свои Посольский и Поместный приказы, Казанский дворец, Судная изба. Воеводы производили смотр вновь прибывшим дворянам и стрельцам, определяли им жалованье под письменное обязательство службу служить и со службы не сбегать. Все должностные назначения проходили через Разрядный приказ.
Поместный приказ приступил к раздаче земель оскудевшим дворянам. Отменялись некоторые прежние земельные пожалования, выпрошенные у Сигизмунда или даже полученные от Первого ополчения.