Однако после смерти королевы (1504), когда трон заняла ее полусумасшедшая дочь, прозванная Хуаной Безумной, ее муж, Филипп Красивый, объявил, что регентство примет на себя. Фердинанд, потерпевший поражение в дворцовых интригах, был вынужден отправиться в родной Арагон. Ситуация изменилась кардинальным образом в 1506 году, когда зять Изабеллы внезапно последовал на тот свет вслед за своей тещей. Хуана к тому моменту действительно не могла управлять государством, поэтому кардинал Сиснерос вмешался в дела Кастилии, где набирала размах анархия, и попросил Фердинанда Арагонского вернуться к власти и навести в королевстве порядок. Тот уже успел жениться на племяннице французского короля Жермен де Фуа и собирался спокойно доживать свой век дома. Однако трагедия безумной дочери заставила отца снова взвалить на себя бремя управления всей Испанией. Да и как мог Фердинанд поступить иначе, услыхав, что Хуана, не зная, что ей делать, разъезжает по стране с трупом мужа?
О том, была ли на самом деле Хуана помешанной, спорят до сих пор. Некоторые историки подвергают сомнению факт душевного расстройства инфанты, списывая ее выходки лишь на страстный темперамент. Но объяснить тот факт, что королева Кастилии распоряжалась несколько раз вскрывать гроб супруга, другими причинами весьма затруднительно. Специалисты считают, что в данном случае нужно говорить о некрофилии и некромании. К тому же, несчастная явно страдала агорафобией (болезнью открытого пространства), сторонилась людского общества и часто надолго запиралась в своей комнате, отказываясь выходить и пускать кого-либо к себе.
Видимо, Фердинанд не сомневался в невменяемости дочери. Хотя Хуана по-прежнему считалась королевой и вопрос о ее низложении никогда не поднимался, болезнь очень быстро прогрессировала, поэтому Фердинанд стал регентом Кастилии. А в 1509 году отец отправил Хуану в замок Тордесильяс — под неусыпный надзор. Там в 1555 году безумная королева, проведшая полжизни в тюрьме, окончила свою трагическую и горестную жизнь.
В 1512 году, благодаря усилиям Фердинанда Арагонского, к Кастилии была присоединена Наварра. Когда же этот человек в 1516 году ушел из жизни, Хуана, по понятным причинам, государством править не стала, благо передавать власть в чужие руки необходимости не было: испанская корона увенчала внука Фердинанда, первенца ущербной инфанты и Филиппа Красивого — Карла I Гентского. Именно с 1516 года династия Габсбургов официально заняла трон Испании.
Карл I (1500–1558; правил в 1516–1556 годах), окрещенный в честь Карла Великого, родился во Фландрии и по-испански говорил с большим трудом. С самого рождения он считался будущим наследником обширного государства, части которого были разбросаны по всей Европе. Хотя сын Хуаны Безумной едва ли мог бы рассчитывать на столь блестящие перспективы, если бы не трагические события, имевшие место в этом роду. Достаточно быстро Карл оказался единственным претендентом на кастильский трон. Правда, одно время у него наметились конкуренты. Дед Карла, Фердинанд Арагонский, женился вторично и всерьез намеревался воспитывать не только внуков, но и детей. Однако сын Фердинанда Арагонского и Жермен де Фуа, появившийся на свет 3 мая 1509 года, умер практически сразу после рождения, и детей у них больше не было.
Отец Карла умер очень рано; мать была неспособна управлять государством ввиду помешательства, поэтому дед наследника престола, Фердинанд Арагонский, передал внука на воспитание в Нидерланды. Мальчиком должна была заниматься его тетка Мария, жена Мануэля Португальского.
Вступив на трон в 16-летнем возрасте, юный монарх сразу оказался владыкой не только Кастилии и Арагона, но и Нидерландов, Франш-Конте и всех американских колоний. Правда, корону Карл получил при особых обстоятельствах: его мать по-прежнему считалась королевой, так что попытка при Брюссельском дворе провозгласить сына Хуаны Безумной королем Кастилии и Арагона (14 марта 1516 года) вызвала настоящий бунт. Собрание кастильских кортесов еще в 1518 году не забывало напоминать, что у матери на престол имеется все же больше прав, чем у сына.