На 1 апреля 1941 г. морская авиация обладала в обшей сложности 243 ДБ-3. что составляло 88.7 % штатной численности. В это число входили не только торпедоносцы, но и обычные бомбардировщики. В частности, их имел 57-й бап на Балтике. К началу войны 1-й и 2-й мтап довели до штатной численности: в первом имелся 61 самолет, во втором – 63.
Все это были машины на базе ДБ-3Б, за исключением одной эскадрильи ДБ-3Ф на Черном море. Торпедоносцы на основе ДБ-3Ф отличались от обычных дальних бомбардировщиков торпедной подвеской, специальным прицелом ПТН-5 и иным размещением обтекателя рамочной антенны радиополукомпаса – его ставили не под фюзеляжем, где он мешал сбросу торпеды, а сверху – над штурманской кабиной или над гаргротом.
В июне 1941 г. в частях и на складах находилось 1199 торпед 45-36АВА и 878 45-36АН. в том числе на западе – 1007 торпед. Мин в 1 – м мтап вообще не имелось, их получили только через несколько дней после начала войны (48 МАВ -1 и 43 АМГ-1). На аэродромах авиации Черноморского флота хранилось 40 штук АМГ-1 и МАВ-1. в течение двух недель доставили еще 80 мин этих же типов.
От первых ударов люфтваффе по советским аэродромам минно-торпедная авиация не пострадала. Но быстрое продвижение немцев на восток приковало все внимание к сухопутным фронтам. В связи с этим минно-торпедные полки вынужденно использовали как обычные бомбардировщики для ударов по береговым целям. Самолеты бомбили скопления живой силы и техники противника, мосты и переправы, аэродромы, порты. 1-й мтап. например, привлекался к дневным атакам на колонны немцев, двигавшиеся по дорогам Прибалтики, а в августе-сентябре – к ночным налетам на Берлин, Штеттин, Данциг и другие города Германии. В первом случае морские летчики подменяли фронтовую авиацию, во втором – дальнебомбардировочные полки. 30 июня совершил подвиг экипаж младшего лейтенанта Игашева. Горящим самолетом Нгашев таранил немецкий истребитель. а затем направил его на танковую колонну. Решая несвойственные ей задачи, да еще при плохо организованном боевом обеспечении и превосходстве немцев в воздухе, морская авиация несла большие потерн. За первые два месяца минно-торпедные полки на Балтике и Черном море потеряли 82 самолета, т. с. более половины своего довоенного состава.
Именно морские летчики первыми нанесли удар по столице фашистской Германии. Для этого выделили лучшие экипажи 1 -го мтап под командованием Е.Н. Преображенского. 1 августа 15 ДБ-3 перебазировали на аэродром Кагул на о. Эзель. оттуда до Берлина было около семи часов лета. После предварительной разведки 8 августа все 15 бомбардировщиков отправились на Берлин. Налет оказался для немцев неожиданным – потеряли всего одни самолет.
После трех вылетов к операции подключилась дальнебомбардировочная авиация. Всего до 4 сентября на Берлин сбросили 620 бомб, потеряли 18 ДБ-3. в том числе семь – уничтоженных немецкими самолетами на Кагуле. Все участники операции были награждены, пятеро стали Героями Советского Союза.
На Черном море ситуация была очень схожей. В первые дни войны морские летчики бомбили порт Констанца, нефтепромыслы в Плоешти, объекты в Сулине И Тульче. Только по Плоешти совершили 56 самолето-вылетов. Но с 20 июля все самолеты переключили на поддержку сухопутных сил.
По прямому назначению в первый год войны минно-торпедная авиация применялась мало. На Балтике единственный случай боевого вылета с торпедами имел место 12 июля 1941 г.
Ставилась задача атаковать большой конвой (42 транспорта и 11 кораблей охранения), шедший в Ригу. Три группы самолетов (всего 24 ДБ-3) искали его. но не нашли. Лишь 13 июля конвой обнаружили на подходе к Риге. В налете участвовали 27 ДБ-3 и шесть Ар-2. но пользовались только бомбами. Потопили два транспорта и повредили восемь.
Мины использовались чаще. В ночь на 29 июня самолеты 1 -го мтап сбросили 21 МАВ-1 на подходах к Хельсинки. Пори и Котке. В июле ДБ-3 заминировали новыми АМГ-1 устье Западной Двины. В том же месяце в полк доставили 33 мины МИРАБ – донных индукционных (магнитных). Подвеска, предназначенная для МАВ-1 и АМГ-1. для них не подходила, и заводская бригада смонтировала новую. В ночь на 20 июля пара самолетов выставила четыре таких мины у маяка Овизи в Рижском заливе. Дальше из-за отступления советских войск летчикам Балтики стало не до минных заграждений.