Однако мадам де Монтрей не успокоилась и в 1778 году добилась пожизненного заключения де Сада на основании «letter de cacher» – королевского указа о заключении в тюрьму без суда и следствия. Приказ был подписан самим Людовиком XVI. Узник был доставлен в Венсенский замок, чтобы выйти на свободу только через 13 лет, уже после Французской революции. Власти запрещали супругам встречаться более четырех лет, и они общались при помощи писем, которые поначалу были полны любви. Это были самые трудные годы в жизни Пелажи. Со временем, по мере развития болезни маркиза, тон его писем стал меняться, он начал обвинять жену в романе с одним из своих бывших секретарей и с кузиной, а на одной из встреч строго предупредил, что если она будет продолжать одеваться так же вызывающе, то он откажется от свиданий с ней. Получается, что на поверку пропагандист свободной любви оказался жутким ревнивцем. Во всех своих бедах и несчастьях Пелажи обвиняла мать и даже подала на нее в суд, утверждая, что она разлучила ее с мужем. Чтобы обезопасить себя от необоснованных обвинений мужа, мадам де Сад приняла решение уйти в монастырь и там дождаться освобождения маркиза, после чего снова вернуться к нему.
Так в 38 лет закончилось «индивидуальное сексуальное творчество» де Сада. Приступы гнева сменялись приступами апатии, жизнелюбие покидало его, он все больше и больше ощущал безвыходность и безысходность своего положения. Его спасла литература. Маркиз был всегда склонен к литературной деятельности и после перевода в 1784 году в Бастилию начал свою писательскую карьеру. По мнению Пелажи, книги были главной причиной, по которой Донасьена не выпускали на свободу, но она безуспешно просила его перестать писать. Де Сад, которого отвергло общество, решил создать свой собственный мир, в котором не будет места Богу, где герои будут жить и поступать так, как этого хочет он, их создатель, для которого не существует никаких святынь, для которого порок – добродетель, совесть – предрассудок, грех – естественное состояние человека. В мире, созданном его воображением, будут отсутствовать любые запреты, в нем можно будет безнаказанно предавать и убивать, беспрепятственно заниматься содомией, испытывать наслаждение от истязаний.
В Бастилии заключенный много читал, там же появились его первые литературные произведения: страстный антиклерикальный «Диалог между священником и умирающим» (1782 г.), роман в письмах «Алина и Валькур» (1786–1788 гг.), единодушно называемый одним из выдающихся произведений эпохи, наряду с такими произведениями, как «Жак-фаталист» Дидро и «Опасные связи» Шодерло де Лакло. Пять лет де Сад создавал главный труд своей жизни, своего рода энциклопедию секса, которую он назвал «Сто двадцать дней Содома» – программное сочинение, где изложены главные постулаты садистской философии. Сознание де Сада родило нового героя – Либертена – просвещенного распутника, презирающего все общественные догмы. В 1787 году маркиз написал поэму «Истина», посвятив ее философу-материалисту и атеисту Ламетри, а через год была начата повесть «Эжени де Франваль». Здесь же, в Бастилии, всего за две недели родилось еще одно знаменитое сочинение де Сада – «Жюстина, или Несчастная судьба добродетели» (1787 г.), которое увидело свет спустя десять лет в переработанном и дополненном виде под названием «Новая Жюстина, или Несчастная судьба добродетели».
Утром 2 июля 1789 года де Сад, разгневанный на начальство за отмену прогулки, из окна своей камеры кричал с помощью железной трубы с воронкой на конце, что здесь, в тюрьме, «убивают узников», что бастильскому палачу отдан приказ перерезать всем заключенным горло, и умолял скорее идти на штурм. Возможно, этим он внес свою лепту в разрушение крепости. Это нетерпение его и подвело – когда Бастилия пала, на свободе оказались все арестанты, кроме де Сада, которого по просьбе коменданта перевели в Шарантон, служивший в то время одновременно и тюрьмой, и приютом для умалишенных.
Маркиз был в отчаянии, так как все его рукописи остались в камере. В Шарантонской психиатрической лечебнице де Сад провел год. По королевскому указу об отмене «открытых» сроков заключения получилось, что маркиз давно уже отбыл свое и может отправляться на все четыре стороны. А идти-то было некуда. Анна Проспер умерла; жена, поселившись в монастыре Сент-Ор, развелась с ним, а маркиза обязали ежегодно выплачивать ей некоторую сумму; сыновья от него отказались, Ла-Кост разграбили и сожгли; его имя по оплошности занесли в список эмигрантов, что лишило его возможности воспользоваться оставшейся частью имущества. Но на помощь де Саду вновь пришли женщины: жена одного чиновника предоставила кров, другая помогла найти почти все его произведения, кроме «Содома». (20-метроввый свиток с рукописью романа все же сохранился, и в 1900 году он был обнаружен немецким психиатром и сексопатологом Евгением Дюреном, который вскоре и опубликовал его, сопроводив собственным комментарием медицинского характера.)