Несмотря на проблемы, связанные с финансированием и непоследовательностью реформ, университеты смогли стать базой для создания собственных научных кадров. Однако для этого потребовалось много времени. Неуспех первых десятилетий XIX в. связан с отсутствием материальной базы, последовательной научной политики государства, а также человеческим фактором. Физико-математические факультеты, открытые в начале XIX в., как и другие факультеты, давали право своим выпускникам на занятие должностей на государственной службе, однако неочевидность карьерного пути, а также сложность и разнообразие преподаваемых дисциплин делали физико-математические факультеты малопопулярными в первой половине XIX в.
Естественные отделения, появившиеся в связи с усложнением естественно-научного знания и дроблением научных дисциплин, также не обрели определенности в отношении профессионализации, в особенности после принятия устава гимназий 1828 г., отменившего естественную историю как предмет преподавания. Более того, доступ на естественные отделения для казенных студентов был закрыт именно по этой причине. В конце 1830-х – 1850‑е гг. изменений карьерных путей быть не могло, и они все так же были связаны с учительскими должностями, государственной службой, а также научной карьерой, хотя правительство скорее рассчитывало на то, что дворяне, составлявшие большинство своекоштных студентов, будут заниматься ведением хозяйства в своих усадьбах.
Рост числа студентов в конце 1850-х – 1860‑е гг., продолжившийся и позднее, популярность естествознания и научных занятий подняли вопрос о специализации преподавания и вместе с тем о профессионализации возрастающего числа выпускников естественных отделений. В начале 1870‑х гг., после реформы гимназий и взятия курса на более консервативную образовательную политику, Министерство народного просвещения усилило давление на университеты в связи с потребностями средней школы и запрещением более специального преподавания, продолжая видеть университеты «храмами чистой науки», чьи выпускники могли занимать должности учителей, которым не требовалось узкоспециализированное преподавание. При этом реформа гимназий 1871 г. лишила их большого числа часов естественной истории, поэтому учителя должны были преподавать несколько предметов, чтобы иметь полную ставку. Перспективы, таким образом, были связаны с реальными училищами и другими типами средних школ, в которых естествознание преподавалось на более широкой основе, нежели в классических гимназиях. Создавался парадокс, при котором выпускники классических гимназий (и только они, согласно законодательству), не получавшие систематического обучения по предметам естественно-научного цикла, имели право поступать на естественные отделения, однако выпускники могли работать в гимназиях только при условии преподавания нескольких предметов (например, физики и естествознания).
Политика министерства в отношении подготовки учителей средней школы также была непоследовательной, поэтому оно балансировало между специализацией и широким образованием. Однако при этом усилия по налаживанию воспроизводства собственных научных кадров в последней трети XIX в. наконец увенчались успехом, в особенности благодаря развернутой в конце 1850-х – 1860‑е гг. программе научных стажировок, которая помогла заполнить вакантные кафедры, образовавшиеся в связи с появлением нового устава 1863 г. Именно это направление деятельности естественных отделений следует признать успешным. К концу 1870‑х гг. кадровый голод был утолен, и в дальнейшем университеты не испытывали больших проблем с заполнением вакантных должностей. Скорее выпускники были озабочены поиском вакансий в университетах, соглашаясь на временные должности приват-доцентов или учебного персонала (лаборанты, консерваторы, препараторы и пр.). Институт «профессорских стипендиатов» был эффективным инструментом подготовки научных кадров благодаря созданной научной базе, однако в большинстве случаев будущие профессора не обходились без стажировок за рубежом.
Переход к массовому университету в начале XX в. показал несостоятельность образовательной политики, в частности непоследовательную специализацию и отсутствие регулирования подготовки кадров для средней школы. Несмотря на модернизацию государства и развитие промышленности и частного сектора, университеты продолжали рассматриваться в качестве «храмов чистой науки», где обучение было направлено на интересы меньшинства студентов, а именно на научное образование.